microbiologie > caractérisation > Flashcards

caractérisation Flashcards

(92 cards)

Study These Flashcards
1
Q
A
How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
2
Q

La taxinomie se définit comme la science de la _______.

A

classification biologique

Elle est composée de trois parties : classification, nomenclature et identification.

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
3
Q

Quels sont les trois parties de la taxinomie?

A
  • Classification
  • Nomenclature
  • Identification

Ces parties sont interconnectées et essentielles pour l’étude des organismes.

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
4
Q

Le terme systématique est souvent utilisé pour taxinomie, mais implique une étude scientifique plus _______.

A

générale des organismes

La systématique vise à caractériser et à arranger les organismes de manière ordonnée.

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
5
Q

Qui a développé la première classification naturelle au dix-huitième siècle?

A

Carl von Linné

Cette classification était basée sur des caractères anatomiques.

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
6
Q

La classification phénétique classe les organismes suivant la similitude de leurs caractères _______.

A

phénotypiques

Ce système a aidé à clarifier la fonction des structures morphologiques.

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
7
Q

La classification génotypique cherche à comparer la similarité _______ entre organismes.

A

génétique

Elle peut comparer des gènes individuels ou des génomes entiers.

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
8
Q

Le terme phylogénie désigne le développement évolutif d’une _______.

A

espèce

Il est lié à l’étude des relations évolutives entre les organismes.

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
9
Q

La définition de l’espèce bactérienne ou archéenne est une question largement _______.

A

débattue

Cela est dû à la complexité de la classification des micro-organismes.

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
10
Q

Les biovars sont des souches variantes caractérisées par des différences _______.

A

biochimiques ou physiologiques

D’autres types incluent les morphovars et les sérovars.

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
11
Q

Le système binomial de Linné comprend deux parties : le nom générique et le nom de _______.

A

l’espèce

Le nom générique commence par une majuscule, tandis que le nom de l’espèce est en minuscules.

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
12
Q

Un superphylum inclut des organismes de plusieurs phyla qui partagent un nombre de caractéristiques _______.

A

distinctives

Ce terme est utilisé dans le cadre de la classification taxinomique moderne.

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
13
Q

La souche type d’une espèce est souvent l’une des premières souches _______.

A

étudiées

Elle devient le détenteur du nom de l’espèce et assure la permanence des noms.

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
14
Q

Les micro-organismes qui n’ont pas encore été cultivés peuvent recevoir un nom provisoire de genre et d’espèce précédé par le terme _______.

A

Candidatus

Cela signifie que l’organisme est un candidat pour une classification formelle.

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
15
Q

Quel est le terme utilisé pour désigner un nom d’espèce provisoire précédé par le terme Candidatus?

A

Candidatus

Cela signifie que le micro-organisme n’a pas encore été cultivé sous forme de culture pure mais a suffisamment de caractérisation génétique.

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
16
Q

Les approches classiques de la taxinomie utilisent des caractéristiques morphologiques, physiologiques, biochimiques et écologiques. Vrai ou faux?

A

VRAI

Ces caractéristiques forment les bases de la classification phénotypique.

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
17
Q

Les caractéristiques morphologiques sont importantes en taxinomie microbienne pour quelles raisons?

A
  • Facilité d’étude
  • Significativité des comparaisons morphologiques
  • Indication de parenté phylogénétique

Les caractères morphologiques sont habituellement génétiquement stables.

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
18
Q

Quel type d’analyse biochimique est utilisé pour identifier les micro-organismes en taxinomie microbienne?

A

Analyse FAME

L’analyse des acides gras révèle des différences spécifiques dans les profils d’acides gras.

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
19
Q

La technique MALDI-ToF est utilisée pour quoi en microbiologie?

A

Identification rapide et précise de bactéries

Elle analyse des biomolécules complexes et fournit la masse de protéines bactériennes.

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
20
Q

Les caractéristiques écologiques d’un micro-organisme peuvent inclure:

A
  • Modèles de cycles biologiques
  • Relations symbiotiques
  • Préférences d’habitat

Ces caractéristiques ont une valeur taxinomique importante.

