Les trois niveaux de la biodiversité
La diversité des écosystèmes
La diversité des espèces
La diversité génétique
Diversité génétique
Diversité génétique des individus au sein d’une espèce
Population
Un ensemble d’individus d’une même espèce vivant dans le même milieu
Taxon
Un groupe de la classification du vivant
Ex: mammifères
Estimation biodiversité
Richesse spécifique
Abondance
Richesse spécifique
Correspond au nombre d’espèces vivant dans un milieu
Abondance
Le nombre d’individus, d’une population, d’une espèce ou d’un plus grand taxon
Méthode estimation abondance et richesse spécifique
Metabarcoding
Observation des spécimens (identification morphologique)
Metabarcoding
Consiste à prélever l’ADN environnemental le séquencer et le comparer à des séquences connues d’espèces dans la banque de données. On peut identifier des espèces dans observation directe.
Séquencer
Détermination de la séquence de nucleotides A T G C
ADN environnemental
ADN dans un milieu
Abondance relative
Estimation de la proportion d’individus d’une espèce par rapport au nombre total d’individus.
Estimation biodiversité a l’échelle génétique
Estimer la fréquence d’un caractère dans une population
Estimation abondance
CMR (capture-marquage-recapture)
Calcul CMR
M/N=m/n
Soit N=n*M/m
Phénomène : fluctuation d’échantillonnage
Lorsque l’on étudie plusieurs échantillons de même taille d’une même population on observer que les résultats ne sont pas identiques selon les échantillons
Affiner l’estimation et diminuer les fluctuations
Augmente la taille de l’échantillon
Effectue plusieurs CMR et en calculant un moyenne des m individus recapturés et marqués
Intervalle de confiance
Intervalle de valeurs au sein duquel se trouve l’effectif de la population pour un niveau de confiance donné
Rapport intervalle échantillon
L’intervalle est d’autant plus réduit que l’effectif de l’échantillon est grand. L’estimation est donc meilleure
Intervalle
[f-1/racine de n; f+1/racine de n]
Fréquence
F=nombre d’individus possédant le caractère de l’échantillon / effectif de l’échantillon(n)
Fréquence à partir résultats CMR
Utilisée pour estimer l’effectif N d’une pop
f= nombre d’individus recaptures et marques (m)/ effectif de l’échantillon(n)
On calcule un intervalle de confiance au sein duquel on pense que l’estimation de l’effectif N de la pop est juste
Phrase intervalle
La fréquence de … dans la pop est comprise entre ..% et …% avec un niveau de confiance de 95%
Phénotype
Entre crochet
