FC3 : Conception, Optimisation De Molécules D’intérêt

Question 1

Définir une petite molécule

Answer 1

Molécule avec un poids moléculaire inférieur à 1000 Da

Question 2

Définir un ligand

Answer 2

Molécules qui se lie de manière réversible à une macromolécule ciblée

Question 3

Molécules qui se lie de manière réversible à une molécule cible

Answer 3

Ligand

Question 4

Définir molécule hit et comment on l’obtient ?

Answer 4

Identifiée par criblage
—> molécule tête de série

Question 5

Définir molécule lead

Answer 5

Molécule optimisée avec un meilleur profil d’activité biologique

Question 6

Définir châssis moléculaire

Answer 6

Squelette moléculaire permettant la construction de molécules par fonctionnalisation

Question 7

Quelle molécule va entrer dans le nouveau cycle de tests

Answer 7

Le candidat médicament

Question 8

Pourquoi a-t-on besoin d’outils

Answer 8

• pour réaliser des synthèses multi-étapes (réalisables sous micro-onde)
• pour réaliser la purification des intermédiaires et molécules finales
• pour élucider la structure des molécules synthétisées
• pour déterminer les propriétés physico-chimiques des molécules cibles

Question 9

De quelles compétences a-t-on besoin pour développer un programme de recherche

Answer 9

Maths
Chimie
Biologie
Physique

Question 10

Que faut il pour développer un nouveau projet de recherche

Answer 10

• choisir une cible thérapeutique
• choisir un châssis moléculaire

Question 11

Quelles sont les étapes de la découverte des médicaments

Answer 11

1) choix de la cible thérapeutique (choix de la maladie ou de la cible)
2) conception des molécules bio actives (hit)
3) synthèse d’une librairie de composés (à partir de molécule Hit)
4) analyse de la relation structure-activité
5) optimisation structurale
6) protection par un brevet

Question 12

Cibles des pathologies suivantes : alzheimer + cancer + diabète + infections bactériennes

Answer 12

• alzheimer : acétylcholinestérase
• cancer : kinase
• diabète : dipeptidyl peptidase-4
• infections bactérienne : beta-lactamase

Question 13

Objectifs de l’étape 2

Answer 13

Rassembler les travaux menés autour du couple «biologie-chimie»

Question 14

Quelles sont les approches de la conception de molécule bio active

Answer 14

• LBDD : quand la cible n’est pas connue
• SBDD : quand la structure 3D est connue

Question 15

Quel est le but de la conception de molécules bio actives

Answer 15

Réalisation de nouvelle réaction chimique pour obtenir un candidat médicament et démarrer son développement pharmaceutique, pré clinique et clinique POUR :
- obtenir une molécule efficace envers la cible
- améliorer sa conception
- peu de toxicité
- activité in vivo
- voir si on arrive à optimiser la molécule

Question 16

Objectifs de la synthèse d’une librairie de composés

Answer 16

• sélectionner un châssis moléculaire
• développer une approche synthétique du châssis moléculaire sélectionné (synthèse)
• synthèses d’analogues structuraux (prise en compte des variations de paramètres)

Question 17

Donner les types de châssis moléculaires

Answer 17

• peptides
• polysaccharides
• nucléosides
• nucléotides
• acides nucléiques
• petites molécules hétérocycliques
• stéroïdes

Question 18

Quel est le but de l’analyse des relations structure- activité (RSA)

Answer 18

—> établir des relations entre la structure chimique et l’activité pharmacologique
—> on va évaluer la librairie de molécules synthétisées (par des tests biologiques)

Question 19

Parler de l’optimisation structurale (alternance + étapes)

Answer 19

Alternance entre travaux de recherche en chémochimie et en biologie
- études d’interaction ligand-cible
- travaux de pharmacomodulation
- évaluation ADME et toxicité

Question 20

Rôle de l’optimisation strucurale

Answer 20

Passer du hit au lead
Par l’étude des interactions ligand-cible + pharmacomodulation + évaluation ADME et toxicité

