LM 2 - microbiote Flashcards

(94 cards)

1
Q

Qu’est-ce que le microbiote intestinal?

A

ensemble des micro-organismes résidant dans le tube digestif.

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2
Q

Qu’est-ce que le microbiome?

A

ensemble du matériel génétique contenu dans les micro-organismes (et dans leur environnement, metabolites), susceptible d’avoir un impact sur l’hôte = 10 millions de gènes par hôte.

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3
Q

Étudier le microbiome à grande échelle nécessite des études _______________

A

métagénomiques

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4
Q

Étudier les produits du microbiote à grande échelle: ____________________.

A

études métabolomiques

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Q

Prébiotique?

A

Substrats nutritionnels favorisant la croissance de microbes bénéfiques pour la santé de l’hôte.

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6
Q

Probiotique?

A

Micro-organismes vivants qui confèrent des bénéfices pour la santé lorsqu’ils sont administrés en quantité adéquate à l’hôte.

  • 3,9 millions d’adultes américains ont utilisés une forme de probiotiques ou de
    prébiotiques en 2015 (4x plus qu’en 2007)
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7
Q

Quelle est la relation entre composition et fonctionnalité du microbiote ?

A

La composition du microbiote détermine sa fonctionnalité : les bactéries présentes produisent différents métabolites et molécules qui influencent le métabolisme et l’immunité de l’hôte.

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8
Q

Est-ce que la composition du microbiote varie selon les sites?

A

Oui, La composition du microbiote varie selon les sites:
respiratoire, oro-pharyngé, cutané, vaginal

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9
Q

Vrai ou faux?
Microbiote intestinal: représente tout le règne du vivant

A

Vrai!

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10
Q

Quels types de micro-organismes composent le microbiote intestinal ? et Qu’est-ce qui a marqué l’étude du microbiome au milieu des années 2000 ?

A

Bactéries, Archaea, microeucaryotes (levures) et virus. et Deux grands projets d’étude du microbiome.

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11
Q

Microbiote du vagin?

A

Lactobacille

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12
Q

Microbiote de la peau

A

Actinobacteria
Bacteroidetes
Cyanobacteria
Firmicutes
Proteobacteria

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13
Q

Microbiote respiratoire?

A

Actinobacteria
Firmicutes
Proteobacteria
Bacteroidetes

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14
Q

Microbiote oral?

A

Firmicutes
Proteobacteria
Bacteroidetes
Actinobacteria
Fusobacteria

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15
Q

Microbiote intestinal? par phylum

A

Actinobacteria
Bacteroidetes
Firmicutes (le plus courant)
Lactobacille
Streptococci
Enterobactéria

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16
Q

Quels fungi font partis du microbiote intestinal?

A
  • Candida
  • Saccharomyces
  • Malassezia
  • Cladosporidium
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17
Q

Microbiote: classification

A
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18
Q

À quoi sert le microbiote?

A
  1. Fermentation des aliments
  2. Protection contre les pathogènes
  3. Stimule la réponse immunitaire
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19
Q

Décrit la fermentation des aliments.

A
  • Extraction des nutriments et production énergétiques des aliments via des activité enzymatiques et biochimiques
  • Biosynthèse des molécules bioactives tels que les vitamines, acides aminés, lipides dépendent du microbiote intestinal
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20
Q

Décrit la protection contre les pathogènes.

A
  • Production de substances anti-microbienne
  • Développement de la muqueuse intestinale et du système
    immunitaire
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21
Q

De quoi est composé le microbiote intestinale?

A

organismes aérobies (proximalement) et anaérobes (distalement)

Ex: Les proteobactérie (entérobactéries)dans le grêle mais pas dans le colon alors que le colon est plus riche en baccteroides.

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22
Q

Décrit, en général, le microbiote.

A
  • En bonne conditions, le microbiote est résilient, stable et a des interactions symbiotiques avec l’hôte
  • Un microbiote en santé est riche , diversifié et stable
  • Le microbiote intestinal varie selon l’âge et les facteurs environnementaux
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23
Q

Vers quelle âge le microbiote est comparable à celui d’un adulte et de quoi est-il composé?

A

Vers l’âge de 3 ans, le microbiote de l’enfant est comparable à ncelui d’un adulte avec les 3 principaux phylum: – Firmicutes, Bacteroidetes et Actinobactérie en dominance

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24
Q

Décrit le microbiote des personnes âgées.

