quelle est la structure typique d’un acide amine?
- 1 fonction acide
- 1 fonction amine
- 1 H
- 1 chaine laterale
combien y a-t-il d’acides amines?
20 a.a.
qu’est ce qu’un centre chiral?
carbone avec 4 groupements differents autour de lui
- il va prendre 2 structures differentes dans l’espace
dans les proteines, on retrouve les acides amines sous quelle conformation?
forme L
qu’est ce qui differencie les 20 differentes a.a?
la chaine laterale qui varie en taille, en forme, en hydrophobicite et en reactivite
nommez les acides amines avec une chaine laterale hydrophobe (non-polaire)
- glycine (gly)
- alanine (ala)
- valine (val)
- leucine (leu)
- isoleucine (ile)
- methionine (met)
- proline (pro)
- phenylalanine (phe)
- trytophan (trp)
nommez les acides amines avec une chaine laterale polaire non-chargee
- asparagine (asn)
- glutamine (gln)
- tyrosine (tyr)
- cysteine (cys)
- serine (ser)
- threonine (thr)
entre une chaine de plusieurs alanine et une chaine de plusieurs trytophane, lequel aurait une conformation plus lineaire et pourquoi?
une chaine de trytophane
sa chaine laterale est grosse ce qui l’empeche de se replier vers l’interieur
nommez les acides amines avec une chaine laterale polaire basique (chargee +)
- lysine (lys)
- arginine (arg)
- histidine (his)
nommez les acides amines avec une chaine laterale polaire acide (chargee -)
- aspartic acid (asp)
- glutamic acid (glu)
quelles sont les caracteristiques d’un a.a. hydrophobe?
- non polaire
- interaction faible ou nulle avec eau
- a.a. hydrophobe sont frequemment retrouve a l’interieur de la proteine (car proteine reagissent avec eau)
- ne participent pas directement aux reactions chimiques
quelles sont les caracteristiques d’un a.a. polaire non-charges?
- polaire
- interaction des groupements fonctionnels avec eau
- peuvent etre retrouve a l’exterieur des proteines (en contact avec solvant)
- peuvent se retrouver a l’interieur de la proteine, si pont H possible
pourquoi est-ce qu’on peut classer l’histidine dans 2 groupements differents?
le groupement imidazole de l’histidine peut gagner ou perdre un proton en fonction du pH.
- peut etre polaire chargee ou non chargee
quelle est la caracteristique speciale de la glycine?
seul a.a. qui n’est pas chiral
- a 2 groupement H
- peut etre classe dans hydrophobe ou polaire non chargee
quelles sont les caracteristiques des a.a. polaires chargees (- et +)?
- chaine laterale chargee a pH physiologique (7-7.4)
- polaire
- peuvent se retrouver a l’exterieur ou a l’interieur de la proteine
def pKa
point d’inflection de la courbe de titrage du groupe ionisable
- 50% COOH et 50% COO-
que mesure le pKa
mesure la force d’un acide en solution. mesure sa capacite a liberer des protons
- plus le pKa est faible, plus acide est fort
quelle est l’equation de henderson-hasselbalch
pH = pKa + log [base]/[acide]
qu’est ce que le point isoelectrique?
pH ou molécule est electriquement neutre
- se situe entre deux valeurs de pKa
quel est le pKa du carboxyle carbone alpha?
2
quel est la pKa du groupe amine?
autour de 9.5-10
definition d’une proteine
polymere d’a.a.
qu’est ce qu’un lien peptidique
liaision covalente entre 2 a.a.
le lien peptidique est situe entre…
c=o et n-h
