Qu’est-ce que la taxonomie ?
Science qui permet d’organiser les organismes vivants dans des groupes.
Quels sont les 3 volets de la taxonomie ?
Identification, nomenclature, classification
Qu’est-ce qu’un TAXON?
Groupe d’organismes partageant des caractères communs.
Énoncer la hiérarchie taxonomique.
Domaine - Phylum (règne, embranchement, sous-embranchement) - Classe - Ordre - Famille - Genre - Espèce
Pourquoi dit-on que la hiérarchie est non chevauchante ?
Chaque rang supérieur inclut les traits communs de tous les niveaux en dessous. Plus on descend, plus les caractéristiques deviennent restrictives.
Quels volets de la hiérarchie n’est pas présente chez les procaryotes?
Embranchement et sous-embranchement
Qu’est-ce qu’une culture pure ?
Population de MO où tous les individus possèdent les mêmes caractéristiques.
Qu’est-ce qu’une souche (isolat)?
Descendants d’une culture pure.
Qu’est-ce qu’une souche-type?
Souche de référence d’une espèce, celle qui possède toutes les caractéristiques représentatives de l’espèce.
Qu’est-ce qu’une espèce?
Regroupe des souches presque identiques génétquement et phénotypiquement.
Pourquoi dit-on que l’espèce est l’unité fondamentale du TAXON?
Car elle est homogène, elle se distingue des autres espèces et sert de point de repère pour définir les rangs supérieurs.
Il existe 9 critères d’identification de l’espèce vus en cours. Nomme-les sans les décrire.
1) Description et caractérisation
2) Type de caractère
3) Composition biochimique
4) Physiologiques
5) Métaboliques
6) Génétique
7) Intéraction avec l’Hôte
8) Écologiques
9) Moléculaire
De quoi a-t-on besoin pour décrire et caractériser une espèce?
D’une culture pure (pour avoir uniquement l’organisme d’intérêt) et une souche-type (Qui sert de témoins comparatif et qu’on retrouve dans des bases de données).
Que veut-on dire par “caractériser une espèce selon son type de caractère” ?
On veut étudier sa morphologie (Taille, forme, arrangements, structures cellulaire/endospores, réactions aux colorants).
Quelles sont les différences au niveau de la composition biochimique entre les archae et les eubactéries? (membrane et paroi)
Au niveau de la membrane, ils ont des lipides et des alcools différents.
Au niveau de leur paroi, les eubactéries possèdent du PG et les archaebactéries du pseudomuréine.
Quel polysaccharide retrouve-t-on chez les mycètes et les algues (parfois) ?
Cellulose
Quels sont les facteurs d’identification pysiologiques ?
- Exigences nutritionnelles (Source de carbone et facteurs de croissance dans le milieu)
- Conditions d’incubation : T, O2, lumière.
Quels sont les facteurs d’identification métaboliques ?
- Produits finaux de fermentation (identification et quantité)
- Enzymes extracellulaire (exotoxines comme l’hémolysine qui détruit les globules rouges pour rendre l’absorption des nutriments par les organismes plus facile).
Quels sont les critères d’identification génétique?
- Composition GC (détecté par spectrophotomètre UV 260 nm. Densité optique bicaténaire plus faible que monocaténaire car absorbe mieux les UV. Plus il y a de GC, plus la température de fusion augmente (car liens GC plus forts que liens AT))
Le %GC est une valeur typique de l’espèce, mais pas exclusive. Très similaire intragenre. (En gros, ce % est similaire chez une même espèce, mais 2 espèces différentes peuvent par hasard avoir le même %GC, donc ce n’est pas significatif pour déterminer l’espèce d’un MO inconnu.) - Nombre de chromosomes (eucaryotes)
- Plasmides (taille, nombre, gènes plasmidiques) Les gènes présents sur les plasmides servent à ajouter des fonctions accessoires, et ne sont pas essentiels à la survie de l’organisme.
Quels sont les critères d’identification d’interaction avec l’hôte?
- Pathogénicité
- Spécificité de pathogénicité (donc le fait d’infecter certains hôtes et pas d’autres, comme Influenza)
- Symbiose
Quels sont les critères d’identification écologiques ?
- Habitat
- Niche écologique (donc rôle dans les cycles de la matière)
Quels sont les critères d’identification moléculaires ?
- Comparaison de séquences (gène, protéines, séquences conservées, homologie de séquences).
- Hybridation ADN-ADN (même espèce si plus de 80% d’homologie)
À quelle condition peut-on attribuer un nom à une espèce?
Si son nombre de caractéristiques différentes avec d’autres espèces est élevé.
Qui a établit la nomenclature linnéenne?
Carl von Linné
