Cours 2

Question 1

n a.a = ? possibilité?

Answer 1

n a.a = n! possibilités

Question 2

De combien d’a.a une petite protéine est-elle composée?

Answer 2

50 à 60 a.a

Question 3

De combien d’a.a un polypeptide est-il composé?

Answer 3

De 4 à 50 a.a

Question 4

Combien y a-t-il de classes de protéines? Comment s’appellent-ils?

Answer 4

2
Holoprotéines
Hétéroprotéines

Question 5

De quoi sont composées les holoprotéines?

Answer 5

Seulement composées d’a.a

Question 6

De quoi sont composées les hétéroprotéines?

Answer 6

Composées d’a.a + autres molécules fixées de façon labile ou de façon covalente
Ex :
Phosphoprotéine
Lipoprotéine
Flavoprotéine
…

Question 7

Quelles sont les deux types des protéines?

Answer 7

Protéines fibreuses
Protéines globulaire

Question 8

Donne-moi les caractéristiques des protéines fibreuses?

Answer 8

F(x) statique de structure
Insoluble dans l’eau
Ont des répétitions de motifs simples

Question 9

Donne-moi les caractéristiques des protéines globulaires?

Answer 9

F(x) dynamique
Soluble dans l’eau (donc dans le cytosol et le fluide extracellulaire)

Question 10

Donne-moi des exemples de protéines fibreuses

Answer 10

Kératine
Collagène

Question 11

Donne-moi des exemples de protéines globulaires

Answer 11

Enzyme
Hormone
Anticorps

Question 12

La structure d’une protéine détermine quoi?

Answer 12

Sa f(x)

Question 13

Qu’est-ce que la structure primaire?

Answer 13

Séquence d’a.a

Question 14

Qu’est-ce que la structure tertiaire?

Answer 14

Structure spatiale créée par les interactions entre les chaînes latérales des a.a éloignés

Question 15

Qu’est-ce que la structure secondaire?

Answer 15

Hélice alpha
Feuillet plissé beta
Structure spatiale adoptée par des a.a adjacents sur une portion de la protéine

Question 16

Qu’est-ce que la structure quaternaire?

Answer 16

Structure contenant plus d’une chaîne polypeptidique
Assemblage des protéines entre elles

Question 17

V/F : Il y a un nombre limité de conformations pour une protéine donnée

Answer 17

Vrai

Question 18

Quelles sont les forces qui agissent sur la structure secondaire et tertiaire de la protéine

Answer 18

Structure du lien peptidique (plan et polaire, encombrement stérique favorise la configuration trans)
Pont bisulfure
Liaisons H
Liaisons ioniques
Liaisons hydrophobes

Question 19

V/F : En théorie, une rotation libre autour des liens peptidiques devrait permettre une rotation de -90° à 90°

Answer 19

Faux (-180° à 180°)

Question 20

À quoi sert le diagramme de ramachandran?

Answer 20

Manière de visualiser les angles phi et psi des a.a dans la structure d’une protéine
Permet de voir quelles combinaisons d’angles sont permises et celles pas favorisées (mais tolérable)
Structure hélice alpha et feuillet plissé beta sont le plus souvent retrouvés

Question 20

Les rotations des liens peptidiques jouent un rôle important dans…

Answer 20

la détermination de la structure secondaire des protéines

Question 21

Comment trouvons-nous les angles phi et psi (poséidon)

Answer 21

Par cristallographie

Question 22

V/F : La cristallographie est une méthode très accessible

Answer 22

Faux (longue, coûteuse et hautement spécialisée)

Question 22

Donne-moi les caractéristiques de la cristallographie

Answer 22

Information la plus détaillée sur la structure des biomolécules (aussi diffraction)
Rayons X sont dirigés sur un cristal de protéine et sur un cristal d’un dérivé de cette protéine additionnée d’un métal lourd
Rayons sont dispersés selon une orientation qui dépend des densités électroniques des différentes parties de la protéine
Données recueillies sur des plaques photographiques ou par des détecteur de surface
Permet de construire des modèles 3D des protéines

Question 23

Décris-moi le pont disulfure

Answer 23

Liaison covalente Cystéine

Question 24

Décris-moi la liaison H

Answer 24

Non-covalente Entre C=O et NH- des liaisons peptidiques Entre groupement latérales de certains a.a (groupement hydroxyle, imidazole, gamma-carbonyle, amide)

Question 25

Décris-moi la liaison ionique

Answer 25

Non covalente électrovalentielle Entre un radical + et -

Question 26

Décris-moi la liaison hydrophobe

Answer 26

Ne forment pas de liaisons avec les molécules d'eau Ces chaînes latérales, ainsi repoussées ont tendance à se rapprocher Permet interactions de type force Van derWaals

Question 27

Quels sont les a.a impliqués dans la liaison ionique?

Answer 27

Lysine (Lys) Arginine (Arg) Acide aspartique (Asp) Acide glutamique(Glu)

Question 28

Combien y a-t-il de types de protéines fibreuses? Lesquelles?