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
21
Q

La composition en bases des acides nucléiques est utilisée pour estimer la similarité taxonomique. Vrai ou faux?

A

VRAI

Le rapport (G + C)/(A + T) reflète la séquence en bases et varie avec les modifications de séquence.

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
22
Q

Quel est le contenu en G + C typique des micro-organismes?

A

Environ 25 à presque 80 %

Cela varie fortement par rapport aux plantes et animaux supérieurs, qui ont un contenu moyen d’environ 40 %.

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
23
Q

La hybridation ADN-ADN est utilisée pour comparer quoi?

A

La similarité entre génomes

Elle permet de former des ADN double brin stables entre des séquences complémentaires.

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
24
Q

Quel est le seuil de parenté en hybridation ADN-ADN souvent considéré pour deux souches d’être de la même espèce?

A

Au moins 70 % de parenté

Cela est souvent accompagné de moins de 5 % de différence de leur Tm.

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
25
Quel est le remplacement prometteur de l'hybridation ADN-ADN qui utilise l'**identité nucléotidique moyenne (INM)**?
Alignement par paires entre les ADN séquencés ## Footnote L'INM a été utilisée pour comparer des séquences génomiques entières et des segments de nucléotides.
26
L’**INM** est un remplacement prometteur de quoi?
l’hybridation ADN-ADN ## Footnote L’INM a été utilisée pour comparer des séquences génomiques entières et des segments de nucléotides.
27
Une valeur d’INM de **95 à 96 %** est comparable à quelle valeur minimale nécessaire pour la délimitation d’une espèce?
70 % ## Footnote Cela indique que l’INM est un outil efficace pour la classification des espèces.
28
Les **ARNr des petites sous-unités ribosomales** sont devenues des molécules de choix pour quoi?
* Attribution des phylogénies microbiennes * Identification du genre ## Footnote Elles sont idéales pour l’étude de l’évolution et des parentés microbiennes.
29
Pourquoi les gènes qui encodent les **ARNr PSU** ne peuvent-ils pas tolérer des mutations importantes?
Ils sont essentiels à la survie des ribosomes ## Footnote Les ribosomes ne peuvent fonctionner sans les ARNr PSU.
30
Les **séquences oligonucléotidiques signatures** sont spécifiques à quel type d'organismes?
Un groupe d’organismes phylogénétiquement défini ## Footnote Ces séquences sont conservées et spécifiques à des groupes, facilitant l'identification.
31
Le site **Ribosomal Database Project** est dépositoire de quoi?
Centaines de milliers de séquences d’ARNr ## Footnote Il facilite l’analyse comparative précise des séquences d’ARNr.
32
La **PCR** est utilisée pour amplifier quel type de gènes?
Les gènes codant pour les ARNr ## Footnote Cela permet d’amplifier l’ADNr des micro-organismes, cultivables ou non.
33
Vrai ou faux: L’analyse de milliers de séquences d’ARNr 16s a montré que 98,5 % d’identité correspond à moins de 70 % d’hybridation ADN-ADN.
FAUX ## Footnote Aucune paire de microbes partageant 98,5 % d’identité n’a présenté moins que 70 % d’hybridation ADN-ADN.
34
Les **indels** sont des insertions ou des délétions spécifiques à quoi?
Des positions fixes dans des gènes ## Footnote Ils sont utiles dans les études phylogénétiques lorsqu’ils sont flanqués de régions conservées.
35
Les séquences signatures dans des régions hautement conservées des gènes domestiques sont peu affectées par quoi?
Les transferts génétiques horizontaux ## Footnote Cela les rend fiables pour l’analyse phylogénétique.
36
Qu'est-ce que l'**ARNr PSU** et comment peut-il être analysé?
Peut être analysé par digestion avec des enzymes de restriction ## Footnote Les différences de séquences de gènes ARNr peuvent être identifiées sans séquençage nucléotidique.
37