A
  • Les personnes plus agées démontrent une diminution des Bifidobactérium et une augmentation des Clostridium et Proteobactériées.
  • Cette diminution des Bifidobactérium vient réduire le système immunitaire.
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25
Comment le mode d’accouchement influence-t-il le microbiote du nouveau-né ?
* Les changements du microbiote maternel culminent pendant la parturition. * Le mode d’accouchement détermine la composition du microbiote en début de vie.
26
Que se passe-t-il pour le microbiote du bébé lors d’un accouchement vaginal ?
* Contact immediate avec les potentielles bactéries probiotiques : Lactobacilli, Bacteroidetes
27
Décrit le microbiote de la césarienne.
* Contact immédiat avec des bactéries similaires au microbiote cutané/oral * Moins de diversité microbienne * Augmentation potentielle du risque de maladies : 1. infectieuses 1. atopiques 1. immunes * Potentiel rôle de modulation thérapeutique du microbiote
28
Comment se développe le microbiote intestinal au cours de la vie ?
Le microbiote intestinal se développe avec son hôte. SLM COMPREND CELA: Avant la naissance : tube digestif stérile in utero. À la naissance : colonisation par les premières bactéries (influencée par le mode d’accouchement). Pendant l’enfance : le microbiote évolue rapidement et augmente en diversité, surtout avec l’introduction des aliments solides. À l’âge adulte : microbiote plus stable et diversifié.
29
Quelle est une caractéristique importante de la composition du microbiote chez les individus sains ?
* Grande variabilité entre les individus. * Même les jumeaux homozygotes partagent < 50 % de génome bactérien.
30
Nomme des facteurs qui influencent la composition du microbiote.
1. * Génétique de l’hôte 1. * Géographie 1. * Diète (végétaux surtout) 1. * Sommeil 1. * Activité physique 1. * États pathologiques autres, antécédents 1. * Histoire personnelle et sociale: stress important, voyage/migration, interactions sociales 1. * Médicaments
31
Décrit le microbiote de la première année de vie.
* Bactéries aérobies prédominantes chez le nourrisson * Dans la première année de vie, le microbiote intestinal ressemble à celui de la mère * Première année: variable et susceptible au stress physique et émotif * À 11 mois, spécifique à l’enfant, distinct et STABLE
32
Nomme 3 caractéristiques du microbiote normal.
Riche Diversifié Équilibré et stable L’inverse correspond à une dysbiose.
33
combien de type de microbiote intestinal chez l'humaine
3 types principaux de microbiote intestinal = ENTÉROTYPE
34
De quoi dépendent les entérotypes du microbiote intestinal ?
* Localisation géographique * Diète (surtout)
35
Quels sont les principaux entérotypes du microbiote intestinal et à quelles diètes sont-ils associés ?
* Bacteroides → diète occidentale / japonaise * Prevotella → diète riche en fibres (africaine) * Ruminococcus → diète mixte RETIENT PAS LES NOMS des bac slm les diètes
36
Pourquoi le microbiote intestinal?
* Microbiote intestinal a évolué pendant des millions d’années avec les animaux, et vice versa * Prototype de la relation de symbiose * Interactions hôte – microbiote essentielles à l’homéostasie de l’hôte
37
Comment le microbiote influence l'activité de hôte
Le microbiote influence l’activité de l’hôte en: –Régulant l’expression de gènes humains –Produisant des composés actifs(neurotransmetteurs, métabolites, hormones, composés pro- ou anti-inflammatoires) –Éliminant des substances de l’hôte –Autres effets non élucidés
38
Comment le microbiote intestinal interagit-il avec le système immunitaire ?
Microbiote intestinal ⟺ système immunitaire (potentiel pro-inflammatoire) * * Les cellules épithéliales et dendritiques sont la 1ère ligne de contact avec le microbiote intestinal. * Les cellules de l’hôte utilisent des récepteurs de reconnaissance pour reconnaître les motifs moléculaires des miicrobes (commensaux et pathogènes). * Les microbes intestinaux génèrent une tolérance immunitaire pour survivre dans l’intestin en produisant des molécules immunomodulatrices qui diminuent les réponses inflammatoires du grêle.
39
Effet de l'absence du microbiote sur l'hôte?
L’absence de microbiote a des effets considérables sur l’hôte : 1. Métabolisme altéré: perte de poids 1. Susceptibilité diminuée à l’anxiété et dépression 1. Diminution de l’immunité 1. Motilité GI altéré
40
États pathologiques dans lesquels le microbiote est impliqué?
Littérature considérable sur l’implication du microbiote dans plusieurs états pathologiques: 1. Maladies inflammatoires de l’intestin 1. Côlon irritable 1. Maladie coeliaque 1. Sensibilité au gluten 1. Dysmotilité GI 1. Cancer colorectal 1. Pancréatite chronique Obésité et NASH 1. Dépression et anxiété 1. Asthme et atopie 1. Maladies auto-immunes? 1. Autisme?
41
