4 Proteiinit

Question 1

proteiinin päät

Answer 1

N- ja C-terminaali eli amino- ja karboksiterminaali

Question 2

mihin viiteen ryhmään aminohapot luokitellaan?

Answer 2

1. ei-polaariset, alifaattiset: glysiini, alaniini, proliini, valiini, leusiini , isoleusiini ja metioniini
2. polaariset, varauksettomat:
   seriini, treoniini, kysteiini, asparagiini ja glutamiini (seriinissä ja treoniinissa OH-ryhmä, kysteiinissä S.)
3. aromaattiset: fenyylialaniini, tyrosiini ja tryptofaani (tyrosiinissa OH-ryhmä, tryptofaanissa aromaattisen renkaan lisäksi rengasrakenne, jossa NH)
4. positiivisesti varautuneet: lysiini, arginiini ja histidiini
5. negatiivisesti varatut: asparagiinihappo ja glutamiinihappo

Question 3

mikä määrittää aminohapon ominaisuudet?

Answer 3

sivuketju

Question 4

aminohappojen välinen sidos

Answer 4

peptidisidos

Question 5

mikä aminohappo voi muodostaa rikkisiltoja?

Answer 5

kysteiini

Question 6

protiinin sekundäärirakenteita

Answer 6

alfaheliksi ja betalaskos

Question 7

selitä homologia, paralogia ja ortologia

Answer 7

Homologia: yläkäsite, paralogia ja ortologia ovat siis homologeja.

Paralogia: esim. Ihmisen hemoglobiini ja myoglobiini

Ortologia: esim. Norsun hemoglobiini ja ihmisen hemoglobiini

Question 8

post-translationallinen modifikaatio

Answer 8

• Voivat olla palautumattomia/palautuvia
• Muokkaavat proteiinien rakennetta, stabiliteettia ja toimintaa
• Yleisimpiä:
  1. Metylaatio: metyylitransferaasi (metylaasi) lisää metyyliryhmän substraattiin, demetylaasi poistaa

2. Fosforylaatio (kinaasi lisää, fosfataasi poistaa),
3. Asetylaatio (asetylaasi lisää, deasetylaasi poistaa),
4. Ubikitinilaatio: proteiiniin liitetään ubiqitiini proteiini, jonka takia proteiini viedään hajotettavaksi proteasomiin: UPS-system)
5. N- ja O- glykosylaatiot (NH ja OH-ryhmien glykosylaatio). Glykosylaatiossa ketjun aminohappoihin kiinnitetään sokerirakenteita.

Question 9

kinaasi

Answer 9

entsyymi, joka fosforyloi proteiineja

Question 10

proteasomi

Answer 10

proteiinin hajotuspaikka (ubiquinaatiossa)

Question 11

Kerro proteiinirakenteen neljästä tasosta

Answer 11

Primäärirakenne: aminohappojärjestys. Peptidisidokset aminohappojen välillä. Yhtä aminohappoa vastaa DNA:ssa tietyt kodonit eli emäskolmikot. Peptidisidos on amidisidos kahden aminohapon amino- ja karboksyyliryhmien välillä.

Sekundäärirakenteessa aminohappojen välille muodostuu vetysidoksia. Sivuketjut eivät osallistu näiden muodostamiseen vaan jäävät kierteen/levyn/käännöksen ulkoreunalle. Alfaheliksi, betalaskos ja betakäännös ovat sekundäärirakenteita.

Tertiäärirakenteet ovat sekundaarirakenteiden yhdistelmiä. Vetysidosten lisäksi aminohappojen ja niiden sivuketjujen välille voi muodostua esim. kovalenttisia sidoksia (rikkisilta kysteiinien välille), ionisidoksia ja heikkoja voimia.

Kvaternäärirakenne on tertiäärirakenteiden yhteenliittymä.