Quelle méthode nécessite l'**amplification PCR** du gène qui encode l'ARNr?
Polymorphisme de la longueur des fragments de restriction (RFLP) ## Footnote Cette méthode fournit suffisamment d'ADN pour l'analyse.
38
Qu'est-ce que le **ribotypage**?
Une méthode qui omet la nécessité de la PCR et utilise une sonde nucléotidique marquée ## Footnote Les gènes d'ARNr sont détectés après hybridation avec une sonde d'ARNr marquée.
39
Qu'est-ce qu'un **phylotype**?
Un micro-organisme non cultivable identifié uniquement par sa séquence d'acide nucléique ## Footnote Cela inclut d'autres caractéristiques observables et quantifiables.
40
Quels types de **séquences répétitives** sont utilisées pour l'identification microbienne?
* Éléments BOX de 154 pb * Séquence ERIC de 124-127 pb * Séquences REP de 35-40 pb ## Footnote Ces séquences sont généralement intergéniques et conservées au sein des genres.
41
Quelles sont les **étapes** dans la construction d'un arbre phylogénétique?
* Aligner les séquences * Examiner le signal phylogénétique * Choisir une méthode pour construire l'arbre * Appliquer la méthode à un ordinateur * Examiner manuellement l'arbre ## Footnote Chaque étape est cruciale pour assurer la validité de l'arbre phylogénétique.
42
Qu'est-ce que l'**analyse de séquence multilocus (MLSA)**?
Une technique qui compare de 5 à 7 gènes domestiques conservés pour identifier une espèce microbienne ## Footnote Elle évite les résultats trompeurs dus au transfert génétique horizontal.
43
Vrai ou faux: Les méthodes basées sur les caractères pour construire des arbres phylogénétiques sont plus simples que celles basées sur la distance.
FAUX ## Footnote Les méthodes basées sur les caractères sont plus compliquées mais produisent des arbres plus robustes.
44
Qu'est-ce que le **polymorphisme au niveau du nucléotide (SNP)**?
Permet d'échantillonner une fraction plus grande du génome en se concentrant sur des changements mononucléotidiques ## Footnote Utilisé pour la génétique humaine, il cible des régions conservées.
45
Qu'est-ce qu'une **unité taxonomique opérationnelle (UTO)**?
Un terme générique pour la source biologique de chaque extrémité de branche dans un arbre phylogénétique ## Footnote Utilisé pour identifier les micro-organismes dans la nature.
46
Quelles sont les **deux catégories majeures** pour construire un arbre phylogénétique?
* Approche basée sur la distance (phénétique) * Approche basée sur le caractère (cladistique) ## Footnote Chaque approche a ses propres méthodes et applications.
47
Le changement évolutif suit le chemin le plus court avec le moins de _______ entre l'ancêtre et l'organisme en question.
modifications ou d’étapes ## Footnote Cette approche est connue sous le nom de postulat de parcimonie.
48
Quelle méthode d'analyse nécessite un très grand ensemble de données pour évaluer la probabilité d'un arbre phylogénétique?
maximum de vraisemblance ## Footnote Cette méthode évalue chaque arbre possible basé sur une hypothèse d'évolution.
49
Quels sont les **deux types d'arbres** mentionnés dans le texte?
* Arbre non raciné * Arbre raciné ## Footnote Un arbre non raciné représente les relations phylogénétiques sans indiquer l'ancêtre commun.
50
Un arbre raciné comporte un nœud qui sert d'_______ commun.
ancêtre ## Footnote Cela montre le développement des espèces à partir de cette racine.
51
Pour relier quatre espèces, combien d'arbres racinés sont possibles?
quinze ## Footnote En comparaison, seulement trois arbres non racinés sont possibles.
52
Comment un arbre non raciné peut-il être raciné?
En ajoutant des données d'un groupe extérieur ## Footnote Cela permet de déterminer le nœud le plus ancien de l'arbre.
53
Quelle méthode est la plus commune pour évaluer la robustesse d'un arbre phylogénétique?
bootstrapping ## Footnote Cette méthode implique l'analyse d'un sous-ensemble de données choisies au hasard.
