2A1 week 2

Question 1

Soorten mutaties in kanker (5)

Answer 1

• Groeibevorderende genen/proto-oncogenen
• Groeiremmende genen/tumor-suppressorgenen
• Genen betrokken bij genetische instabiliteit/ DNA reparatie genen
• Genen betrokken bij angiogenese en metastase
• Genen betrokken bij multi-drug-resistance

Question 2

Werking van RAS (en mutatie)

Answer 2

RAS-gen kan celgroei en -differentiatie aanzetten. RAS-GTP zet celgroei aan. Als GTP hydrolyseert in GDP wordt de celgroei uitgezet. Een mutatie van glutamine 61 of 12 remt de GTP-hydrolyse waardoor RAS continu aanstaat en de cel blijft groeien.

Question 3

Soorten puntmutaties (6)

Answer 3

• Transitie/stille mutatie
• Transversie -> missense of nonsense
• Deletie
• Insertie

Question 4

Gevolgen puntmutaties:
- Transitie
- Transversie: missense en nonsense
- Deletie
- Insertie

Answer 4

• Niks
• Purine in pyridimine: missense is ander aminozuur. Nonsense is mogelijk stopcodon
• Deletie: van 1 of meerdere basen, heeft korter of langer eiwit tot gevolg
• Insertie: van 1 of meerdere basen, zelfde als hierboven

Question 5

Chromosomale translocatie

Answer 5

Uitwisseling van chromosoomstrengen met of zonder DNA-verlies. Vorming van een fusiegen kan nieuwe, versterkte of verzwakte functies hebben.

Question 6

Wat is een chromosomale amplificatie?

Answer 6

Vermeerdering van een mutatie

Question 7

Wat is een chromosomale deletie?

Answer 7

Stukken DNA gaan verloren ten gevolge van 2 breuken binnen een chromosoomstreng. eventueel verlies van gezond allel waardoor allen het gemuteerde allel overblijft.

Question 8

Chromosomale numerieke afwijking

Answer 8

Te veel of te weinig kopieen van een chromosoom

Question 9

Wat voor chromosomale afwijkingen zijn er? (4)

Answer 9

• Translocatie
• Deletie
• Amplificatie
• Numerieke afwijking

Question 10

Oorzaken DNA-schade (5)

Answer 10

• Chemische instabiliteit
• Chemische verbindingen
• Biologische stoffen
• Fysische agentia
• Foutieve replicatie

Question 11

Chemische instabiliteit DNA-schade (2)

Answer 11

• Spontane hydrolyse: verbinding tussen de base en suikergroep gaat verloren. bij DNA-replicatie wordt deze abasische site overgeslagen en is er 1 deletie
• Deaminatie van basen: verdwijning van een aminogroep van een base.
  verandering van de base en inbouw van een andere complementaire base.

Question 12

Chemische verbindingen DNA-schade (2)

Answer 12

• Directe DNA-beschadiging: een stof bindt direct aan het DNA en beschadigd dit
• Indirecte DNA-beschadiging: een chemische stof moet eerst metabool geactiveerd worden voordat het het DNA kan beschadigen (cyclofosfamide en benzo(a)pyreen)

Question 13

Biologische stoffen DNA-schade (2)

Answer 13

• Endogene stoffen: zuurstofradicalen
• Exogene stoffen: stoffen geproduceerd door organismen (aflatoxine geproduceerd door een schimmel)

Question 14

Fysische agentia DNA-schade

Answer 14

Hoogenergetische straling

Question 15

Foutieve replicatie DNA-schade (2)

Answer 15

• Translesie synthese: Door DNA fout kan DNA-polymerase er niet overheen en gaat de cel dood
• DNA-polymerase proofreading fouten: normaal gesproken controle of alles goed ingebouwd is

Question 16

Soorten beschadigingen in het DNA (5)

Answer 16

• Chemische adducten
• Intrastreng crosslinks
• Interstreng crosslinks
• DNA-streng breuken
• Basepaar mismatches

