Gen2

Question 1

VNTR

Answer 1

variable number tandem repeats

Question 2

SNP

Answer 2

single nucleotide polymorphism

Question 3

haplotip

Answer 3

skupina genov, ki so v neposredni bližini na kromosomu - pogosto se dedujejo skupaj

Question 4

genetski “pool” (bazen)

Answer 4

skupina alelov, ki se pojavljajo v generaciji

Question 5

HW razmerje

Answer 5

Hardy-Weinbergovo razmerje omogoča, da izračunamo predvidene frekvence alelov, homozigotov in heterozigotov

Question 6

idealna populacija (5 pogojev)

Answer 6

dovolj velika, naključno parjenje, ni selekcije, ni mutacij, ni migracij

Question 7

genetsko uravnotežena populacija

Answer 7

frekvence alelov in genotipov se ne spreminjajo iz generacije v generacijo

Question 8

koeficient sorodstva

Answer 8

sorodnost dveh osebkov - delež istih alelov, ki jih imata osebka (IBD)

Question 9

koeficient inbreedinga

Answer 9

verjetnost, da sta dva alela v osebku IBD (glede na to, potomec kako tesnega inbreedinga je osebek)

Question 10

ROH

Answer 10

runs of homozygosity - območje, na katerem je osebek homozigoten - če je zelo dolgo, je inbreediran

Question 11

efektivna velikost populacije

Answer 11

Ne=(4NfNm)/(Nf+Nm)
4*produkt spolov/vsota spolov

Question 12

AS-PCR

Answer 12

alelno specifična PCR

Question 13

fitness

Answer 13

zmožnost osebka, da preživi in se razmnožuje

Question 14

absolutni fitness

Answer 14

število potomcev osebka ali povprečno število potomcev genotipa

Question 15

relativni fitness

Answer 15

absolutni fitness/največji fitness

Question 16

usmerjena selekcija

Answer 16

frekvenca alela se premika v eno smer do fiksacije ali izgube

Question 17

stabilizirajoča selekcija

Answer 17

frekvenca alelov se premika do sorazmerja

Question 18

dvosmerna selekcija

Answer 18

umetna selekcija, pri kateri favoriziramo oba ekstrema

Question 19

BLUP

Answer 19

best inear unbiased prediction - nanaša se na genomsko selekcijo

Question 20

QTL

Answer 20

quantitative trait locus - del DNA, ki ima relativno velik vpliv na kvantitativno lastnost

Question 21

GEBV

Answer 21

genomic estimated breeding value - plemenska vrednost

Question 22

selekcijski napredek

Answer 22

heritabilitetaselekcijski diferencial / generacijski interval
G=(h2SD)/L

Question 23

natančnost napovedi pri genomski selekciji

Answer 23

AQ=(Th2)/(ML)
velikost učne pop.*heritabiliteta/ef. velikost pop. * dolžina lokusa

Question 24

genska varianca

Answer 24

varianca v populciji zaradi različnega genskega zapisa = aditivna + dominantna

Question 25

okoljska varianca

Answer 25

varianca v populaciji zaradi razlik v okoljskih dejavnikih

Question 26

aditivni učinek

Answer 26

heterozigot ima vrednost na sredini med homozigotoma A=Xen homozigot - Xdrug homozigot/2

Question 27

dominantni učinek

Answer 27

heterozigot ima podobno vrednost kot eden izmed homozigotov D=Xhetero - (vsota homozigotov polovic)

Question 28

H2

Answer 28

heritabiliteta v širšem smislu - delež fenotipske variance, ki jo razložimo z genetskimi razlikami = Vg/(Vg+Ve) (genetska ulomljeno s celotno)

Question 29

h2

Answer 29

heritabiliteta v ožjem smislu - delež fenotipske variance, ki jo razložimo z aditivno variacno - starši jo predvidljivo prenesejo na potomce = Va/Va+Vd+Ve

Question 30

reakcijska norma

Answer 30

graf, ki prikazuje, kako se genotip odziva na različno okolju z različnim fenotipom - interakcija genotipa z okoljem

Question 31

LOD

Answer 31

logarithm of odds - logaritem verjetnosti, da dobimo določene podatke, če je alel QTL/alel ni QTL

Question 32

GWAS

Answer 32

genome wide association study - po celotnem genomu išče QTL

Question 33

model QTL

Answer 33

na lastnost vpliva več genov, vsak posamezen ima sorazmerno velik učinek

Question 34

infinitezimalni model

Answer 34

na lastnost vpliva ogromno genov, vsak ima sorazmerno majhen učinek

Question 35

dejavniki evolucijske genetike

Answer 35

variabilnost, dednost, selekcija

Question 36

nevtralne mutacije

Answer 36

nimajo učinka na delovanje proteinov in fenotip osebka

Question 37

sinonimna mutacija

Answer 37

ista aminokislina, take mutacije so redkeje letalne

Question 38

nesinonimna mutacija

Answer 38

druga aminokislina - take mutacije so pogosteje letalne

Question 39

selekcijski podpis

Answer 39

ko se fiksira nov alel, se skupaj z njim tudi celoten haplotip v okolici

Question 40

homologi

Answer 40

geni, ki izvirajo iz skupnega prednika

Question 41

ortologi

Answer 41

geni v različnih vrstah, ki so se ločili zaradi speciacije - opravljajo podobno funkcijo

Question 42

paralogi

Answer 42

geni, ki nastanejo s podvojevanjem znotraj iste vrste - na eno izmed kopij ni selekcijskega pritiska, zato pogosteje mutira in prevzema nove funkcije

Question 43

unikati

Answer 43

geni, ki so edinstveni za določeno vrsto - v drugih vrstah ni homologov

Question 44

strukturne variacije

Answer 44

delecija, duplikacija, inverzija, translokacija

Question 45

nastanek strukturnih variacij

Answer 45

prelom in spajanje DNA, rekombinacija med ponavljajočimi deli DNA

Question 46

psevdodominanca

Answer 46

recesivni alel je izražen, ker je osebek heizigot (ima le to kopijo)

Question 47

FISH metoda

Answer 47

fluorescent in situ hybridisation omogoča zaznavo majhnih strukturnih variacij (<5kbp)

Question 48

contig

Answer 48

dolgo zaporedje DNA, ki je bilo rekonstruirano iz več krajših sekvenc s pomočjo prekrivanja

Question 49

NGS

Answer 49

next generation sequencing - sekvenciranje s sintezo - postopoma se dodajajo fluorescentno označeni dNTP-ji

Question 50

anotacija genoma

Answer 50

sekvencam DNA pripišemo pomen - kater protein kodirajo, kaj je promotor...

Question 51

mikromreže

Answer 51

tehnologija, s katero merimo izražanje več 1000 genov hkrati

Question 52

mikrosateliti

Answer 52

kratke ponavljajoče se sekvence

Question 53

RAPD

Answer 53

randomly amplified polymorphic DNA - PCR s kratkimi primerji, ki naključno podvajajo odseke DNA

Question 54

AFLP

Answer 54

amplified fragment length polymorphism - restrikcijska cepitev in PCR za analizo polimorfizmov DNA

Question 55

sintetična karta

Answer 55

genetska karta ustvarjena na podlagi več organizmov