54
Une valeur de bootstrap d'au moins _______% est nécessaire pour soutenir l'appartenance d'une branche à un arbre.
70 ## Footnote Les valeurs de bootstrap sont exprimées en pourcentages.
55
Les valeurs d'inférence bayésienne supérieures à _______% sont considérées comme acceptables.
95 ## Footnote Ces valeurs ne sont pas directement comparables aux valeurs de bootstrap.
56
L'échelle sur un arbre phylogénétique illustre la _______ évolutive.
distance ## Footnote Cette distance est mesurée en nombre de mutations par 1 000 nucléotides.
57
Les transferts génétiques _______ compliquent la construction d'arbres phylogénétiques.
horizontaux ## Footnote Ces transferts sont fréquents et largement répandus dans l'évolution microbienne.
58
Le noyau génomique est l'ensemble des gènes trouvés chez tous les membres d'une _______.
espèce ## Footnote Il représente le nombre minimum de gènes nécessaires à la survie.
59
Le _______ consiste en chacun des gènes dans chaque souche d'une espèce.
pangénome ## Footnote Il inclut le génome de base plus les gènes additionnels trouvés dans certaines souches.
60
Le génome de base d'E. coli consiste en environ _______ gènes.
2 800 ## Footnote Le pangénome d'E. coli est estimé à environ 16 000 gènes.
61
Les ancêtres des Cyanobacteriae effectuaient la photosynthèse _______.
oxygénique ## Footnote Cela a transformé notre planète anoxique en une planète oxygénée.
62
Le dernier ancêtre universel commun est connu sous le nom de _______.
LUCA ## Footnote LUCA est situé sur la branche bactérienne de l'arbre de la vie.
63
Les mitochondries et les chloroplastes sont nés de l'incorporation de _______ endosymbiotiques.
bactéries ## Footnote Ces organites possèdent un chromosome circulaire unique.
64
Les **mitochondries** et les **chloroplastes** sont nés de l'incorporation de _______.
bactéries endosymbiotiques ## Footnote Ces organites possèdent un chromosome circulaire unique et se reproduisent par fission binaire.
65
Les mitochondries et les chloroplastes ont des **ribosomes** de type _______.
70S ## Footnote Contrairement aux ribosomes 80S trouvés dans les cellules eucaryotes.
66
L'**hypothèse endosymbiotique** postule que les mitochondries et les chloroplastes proviennent de _______.
bactéries endosymbiotiques ## Footnote Cela implique une série d'événements évolutifs complexes.
67
Une cellule eucaryote ancestrale a perdu sa _______ mais a acquis l'actine.
paroi cellulaire rigide ## Footnote Cela a permis une mobilité de type amiboïde.
68
Le processus par lequel une cellule eucaryote engloutit une cellule bactérienne pour obtenir de l'énergie est appelé _______.
prédation ## Footnote Cela a conduit à une relation mutualiste entre l'hôte et l'endosymbiote.
69
Les **hydrogénosomes** sont observés chez certains protistes et sont responsables de la conversion du pyruvate en _______.
acétate, H2 et CO2 ## Footnote Cela se produit avec la production d'ATP.
70
Les **mitosomes** ont été récemment décrits et sont similaires aux _______.
hydrogénosomes ## Footnote Ils sont également trouvés chez certains protistes.
71
Les **chloroplastes** sont apparus lorsque des eucaryotes aérobies ont englobé une _______.
cyanobactérie ## Footnote Cet événement a conduit à l'évolution des plantes vertes et des algues.
72
Le **concept de l'espèce** est un cadre théorique utilisé pour comprendre _______.
la classification des organismes ## Footnote Il reste difficile de s'accorder sur une définition précise, surtout pour les microbes.
73
Les bactéries et les archées sont dépourvues de _______ et de caractères morphologiques étendus.
reproduction sexuelle ## Footnote Cela complique la définition d'une espèce microbienne.
74
L'**ICSP** a recommandé d'utiliser le séquençage du gène de l'ARNr PSU pour définir _______.
