Cours 2

Question 1

Nomme facteur qui impacte les probabilité d’avoir certains angles. (3)

Answer 1

1. Différences d’énergies (décalée et éclipsées)
2. Encombrement stériques d’atome
3. Interactions Van Der Waals

Question 2

Dans une hélice alpha, combien y a t il de résidus par tours d’hélice?

Answer 2

3,6 AA.

Question 3

Quelles sont les placements du N-H par rapport au C=O dans une hélice alpha?

Answer 3

n+4

Question 4

Quelles sont les angles dans une hélice alpha? (psy et phi)

Answer 4

• Phi = -60º
• Psi = -45º

Question 5

Que représente les nombres dans 4,4₁₆?

Answer 5

• 4,4 : nombre de résidus (AA)
• 16 : nombre d’atomes (incluant H)

Question 6

définit les variables suivantes:
- m
- n
- p

Answer 6

• m: nombre d’atomes (incluant H)
• n: nombre de résidus (AA)
• p: longueur du pas

Question 7

Par rapport à l’hélice alpha qu’arrive-t-il aux angles de torsions et à la valeur de p quand l’on compare l’hélice alpha à l’hélice 3₁₀?

Answer 7

Les angles de torsions se rapprochent de 0º, donc s’aplatissent et donc la valeur de p augmentent.
_________________
Pas à savoir:
- p: 0,54nm -> 0,60nm
- ɸ: -60º -> -50º
- ѱ: -45º -> -30º

Question 8

Quels AA favorisent la formation d’hélices alphas? (4)

Answer 8

• Ala
• Glu
• Leu
• Met

Question 9

Quels AA nuisent à la formation d’hélices alpha? (4)

Answer 9

• Pro
• Gly
• Tyr
• Ser

Question 10

Dans la coiffe capping box, quels AA interagissent ensembles?

Answer 10

• Le squelette de Ncap et la chaine R de N3 font des ponts H et vice versa.
• N’ et N4 font des interactions hydrophobes.

Question 11

Quels AA sont favorisé pour Ncap?

Answer 11

Thr > Ser > Asn

Question 12

Quels AA sont favorisé pour N3?

Answer 12

Glu > Gln

Question 13

Dans le motif de Schellman quels AA interagissent ensembles?

Answer 13

• C’ NH — O=C C2
• C’’ NH — O=C C3
• C’’ hydrophobe C3

Question 14

Quelle conformation prends forme et quel AA est souvent C’

Answer 14

• hélice gauche
• Gly

Question 15

De quel angles sont les ponts H des feuillet beta parallèles?

Answer 15

<180º

Question 16

De quel angles sont les ponts H des feuillet beta antiparallèles?

Answer 16

= 180º

Question 17

Comment sont placés les chaines latérales d’un feuillet beta parallèle?

Answer 17

symétriquement (mêmes cotés du feuillet)

Question 18

Comment sont placés les chaines latérales d’un feuillet beta antiparallèle?

Answer 18

antisymétriquement (côtés opposés du feuillet)

Question 19

Quels feuillets beta sont plus stables et comment cela affecte leur structure?

Answer 19

• Les antiparallèles car les ponts hydrogènes sont dans un angle parfait ce qui ne cause pas de torsion.
• Les angles de liaison sont plus près de 0.

Question 20

Quels AA retrouve-t-on souvent dans les boucles beta?

Answer 20

• Gly
• Pro

Question 21

Dans des feuillets beta antiparallèles, quels types d’interactions peut-on observer aux sites rapprochés? (4)

Answer 21

• ioniques
• Gly + Arom
• Val + Arom
• Arom + Arom

Question 22

Dans des feuillets beta antiparallèles, quels types d’interactions peut-on observer aux sites éloingés? (5)

Answer 22

• ionique
• ponts disulfures (Cys-Cys)
• Pro + Arom
• Thr + Thr
• Val + Val