Question 17

Chemisch adduct

Answer 17

een chemische stof bindt aan een nucleotide in het DNA (cisplatine), kan DNA-dubbele helix verstorend of niet verstorend zijn

Question 18

Intrastreng crosslink

Answer 18

Een kruisverbinding tussen nucleotiden in dezelfde DNA-streng (bijv cisplatine aan 2 guanines in dezelfde streng)

Question 19

Interstreng crosslink

Answer 19

Een kruisverbinding tussen nucleotiden in tegenover elkaar liggende DNA-strengen (bijv. cisplatine)

Question 20

Op hoeveel manieren kan cisplatine DNA-schade creëren en welke?

Answer 20

3
- Interstreng crosslink
- Intrastreng crosslink
- Chemisch adduct

Question 21

Hoe worden enkel en dubbelstrengsbreuken veroorzaakt?

Answer 21

Enkel: oxidatieve DNA-schade
Dubbel: ioniserende straling

Question 22

Basepaar mismatches

Answer 22

Een verkeerde base wordt ingebouwd (bijv. G-A), bij replicatie krijg je 1 streng met G-C en 1 met T-A

Question 23

Wat is een template?

Answer 23

Een kopie van hoe het DNA er origineel uitzag

Question 24

Verschillende soorten templates (3)

Answer 24

• Zusterchromatide (Beide DNA-strengen beschadigd)
• Homologe chromosoom (beide DNA strengen beschadigd)
• Complementaire DNA-streng (1 beschadigde DNA-streng)

Question 25

DNA-schade waarbij 1 streng beschadigd is (3)

Answer 25

- Mismatched basepaar - Intrastreng crosslink - Enkelstreng DNA-breuk

Question 26

DNA-schade waarbij beide strengen beschadigd zijn (2)

Answer 26

- Interstreng crosslinks - Dubbelstrengs DNA-breuk

Question 27

DNA-schade reparatiemechanismen (4)

Answer 27

- Base excisie reparatie (BER) - Nucleotide excisie reparatie (NER) - Niet-homologe DNA eind verbinding (NHEJ) - Homologe recombinatie (HR)

Question 28

Functie base excisie reparatie (BER)

Answer 28

Herstel kleine adducten (oxidatieve stress)

Question 29

Functie nucleotide excisie reparatie (NER)

Answer 29

Herstel grote adducten (UV-straling), repareert intrastreng crosslinks en DNA-dubbele helix verstorende adducten

Question 30

Ziekten waarbij NER niet goed werkt

Answer 30

Xeroderma pigmentosum (GG-NER) en Cockayne syndroom (TC-NER)

Question 31

2 soorten NER

Answer 31

- Globaal genoom NER: herkent beschadigingen door het gehele genoom - Transcriptie gekoppelde NER: herkent alleen beschadigingen in de getranscribeerde streng van het DNA. v.n. om celdood te voorkomen

Question 32

Kenmerken NHEJ (4)

Answer 32

- Direct aan elkaar ligeren van 2 uiteinden van een DNA-breuk - Geen template - Onnauwkeurig - Vindt plaats in G1 fase

Question 33

Kenmerken homologe recombinatie (4)

Answer 33

- Uitwisseling van DNA-strengen tussen DNA-moleculen - Zusterchromatide - Nauwkeurig - Vindt plaats in S-fase en G2-fase

Question 34

Werking RAD51

Answer 34

Belangrijk voor dubbelstrengs DNA-breukherstel, bevordert baseparing tussen het gebroken en intacte zusterchromatide. wordt beinvloedt door BRCA1/2

Question 35

Werking RAD51

Answer 35

Belangrijk voor dubbelstrengs DNA-breukherstel, bevordert baseparing tussen het gebroken en intacte zusterchromatide. wordt beinvloedt door BRCA1/2

Question 36

Welke fout kan er plaatsvinden bij homologe recombinatie die loss of heterozygositeit (LOH) tot gevolg heeft?

