Matrice de points :
Que signifie les diagonales et les décalages de diagonales ?
🔸region similaire entre 2 séquences
🔸insertion ou délétion
Comment diminuer le bruit de fond ?
Quelle conséquence y a t-il à cela ?
Il faut changer les paramètres de la fenêtre mais ça diminue la sensibilité
Dotmatcher outils de la suite EMBOSS
Que signifie les diagonale d’un point de vu :
•bio informatique
•biologique
Qu’indique les decalage observe du même point de vue
Diagonales :
•bioinfo : les zones de similarite et d’identité
•biologie : les exons
Les gaps représentent les insertion et les deletion : introns
A quoi sert l’échelle génomique
Voir les régions codante qui sont plus conservée que les régions non codantes
Pourquoi la matrice de point est insuffisante ?
- ne donne pas l’alignement global des 2 séquences
- pas de score associè : pas de quantification de similarite
Alignement exact sans gap
Méthode et inconvénient
- Faire glisser une séquence sur l’autre
- calculer le score d’alignement pour chaque décalage possible
- choisir l’alignement avec le meilleur score
Alignement exact avec gap
- méthode
- inconvénients
- algorithme plus complexe qui pendra en compte les gaps
- trop long et peu efficace
Comment appelle t’on algorithme d’alignement exacte avec gap et de programmation dynamique ?
-Needleman et Wunsch
Sur quoi se base l’agorithme de needleman et wunsch ?
- hypothèse
- signification
Hypothese :
•l’évolution est parcimonieuse
•les différents événements de mutation à chaque position sont indépendant les uns des autres
Signification : pour trouver un algorithme optimal on va chercher le chemin permettant de passer dnune séquence à une autre avec le minimum de changement
