Aminoacides

Question 1

Qu’est ce qu’une protéine ?

Answer 1

une protéine est un constituant extrêmement important des cellules vivantes, tant au niveau qualitatif que quantitatif. Elles représentent en général plus de la moitié du poids sec de la cellule. Les protéines sont le produit de l’expression de l’information génétique qui permettent l’exécution.

Question 2

Quelle est la différence entre les acide aminé et les peptides ?

Answer 2

On va distinguer :
- Les acides aminés = aminoacides (AA)
- Les Peptides = enchaînement d’aminoacides liés par liaison peptidique (chaîne courtes) -
Protéines = polypeptides (long peptides)

Question 3

Quelles sont les protéines qui ont un rôle biologique capital ?

Answer 3

• Enzymes qui sont des catalyseurs biologiques indispensables au déroulement des réactions dans la cellule
• Des transporteurs, comme l’albumine qui est un transporteur que l’on retrouve dans le sérum et le plasma
• Des récepteurs cellulaires
• Des hormones
• Des anticorps qui ont un rôle très important dans le système immunitaire - Protéines de
  réserve = ovalbumine…

Question 4

Combien il y a d’acide aminé ?

Answer 4

Il existe un 21ème acide–aminé rare (découvert récemment) : sélénocystéine, il est incorporé dans les protéines au cours de la traduction comme les 20 que l’on va voir (à partir de la sérine)

Question 5

Qu’est ce qui constitue un acide aminé ?

Answer 5

Un acide aminé est un composé qui possède :
- Une fonction acide carboxylique COOH ou COO- (sous forme ionisée)
- Une fonction basique amine NH2 ou NH3
+ (sous forme ionisée)

Question 6

Quels sont les 2 cas particuliers ?

Answer 6

• La glycine : C’est le seul AA non chiral, car il n’a pas de C*, c’est le plus petit des AA, il a juste un groupement H au niveau du groupement latéral R
• La proline : C’est un acide α-iminé car on a un groupe aminé secondaire et sa chaine latéral est liée à la fois au groupe α-carboxyle et α-aminé.

Question 7

Comment on distingue les AA dans la classification ?

Answer 7

• Les AA (α-aminés) constitutifs des protéines : standards ou primaires
• Les AA non constitutifs des protéines , α ou non α

Question 8

Qu’est ce qu’un alpha aminé ?

Answer 8

Ils ont un C𝛼. Ils sont codés par le code génétique et sont incorporés pendant la traduction (au niveau des ribosomes) dans les protéines. Ils peuvent subir des modifications post-traductionnelles (≠ modifications post-transcriptionnelles), ce peut être des ajouts de différents groupements sur les AA ce
qui modifie la fonction des protéines. On en compte 20 dans le génome humain

Question 9

Qu’est ce qu’un AA non constitutif ?

Answer 9

Ils ne sont pas incorporés pendant la traduction. Ils sont isolés au sein de la cellule et peuvent intervenir dans différents cycle (ex : cycle de l’urée). La citrulline et l’ornithine entrent dans le métabolisme
cellulaire.
- On retrouve également de petits peptides isolés qui entrent dans la constitution de micro￾organismes ou végétaux. On ne les retrouve qu’à l’état libre.

Question 10

Quels sont les 2 acide α - aminés rares, non-standards mais constitutifs ?:

Answer 10

• Sélénocystéine (notée Sec ou U)
• Pyrrolysine (notée Pyl ou O)

Question 11

Quelle est la nomenclature officielle ?

Answer 11

« acide α-amino » + nom de l’acide organique
On nomme les carbones par rapport à celui qui porte la fonction COOH, en grec : α, β, γ, δ, ε suivant le type d’AA auquel on a affaire.

Question 12

Quel sont les dénominations a connaître pour chaque acide aminé ?

Answer 12

• Noms courants, d’usage : Glycine, Alanine, Tryptophane…
• Systèmes en 3 lettres : Gly pour glycine, Ala pour alanine, Val pour valine, Met pour
  méthionine, His pour histidine…
• Système à 1 lettre : G pour glycine, A pour alanine, W pour Tryptophane…

Question 13

De quelle façon classifie t-on les aminoacides ?

