Définition de taxonomie ?
Établir des groupes naturels d’organismes présentant des caractères communs (arrangement/loi)
C’est quoi l’ordre de la hiérarchie des taxons ? De plus large, au plus précis
- Domaine
- règne
- Phylum (absent chez les procaryotes)
a) embranchement
b) sous-embranchement - Classe
- Ordre
- famille
- genre
- espèce
La taxonomie inclut…
- L’identification (description et caractérisation)
- Nomenclature (noms)
- Classification (systématique)
soit l’arrangement et relations inter-groupes
Quelle est le suffixe qui nous indique que nous sommes au niveau de l’ordre ?
« ales »
Combien de domaines dans le monde des vivants et quels sont-ils ?
3
- Bactéries
- Archées
- Eucaryotes
Définition d’une culture pure ?
Population (culture) de microorganismes où tous les individus ont les mêmes caractéristiques
Définition de souches ou isolats (sous-cultures) ?
Tous les descendants (sous-cultures) d’une culture pure
C’est quoi le nom d’un groupe de souches dont les caractéristiques sont presque identiques (Taxon de base) ?
Espèce
Une souche-type est une souche qui possède toutes les caractéristiques représentatives de …
l’espèce
Comment décrire et caractérisé un organisme isolé ? (liste d’éléments (8))
- Caractères culturaux
- Composition biochimique
- Caractéristiques physiologiques
- Métabolisme
- Matériel génétique
- Interactions avec l’hôte
- Écologiques
- Moléculaire
Quelques exemples de caractères culturaux
Taille, forme, arrangement
Structures cellulaires/endospores
Réaction aux colorants
On détermine quoi avec la composition biochimique ?
Paroi cellulaire, membranes
Ensuite, on compare
Quels sont les caractères physiologiques ?
- Exigences nutritionnelles (facteurs de croissance, milieux de cultures, source de carbone)
- Conditions d’incubations
Métaboliquement, on identifie, regarde quoi ?
Produits finaux de fermentation
Enzymes extracellulaires
Pour le matériel génétique, on observe quoi ?
Composition en G+C% (guanine et cytosine) animaux + plantes –» 30-50 % microorganismes –»25-80%
- Nombre de chromosomes (eucaryotes)
- Plasmides : Tailles, nombre, gènes plasmidiques
Quelles sont les interactions avec l’hôte ?
- Pathogénicité de l’organisme
- Capacité de provoquer une maladie chez différents hôtes
- symbiose
Écologiques englobent quoi ?
- Habitats
- Niche écologique, rôle dans les cycles de la matière
Aspects de l’identification moléculaire
- Comparaison de séquence, gènes conservés, protéines conservées, séquences signatures, homologie des séquences
- Hybridation ADN-ADN
(complémentarité des séquences d’ADN chromosomiques) - On quantifie par marquage, chauffage
Pour l’identification, on fait quoi pour obtenir des résultats ?
Compilation des caractères et comparaison avec espèces connues
Comment écrire le nom d’un organisme vivant ?
En italique et souligné, le 1er nom est le genre qui est écrit avec une majuscule (Latin ou Grec)
le 2e nom est l’espèce avec une lettre minuscule (latin ou grec)
La classification fait des liens entre quoi ?
Entre les caractéristiques communes et les liens évolutifs
Quels sont les types de classification ?
- Naturelle : nature biologique des organsimes
- Phénétique : Similarités caractères phénotypiques (morphologiques, métaboliques génétiques…)
- Numérique
- Phylogénétique
- Contemporaine
Quoi consiste classification numérique ?
Comparaison de plusieurs organismes
- 2 par 2
- Minimum de 50 caractères
Coefficient d’appariement
% de similarité = (Nb. caractères similaire/Nb caractères totaux)X100
Quelle est la limite de la classification numérique ?
- Aucune pondération des caractères
Chaque caractère a le même poids
donc pertinence biologique ?
Le critère est soit présent ou absent
