2.5 Pseudogenes

Question 1

¿Qué son los pseudogenes?

Answer 1

Secuencias de DNA que tienen estructura parecida a un gen, pero no tiene la capacidad de producir una proteína
-> tienen hasta un 90% de concordancia con su gen funcional homólogo

Question 2

Porcentaje mínimo de similitud para que la secuencia pueda ser considerada un pseudogen

Answer 2

Del 10%

Question 3

Origen de los pseudogenes

Answer 3

• Pueden formarse por duplicación (en tandem) de un gen que luego acumula mutaciones y pierde su funcionalidad.
• Por retrotransposición (cuando el mRNA se convierte en cDNA y se inserta de nuevo en el genoma). Pero carece de intrones y regiones promotoras

Question 4

Mutaciones en Pseudogenes

Answer 4

• Acumulan mutaciones que interrumpen el marco de lectura abierto (ORF), lo que hace que no puedan ser traducidos.
• Estas mutaciones incluyen cambios de nucleótidos (mutación), deleciones o inserciones

Question 5

¿Por qué se da la pérdida de capacidad de producir una proteína? (4)

Answer 5

-> por una acumulación de mutaciones
-Codones de paro prematuros
-Mutaciones alteran marco de lectura
-Adiciones
-Deleciones

Question 6

Gen ferroquetalasa hay una identidad de:

Answer 6

• Para el gen ferroquetalasa y su pseudogen, se ha encontrado que los exones 2-11 tienen entre un 82-93% de identidad (similitud) con el gen funcional.
• La región 5´ tiene una menor concordancia, del 63%, lo que indica que esta parte del pseudogen ha acumulado más mutaciones. (aquí hay + diferencias en relación con los exones)

Question 7

Gen lactato DH y su pseudogen

Answer 7

Tiene más diferencias en la región 5’ respecto a las regiones codificantes y a la región 3´
-> 5´(el extremo del gen más cercano al inicio de la transcripción)

Question 8

Clasificación de los Pseudogenes

Answer 8

• Pseudogenes procesados
• Pseudogenes no procesados
• Pseudogenes unitarizados
  -> según el tipo de mecanismo de duplicación

Question 9

Caract. de los pseudogenes no procesados

Answer 9

• Remanentes de genes duplicados en tándem
• Mantienen la estructura de intrones y exones
• Tenemos una flexibilidad mutacional

Question 10

Caract. de los pseudogenes procesados

Answer 10

• Se forman cuando se insertan secuencias derivadas de la retrotranscripción del RNAm
• Carecen de intrones y de elementos reguladores (no contienen promotores ni otras secuencias regulatorias que controlan la transcripción)
• Pueden tener una cola de poli-A debido a la retrotranscripción del RNAm a cDNA

Question 11

Si el cDNA (producido por la retrotranscripción) se integra en una región cromosómica cerca de un promotor funcional ¿Qué ocurre?

Answer 11

• Este cDNA puede transcribirse y producir RNA nuevamente, como si fuera un gen funcional.
• En este caso, se llama retrogen, pero carece de intrones y con el tiempo este cDNA irá acumulando mutaciones pasando a un pseudogen

pseudogenes procesados

Question 12

Caract. de los pseudogenes unitarizados

Answer 12

• Genes que no tienen un gen “parental” funcional en el genoma
• Son remanentes de genes que alguna vez fueron funcionales.
• Son genes que han perdido su funcionalidad en una especie debido a la acumulación de mutaciones. Aunque el gen ya no es funcional en esa especie, su versión funcional puede existir en otras especies.

Question 13

Los humanos tienen un gen GULO, que es responsable de la producción de vitamina C en otros animales. En humanos, este gen ha acumulado tantas mutaciones que ya no es funcional, mientras que en otras especies, como los roedores, sigue siendo funcional y les permite sintetizar vitamina C. Tipo de pseudogen

Answer 13

pseudogenes unitarizados

Question 14

Función de los pseudogenes

Answer 14

Se cree que tienen el potencial de actuar como reguladores postranscripcionales de genes funcionales al codificar RNAs pequeños (miRNA)
- Pueden transcribirse aunque no tengan la estructura completa -> enf

Question 15

¿Qué es el GENCODE?

Answer 15

Proyecto del consorcio del proyecto ENCODE que su función es identificar pseudogenes

Question 16

¿Cuál es el rol de los pseudogenes en la respuesta inmune?

Answer 16

Debido a la conversión genética, se han generado una diversidad de Ac

Question 17

Relación pseudogenes y la variación genética

La bacteria Borrelia (enf Lyme) genera diversidad mediante ______

Answer 17

la recombinación de un arreglo en tándem de un pseudogen en un sitio de expresión telomérica en un plásmido lineal

Question 18

Funciones de los pseudogenes

Answer 18

• Actúan como miRNA y siRNA (reguladores postranscripcionales)
• Genera Ac y Ag
• Llevan a cabo recombinación con genes funcionales
• Puede llevarse a cabo una conversión genética con genes funcionales derivando en enf

Question 19

Completa los espacios (definición de pseudogen)
____________derivadas de la _________de genes funcionales que han estado sometidos a ________ y por lo tanto, retienen gran parte de la secuencia y estructura original; además, han adquirido nuevas _______ o sirven como ________

Answer 19

Secuencias de DNA - duplicación - selección natural - funciones reguladoras - reservorios de variabilidad genética