Answer 13

1. NOMBRE TOTAL D’ATOMES DE CARBONE : (carbones du groupement latéral + carbones des fonctions)
2. NATURE CHIMIQUE DU GROUPEMENT LATERAL R (souvent cette classification)
3. CLASSEMENT SELON LA POLARITE DU GROUPEMENT LATERAL R

Question 14

A quoi correspond C2 ?

Answer 14

Gly

Question 15

A quoi correspond C3 ?

Answer 15

Ala, Ser, Cys

Question 16

A quoi correspond C4 ?

Answer 16

Thr, Asn, Asp

Question 17

A quoi correspond C5 ?

Answer 17

Val, Met, Pro, Gln , Glu

Question 18

A quoi correspond C6 ?

Answer 18

Ile, Leu, Lys, Arg, His

Question 19

Concernant le groupement latéral R aliphatique (non cyclique) , a quoi correspond R hydrocarbonée ?

Answer 19

Linéaire : glycine & Alanine
Ramifié: Valine, Leucine et Isoleucine

Question 20

Concernant le groupement latéral R aliphatique (non cyclique) , a quoi correspond fonction alcool ?

Answer 20

Sérine & tréonine
Memo: T’es Saoul ?

Question 21

Concernant le groupement latéral R aliphatique (non cyclique) , a quoi correspond soufré ?

Answer 21

Cystéine & méthionine
Mémo: je soufré en CM

Question 22

Concernant le groupement latéral R aliphatique (non cyclique) , a quoi correspond Amide ?

Answer 22

Aspartate & glutamine

Question 23

Concernant le groupement latéral R aliphatique (non cyclique) , a quoi correspond Acide ?

Answer 23

Aspartate & glutamate
Mémo: aciDE

Question 24

Concernant le groupement latéral R aliphatique (non cyclique) , a quoi correspond basique ?

Answer 24

Lysine & arginine
Memo: KRacher c’est la base

Question 25

Concernant le groupement latéral R cyclique, a quoi correspond fonction basique ?

Answer 25

Histidine

Question 26

Concernant le groupement latéral R cyclique, a quoi correspond aromatique ?

Answer 26

Phénylalanie Tyrosine Tryptophane

Question 27

Concernant le groupement latéral R cyclique, a quoi correspond hétérocyclique ?

Answer 27

Tryptophane Proline Histidine

Question 28

Qu'est ce que la classification selon la polarité du groupement latéral R ?

Answer 28

C’est une classification par rapport à la charge des chaines latérales à pH neutre. Il existe deux types : * AA à groupement latéral polaire = Au plus l’AA est ramifié au plus il sera polaire. Ils sont en majorité hydrophiles * AA à groupement latéral non polaire (apolaire) = Ils sont tous non ionisables c’est-à-dire non chargés à pH neutre.Ces AA qui possèdent une chaine apolaire, sont fortement hydrophobes.

Question 29

Concernant les AA à groupement latéral polaire , quels sont les 3 types d'ionisation à pH neutre ?

Answer 29

- Non chargé à pH neutre : Serine, Thréonine, Cystéine, Asparagine, Glutamine, Tyrosine - Chargés négativement à pH neutre (l’AA est qualifié d’acide) : Aspartate, Glutamate - Chargés positivement à pH neutre (l’AA est qualifié de basique) : Lysine, Arginine, Histidine

Question 30

Qu'est ce qu'un AA essentiel ou indispensable ?

Answer 30

Ce sont des AA non synthétisé par l'organisme, par conséquent ils doivent être apporté par l'alimentation. Ils sont 8 !

Question 31

Qu'est ce qu'un AA semi-essentiel ?

Answer 31

Ce sont des AA synthétisable par l'homme mais peuvent être insuffisant dans certaines conditions: -doivent être apporté par l'alimentation pour éviter des carences exemple: insuffisance hépatique , prématurité et lors de la croissance Ils sont 2 !

Question 32

Qu'est ce qu'un AA non essentiel ?

Answer 32

Ce sont des AA synthétisable en quantité suffisante par l'organisme . Ils sont 10