l'espèce microbienne ## Footnote Cela permet de comparer des microbes non cultivés.
75
Les **mutations adaptatives** sont des mutations qui confèrent un _______ de croissance.
avantage ## Footnote Elles sont retenues et peuvent être fixées dans une population.
76
Un **écotype** est une population de micro-organismes qui sont génétiquement très semblables mais _______.
écologiquement distincts ## Footnote Ils émergent suite à des événements génétiques spécifiques.
77
Le terme **équilibres ponctués** a été forgé pour décrire des périodes de _______ dans l'évolution.
spéciation rapide ## Footnote Cela se produit souvent suite à des changements environnementaux brusques.
78
Le **pangénome** est le répertoire génétique complet d'un _______.
taxon ## Footnote Les gènes domestiques sont requis pour le métabolisme normal.
79
Le **transfert horizontal de gènes** (THG) nécessite un groupe _______ de micro-organismes.
génétiquement hétérogène ## Footnote Cela permet l'échange de matériel génétique entre microbes.
80
Le **THG** requiert un groupe génétiquement _______ de micro-organismes.
hétérogène ## Footnote Le THG ne dépend pas de la réplication mais de l'échange de matériel génétique entre micro-organismes.
81
Les micro-organismes avec des génomes très réduits sont généralement adaptés à une niche _______.
écologique stable et spécifique ## Footnote Ces microbes ne montrent pas d'indication de THG.
82
Les symbiotes intracellulaires obligatoires ne peuvent croître qu’à l’intérieur de leurs _______.
hôtes ## Footnote Dans ces cas, il n'y a pas d'autres micro-organismes avec qui échanger des gènes.
83
Dans certaines bactéries et archées, le taux de **THG** peut atteindre jusqu’à _______ du génome.
la moitié ## Footnote Les gènes acquis par THG étendent surtout les possibilités métaboliques.
84
Il y a environ _______ espèces d’archées et de bactéries cultivées.
11 000 ## Footnote La plupart des espèces microbiennes sont réfractaires à la culture en laboratoire.
85
Les estimations du nombre total d’espèces de microbes dans la nature fluctuent entre _______ à un million.
100 000 ## Footnote Ces estimations incluent environ 10^30 cellules individuelles.
86
En 1923, David Bergey et ses collègues ont publié le **Bergey’s Manual of Determinative Bacteriology** pour l’identification des _______.
espèces bactériennes ## Footnote Ce manuel est maintenant à sa neuvième édition publiée en 1994.
87
La première édition du **Bergey’s Manual of Systematic Bacteriology** a été publiée en _______.
1984 ## Footnote Elle contient des descriptions de toutes les espèces de procaryotes identifiées à l’époque.
88
La seconde édition du **Bergey’s Manual of Systematic Bacteriology** est composée de _______ volumes.
cinq ## Footnote Chaque volume couvre un groupe spécifique de microbes et est écrit par des experts.
89
La classification dans la première édition du Bergey était _______ (basée sur une caractérisation phénotypique).
phénétique ## Footnote La seconde édition est largement phylogénétique.
90
Les réponses à la **coloration de Gram** sont considérées comme des caractères phénétiques mais jouent aussi un rôle dans la classification _______.
phylogénétique ## Footnote Elles sont importantes pour la classification des micro-organismes.
91
La seconde édition du Bergey’s Manual donne plus d’informations _______ sur les taxons individuels.
écologiques ## Footnote Elle ne regroupe pas toutes les bactéries cliniquement importantes comme la première édition.
92
Les espèces pathogènes dans la seconde édition du Bergey’s Manual sont placées _______.
phylogénétiquement ## Footnote Elles se trouvent dispersées dans les cinq volumes.
microbiologie
flashcards
Decks in class (8)
# Cards
Brainscape helps you reach your goals faster, through stronger study habits.
© 2026 Bold Learning Solutions. Terms and Conditions