Question 21

Que signifie ADME

Answer 21

Absorption
Distribution
Métabolisme
Elimination

Question 22

Comment inhiber la protéine kinase CK2

Answer 22

Remplacer l’ATP par un châssis moléculaire de type indéno indol
Indeno {1, 2-b} indol

Question 23

C’est quoi une protéine kinase CK2 et quel est son rôle

Answer 23

• tétramère : 2 dimères
• capable de phosphoryler (transférer un phosphate sur un acide aminé)

Question 24

Donner son ingrédient pharmaceutique et sa pathologie :
Cyclooxygénase 2

Answer 24

Ibuprofène
Inflammation

Question 25

Donner son ingrédient pharmaceutique et sa pathologie : Bcr-Abl (tyrosine kinase)

Answer 25

Imatinib Leucémie myéloïde chronique

Question 26

Donner son ingrédient pharmaceutique et sa pathologie : Aromatase

Answer 26

- létrozole - cancer du sein hormono-dépendant

Question 27

Topoisomérase de type 2 (nom de médicaments + pathologie)

Answer 27

- amoxicilline - infection bactérienne

Question 28

Récepteurs au sulfamides (pathologie + médicaments)

Answer 28

Glibenclamide + diabète de type 2

Question 29

Antagonistes des récepteurs dopaminergiques

Answer 29

- chlorpromazine - schizophrénie

Question 30

Domaine d’étude de la modélisation + définition de la modélisation moléculaire

Answer 30

-domaine d’étude : chimie, biochimie, biologie moléculaire - définition :investigation des structures et des propriétés moléculaires —> utilise CHIMIE COMBINATOIRE + VISUALISATION GRAPHIQUE

Question 31

Applications des modèles moléculaires

Answer 31

- mise au point de molécules bio actives - simulation d’intéraction - simulation de structures - simulation de réactions chimiques

Question 32

Quelles sont les méthodes de calcul

Answer 32

- mécanique quantique —> réactivité chimique - mécanique moléculaire —> études d’interactions de structures

Question 33

Docking : approche avec ou sans récepteur ?

Answer 33

AVEC récepteurs

Question 34

Les étapes du docking

Answer 34

- caractérisation du site actif - positionnement du ligand dans le site actif (descripteurs) - scoring (évaluer l’intéraction)

Question 35

Logiciel pour le positionnement du ligand dans le site actif

Answer 35

FleXx DOCK

Question 36

Rôle du 2D QSAR

Answer 36

Prédire l’activité de molécules sans les tester expérimentalement

Question 37

Quels sont les étapes du QSAR

Answer 37

- création d’un modèle de ligand et optimisation géométrique - utilisation de descripteurs

Question 38

Types de notation du scoring

Answer 38

- basique - formule empirique - knowledge based

Question 39

Paramètres à pendre en compte pour la synthèse d’analogue structuraux

Answer 39

- lipophilie - hydrophilie - ionisation - répartition électronique - encombrement stérique

Question 40

Le 2D QSAR nécessite la structure d’une série de ligands et de récepteurs

Answer 40

Faux -> pas besoin de récepteurs

Question 41

Dans le docking tout est flexible

Answer 41

Faux, c’est un idéal

Question 42

Définir la modélisation moléculaire

Answer 42

Utilisation de - méthode calculatoire sur ordinateur - techniques de visualisation graphique

Question 43

Qui est aussi appelé molécule « tête de série » ?

Answer 43

Molécule hit

Question 44

Pour choisir une cible thérapeutique il faut :

Answer 44

- identifier la maladie - identifier une cible - réaliser une évaluation biologique structurée

Question 45

Que va permettre le brevet ?

Answer 45

Protéger : - isomères - sels de la molécule découverte - activité in vitro et in vivo - molécule

Question 46

Le comprimé effervescent a une action rapide ou lente ?

Answer 46

Action RAPIDE

Question 47

Dans le 2D-QSAR on ne retrouve pas de valeurs électroniques ou spatiales

Answer 47

FAUX

Question 48

La conotxine a plus d’effets secondaires que la morphine

Answer 48

Faux, elle a moins d’effets