ACP
Méthode statistique descriptive multivariée qui permet de décrire les relations qui existentn entre plusieurs variables quantitatives.
PCoA
Analyse en coordonnées principales:
mesure d’ordination de données de communautés.
Méthode d’ordination multivariée qui se base sur une matrice de distance de similarités entre ces objets.
La PCoA sert à représenter et analyser la structure des communautés biologiques à partir de distances écologiques adaptées, afin de comparer les stations, détecter des gradients et visualiser l’effet global des pressions environnementales.
C’est quoi la valeur propre ? (PCoA)
Les valeurs propres (eigenvalues) de la PCoA représentent la portion de la distance totale
entre les sites contenue dans chacun des axes obtenus.
Une très grande valeur propre = l’axe represente très bien une grande parite des distances réelles.
Une petite valeur propre= m’axe représente seulement une petite portion.
Une valeur propre mesure combien d’information (variance / inertie) est portée par une direction particulière de l’espace des données.
NMDS
Positionnement multidimensionnel non métrique:
Méthode d’ordination non linéaire utilisée pour représenter graphiquement la ressemblance ou dissimilarité entre sites/individus.
Quels sotn les sites qui se ressemblent le plus et quels sont les sites qui se dinstinguent
Stress (nmds)
mesure de la qualité du NMDS, soit combien le graphique arrive à reproduire les relations entre distances.
Plus le stress est faible, plus la représentation est fidèle
stress <0.1: excellent
stress > 0.2: mauvais.
(n
CA
méthode d’ordination adaptée aux tableaux de contingence.
Permet de visualiser les associations entre lignes et colonnes dans un même espace graphique.
Quelles lignes et colonnes sont similaires, associées?
Quels axes résument le mieux ces relations.
RDA
méthode d’ordination sous contrainte, qui se base sur le même principe qu’une ACP sous contraintes de variables explicatives.
Quelles variables environnementales expliquent le mieux les variations d’abondance des espèces et leur répartition ?
e
CCA
méthpde d’ordination sous contraintes, basés sur les résidus du chi2 d’un tableau de contingence. Elle met l’accent sur les espèces rares