Answer 36

Homologe recombinatie vindt op het verkeerde tijdstip plaats waardoor er geen zusterchromatide is en de verkeerde template gebruikt wordt. Mogelijk gemuteerd allel kan gedupliceerd worden

Question 37

Welke fout kan er plaatsvinden bij NHEJ die LOH tot gevolg heeft

Answer 37

Bij deletie van een coderend deel van een chromosoom ontstaat er na NHEJ een korter chromosoom. Enkel het coderende deel van het gemuteerde allel is nog instant.

Question 38

Nauwkeurigheidsmechanismen van DNA-replicatie (3)

Answer 38

- Proofreading - Base selectie - Mismatch repair

Question 39

Wat is base selectie?

Answer 39

Voordat een nucleotide wordt ingebouwd, wordt de vorm bepaald. Eerst passen en dan pas covalent binden.

Question 40

Wat is proofreading?

Answer 40

Als een verkeerde base is ingebouwd en door de base selectie is heen gekomen wordt door exonuclease de foute base eruit geknipt.

Question 41

Wat is mismatch repair?

Answer 41

Als DNA-polymerase geweest is en er zit nog steeds een fout in, komt EXO1 de nucleotide en enkele eromheen verwijderen en het gat wordt weer gevuld door DNA-polymerase

Question 42

Welk DNA-reparatie mechanisme werkt niet goed bij Lynch syndroom

Answer 42

DNA mismatch repair

Question 43

Wanneer denken aan erfelijke CRC? (4)

Answer 43

- CRC onder 50 jaar - 2x CRC bij 1 patiënt - CRC en Lynch geassocieerde tumor bij 1 patiënt - 2 of meer familieleden met CRC of Lynch-tumor

Question 44

Behandeling Lynch met CRC

Answer 44

- < 60 jaar: totale colectomie met ileorectale anatomose - > 60 jaar: partiele colectomie

Question 45

Werking en bijwerking bleomycine

Answer 45

DNA-dubbelstrengsbreuken door oxidatieve radicalen dichtbij het DNA te concentreren. Bijwerking is vermindering van longfunctie (>10%)

Question 46

Werking etoposide

Answer 46

DNA-dubbelstrengsbreuken door remming topoisomerase II

Question 47

Werking PARP1

Answer 47

Repareert enkelstrengs DNA breuken door binding poly ADP ribose. maakt de reparatie efficienter.

Question 48

Wat gebeurt er met enkelstrengsbreuken bij replicatie?

Answer 48

Het worden dubbelstrengsbreuken

Question 49

Wat gebeurt er bij BRCA1/2 deficiente tumoren die PARP-remmers krijgen?

Answer 49

Er is een ophoping van enkelzijdige dubbelstrengsbreuken. De groei van de tumor wordt geremd.

Question 50

Voor detectie van wat wordt NGS gebruikt? (3)

Answer 50

Detectie van: - Kleine mutaties - Deleties en amplificaties - Translocaties en fusiegenen

Question 51

Wat is variant allel frequency (VAF)

Answer 51

Het aantal malen dat je bij NGS een afwijkend allel hebt gevonden t.o.v. de referentie.

Question 52

Toepassingen NGS (5)

Answer 52

- Differentiaal diagnostiek - Therapiekeuze - Clonaliteitsanalyse (metastase of primaire tumor) - Oncogenetica - Weefselidentificatie

Question 53

Wat is de invloed van een MDM2 genamplificatie op p53 en een tumorcel?

Answer 53

Door meer expressie van MDM2 wordt de p53 concentratie verlaagd waardoor Bax en p21 niet tot expressie komt. De cel gaat niet in apoptose

Question 54

Wat doet wnt?

Answer 54

Zorgt voor proliferatie van stamcellen in de darm en voor het vernietigen van het destructiecomplex van beta catenine.

Question 55

Wat is de invloed van beta-catenine op wnt?

Answer 55

beta-catenine gedraagt zich als zelfstandige transcriptiefactor die wnt gevoelige genen aanzet