DEF: Le microbiome ?
Tous les gènes du microbiote + tous les métabolites des m.o + tout l’environnement de l’hote
DEF: Le microbiote
Tous les m.o retrouvé dans le microbiome et évaluer par le séquencage 16S
DEF: Le métagénome
Tous les séquences génétique du microbiote
Ratio gènes microbiome/humain
100/1
Les espèces sont les mêmes dans presque chaque microbiote humain.
vrai ou faux
Faux.
Les espèces sont différentes et spécifiques à chacun
Les 4 fonctions du microbiome ? (4)
- Assimilation des nutriments
- Modulation des gènes humains (butyrate)
- Lutte contre les pathogènes
- Axe intestin-cerveau
Assimilation des nutriments ? (3)
- Microbiome produit des SCFA (short chain fatty acid) —> Rôle protecteur contre le cancer du colon (butyrate), Protection contre l’obésité et le diabète. Activation de la différenciation cellulaire.
- Fermentation des sucres
- Methanogenes recyclent les produits de l’hydrolyse.
Modulation de l’expression génique de l’hôte ? (2)
- Immunomodulation
Production de butyrate qui active les macrophages et régule les Tcell. - Immunomolulation
Peut aussi provoquer de l’inflammation avec les Th cells. (cytokine pro inflammatoire)
Lutte contre les pathogènes (2)
et Autres (2)
- Sécretion de peptides anti-microbiens
- Compétition (ex. sidérophores)
A. Stimulation des cellules de Paneth et Goblet et production de mucine, IgA et peptides anti-microbiens
B. Modification de composés toxiques en non-toxique et vice-versa
Le lien entre des pathologies et le microbiome (Ex. de maladies) ? (4)
- Athérosclérose
- Obesité
- Allergie (maladie auto-immnune)
- alhzeimer (Neurodégénérative)
L’axe intestin-cerveau ? (3)
- L’intestin possède 500 millions de neurones (we don’t give a shit, but Duperthy does)
- Bidirectionnelle Intestin <—–> Cerveau
- Microbiome influence: l’humeur, le stress, l’anxiété, le métabolisme et la digestion
Lien entre autisme et microbiome ? (3)
- Le genre Clostridium est plus abondant
- Rapport Bacteroidetes / firmicutes est moins élevé. (En gros moins de bacteroidetes et plus de firmicutes)
- Les symptomes sont liés a une réduction de la présence de SCFA !
Antibio = Réduction des symptomes
Les différents microbiomes et leurs genres principaux ?
- Peau = Protéobactérie / Actinobactéries
- vessie = Firmicutes (lactobacillus)
- Intestin = Bacteroidetes
- Poumons = Actinomycètes / Microspora
- Cerveau = ALPHA-Protéobactérie
- Seins = Protéobactérie
- Placenta = bouche = Firmicutes
intestin (Côlon) = Plus de diversité
L’évolution du microbiote intestinale ? (4 groupes d’âges)
- Bébé = Bifidobactérie
- Enfant = Augmentation de la diversité et l’abondance
- Adulte = Plus haute complexité (bacteriodetes et firmicutes)
- vieux criss = Diversité moins dynamique et moins stable
Les entérotypes ? (2)
- Bacteriodes (régime riche en viande animale et gras) = Aide en dégradant les glucides complexes et produit des vitamines.
- Prevotella (régime riche en glucides) = Détruit la mucine (pas gentil) et produit des viamines différentes que Bacteriodes
Entérotype est indépendant de tout sauf l’ALIMENTATION à
long terme
Spéciation de l’entérotype (4)
Protéine végétale = Lactobacillus ++ SCFA
Protéine animale = Bacterioidetes ++ TMAO = risque cardiovasculaire et inflammation
Gras insaturé = Streptococcus et Lactobcillus = moins inflammation
Gras saturé = Bacteriodetes et Bilophilia = plus d’inflammation et diabete
Les 3 régimes ?
- Occidentale
- Méditérranéen = ++ SCFA et Prevotella
- Sans gluten = Beaucoup moins de bactéries bénéfiques
La résistance à l’insuline ?
- Prevotella copri augmente le nombre de BCAA (a.a chaine ramifié)
- Ce qui augmente la résistance à l’insuline
Effets des antiobiotiques sur le microbiote intestinale ? (5)
- Destruction de la majorité de la flore
- Sélection de bactéries résistantes. Certaines bactéries peuvent même survivre dans le mucus ou dans les vilosités
- Pertube l’immunité
- Dérégule le métabolisme
- Peut augmenter le risque de nouvelles infections
Modification du microbiote peut etre permanente. Sinon 6 mois à 2 ans.
Le microbiome de la peau ? (Stabilité)
Est extrêmement stable
Pathologies de la peau en lien avec une dysbiose ? (3)
Eczéma, acné, dermatite séborrhéique
Stahpylococcus epidermis peut devenir pathogène oppotuniste
L’exemple de l’eczéma ?
Souris ADAM -/-.
La bactérie pathogène est Proprionibacter
Celle qui augmente le taux d’IgE est Corybacter bovis
Celle qui augmente l’inflammation est Staphylococcus aureus
La flore saine de la peau ne protège pas contre Staphylococcus aureus
Vrai ou faux ?
FAUX. Le microbiote sain de la peau contient des bactéries qui produisent des peptides antimicrobiens. Affaiblient S. aureus
Le microbiote respiratoire (les dysbioses) (1)
- Observé chez les pateints atteints de fibrose kystique, cancer et asthme.