Answer 28

Protéines fibreuses alpha : protéines élastiques Protéines fibreuses beta : protéines inextensibles

Question 29

V/F : L'hélice alpha ne contient jamais de proline

Answer 29

Vrai

Question 29

Complète les phrases suivantes concernant l'hélice alpha : Stabilisée par ______________ Les C=O sont tournés ________________ Les chaînes latérales sont ____________ (__________) Pas de l'hélice droite : _______ ________ résidus par ________ Distance entre les atomes situés sur des a.a adjacents : ___________

Answer 29

Des liaisons H Vers l'extrémité c-terminale Dirigées vers l'extérieur (diminution de l'encombrement stérique, elles sont + volumineuses) 0,54nm 3,6 ; tour (pas) 0,15nm

Question 30

Pourquoi les hélices alpha se forment spontanément?

Answer 30

Parce qu'ils ont la conformation la + stable dans une chaîne peptidique

Question 31

La conformation gauche est-elle plus courte ou plus longue? Plus souvent ou plus rarement rencontrée?

Answer 31

+ courte + rarement

Question 32

Qu'est-ce qu'un feuillet plissé beta parallèle?

Answer 32

Liaisons H régulièrement espacées

Question 33

Qu'est-ce qu'un feuillet plissé beta antiparallèle?

Answer 33

Liaisons H peu espacées alternant avec des liaisons H très espacées

Question 34

Quels sont les deux types de feuillets plissés beta?

Answer 34

parallèle antiparallèle

Question 35

Complète les phrases suivantes concernant le feuillet plissé beta : Les liaisons petidiques sont ___________ et ______________ Les groupements R sont _______________ au plan du feuillet Le feuillet est stabilisé par des liaisons _____ appartenant aux ______________ Périodicité de __________

Answer 35

parallèles, dans un même plan perpendiculaire H, C et N de la liaison peptidique 0,70nm

Question 36

V/F : Le feuillet plissé beta contient seulement des a.a Cys et Pro

Answer 36

Faux (n'a pas ces deux a.a)

Question 37

Décris-moi l'hélice du collagène

Answer 37

Collagène = protéine majeure chez les vertébrés (25-35% des protéines totales) Chaque chaîne forme une hélice gauche (différente de l'hélice alpha) 3 hélices gauches s'enroulent pour former une hélice triple droite Cette structure en cordage est stabilisée par des liaisons H entre les 3 brins Crée une résistance à l'étirement Se retrouve dans les os, les tendons. la peau et les vaisseaux sanguins

Question 38

Qu'est-ce que le tropocollagène?

Answer 38

3 chaînes polypeptidiques de collagène (environ 1000 a.a)

Question 39

V/F : L'hélice du collagène est différente de l'hélice alpha?

Answer 39

Vrai

Question 40

V/F : Dans l'hélice du collagène, il y des liaisons H entre les a.a d'une même hélice et pas entre les hélices

Answer 40

Faux (contraire)

Question 41

Complète les phrases suivantes concernant l'hélice du collagène : Composé du motif ___________ X = surtout __________ (_________) Hyl (_____________) participe à des liaisons ___________ avec des ________ Allysine (_____________) intervient aussi dans des liaisons _____________ Distance entre les des atomes semblables situés sur des a.a adjacents = _____________ _______________ résidus pas tour (_________)

Answer 41

(-Gly-X-Pro) ou (-Gly-X-Hyp) Pro et Hyp (donne rigidité à l'hélice) hydroxylysine, covalentes, sucres aldéhyde de Lys, H intercalaires 0,29nm Un peu moins de 3

Question 42

Décris-moi le le manque de collagène et le scorbut (manque en vitamine C)

Answer 42

1. Vit C = cofacteur essentiel pour enzyme prolyl-hydroxylase 2. Carence en vit C → enzyme fonctionne modérément/peu → tropocollagène peut pas former des réticulations covalentes 3. Triple hélice est donc instable à température ambiante et ne se forme pas à la température du corps (mauvaise synthèse de collagène)

Question 43

Quelles sont les conséquences possibles du scorbut?

Answer 43

Déchaussement des dents et saignements Lésions cutanées Fragilité vasculaire Finalement la mort

Question 44

Que se passe-t-il au collagène avec le vieillissement?

Answer 44

Augmentation liaisons covalentes intra et intercatanaires Fibres de collagènes + rigides et cassantes Altérations des propriétés mécaniques de la protéine

Question 45

Donne-moi les caractéristiques du coude beta

Answer 45

Séquences de 4 a.a Permet à une chaîne de changer de direction Feuillet beta antiparallèle Contient gly ou pro

Question 46

Qu'est-ce que la pelote statistique (random coil)

Answer 46

Structure non-ordonnée Pas de forme géométrique régulière dans l'espace Peut être très importante pour activité de la protéine

Question 47

Qu'est-ce que la protéine chaperon?

Answer 47

Aide au repliement (évite formation d'agrégats) Souvent protéines de choc thermique (réponses aux variations temp. ou autres stress cellulaire)