But des thérapies centrées sur le microbiote?
modifier la composition
42
Façons de modifier la composition du microbiote?
* Diète * Antibiotiques * Prébiotiques (fibres non digestibles) * Probiotiques * Transplantation de microbiote * Antibiotiques néfastes (sauf rifaximine) * Diète = élément central pour modifier le microbiote
43
Décrit le rôle de la diète dans le microbiote.
* Mauvaises habitudes alimentaires peuvent avoir des conséquences importantes et irréversibles * Microbiote de différentes populations chasseurs/rurales/occidentales * Diversité microbienne diminuée chez populations occidentales (USA) * Perte de diversité attribuée à faible quantité de fibres
44
Que sont les probiotiques?
Micro-organismes vivants qui confèrent un bénéfice à l’hôte, lorsque donnés en quantité appropriée.
45
Mécanisme d'action des probiotiques?
* Effet immunomodulatoire: production de cytokines anti inflammatoires (TGF-beta et IL-10) et inhibition de cytokines pro-inflammatoires (TNF) et lymphocytes * Modulation de la barrière épithéliale (perméabilité) * Suppression de la croissance ou invasion par pathogènes * Modulation de la perception de douleur (expression des récepteurs opioïdes et cannabinoïdes) * NB: Probiotiques agissent dans un contexte alimentaire approprié
46
Contre-indications relatives des probiotiques?
■ Intolérance au lactose: souches de Lactobacilles ■ Allergie aux levures: S. Boulardii ■ Attention à la contamination par gluten pour les patients atteints de la maladie cœliaque ■ Immunosuppression sévère, patients critiques et prématurés en période néo-natale: case reports de fungémie à S. cerevisiae et septicémie à Lactobacillus –Plusieurs succès de probiotiques et transplantation fécale chez transplantés rénaux et hépatiques
47
Décrit la transplantation de selles.
* Transplanter quelques bactéries versus un microbiote complet… * Meilleur potentiel thérapeutique * Techniquement plus difficile et moins accepté en médecine * Grand engouement chez le public! * Manque de standardisation
48
Nomme les différentes techniques d'administration de transplantation de selles.
Lavement Tube nasojéjunal (nasoduodénal) Gastrostomie / colonoscopie Stomie…
49
Nomme la seule situation dans laquelle la transplantation de selles est prouvée efficace.
C difficile (peu de données sur autres pathologies)
50
Est-ce que la transplantation de selles est sécuritaire?
* Oui à court terme (études C. difficile), inconnu à long terme * Microbiote entier contient millions de gènes: sont-ils tous bénéfiques?? * Contrôle de qualité: absence de pathogènes dans préparation * Case reports d’effets nocifs à plus long terme (obésité…)
51
Est ce que le microbiote des nouveaux-nés accouchés par césarienne est restauré par un traver du microbiote vaginal materl peri partum?
■ Étude de prevue de concept ■ Les bébés furent exposés aux contenu vaginal maternal dans les 2 premieres minutes de vie par une compresse ■ Mère: – Negative pour le Group B Streptococcus – Pasdevaginoses bactérienne – pHvaginal <4.5 une heure avant la césarriene ■ Plusieurs échantillons collectés des bébés dans le premier mois de vie L’inoculation des nouveaux-nés avec le contenu vaginal des mères a induit une restoration des bactéries digestives proche des niveaux des bébés accouchés par voie vaginale
52
À quoi peut contribuer la dysbiose du microbiote ?
La dysbiose du microbiote peut contribuer à plusieurs pathologies : APPREND PAS SLM COMPREND: * Maladies cardiovasculaires (hypertension, athérosclérose) * Maladies inflammatoires de l’intestin (Crohn, colite ulcéreuse) * Maladies du foie (cirrhose, hépatite) * Maladie rénale chronique * Troubles neurologiques (Parkinson, Alzheimer, dépression) * Diabète (type 1, type 2, gestationnel) * Maladies respiratoires (asthme, bronchite) * Cancers (poumon, colorectal, pancréas, oral)
53
Clostridium difficile
* Infection nosocomiale colique très prévalente * Morbidité importante (prolongement de séjour hospitalier, nécessité de colectomie dans cas sévères, décès…) * Causée par la prise d’antibiotiques: destruction du microbiote normal = dysbiose extrême → Permet la prolifération du pathogène C difficile * Cause colite pseudomembraneuse * Cause colite pseudomembraneuse *
54
Tx du C diff?
Tx conventionnel: antibiotiques (vancomycine, fidaxomicyine)
55
Récidive du C diff?
20-30%
56
Que montrent les études sur la transplantation de microbiote fécal (FMT) dans les infections récidivantes à C. difficile ?
* Indication : 1 récidive malgré 10 jours de vancomycine ou métronidazole * Maladie non sévère * Administration possible :TND (tube nasoduodénal) ou Coloscopie * Résultats similaires entre les méthodes. * la revue systématique (Chapman 2016) sur la transplantation de microbiote fécal (FMT) pour C. difficile conclut Succès ≥ 90 % dans les études pour les infections récidivantes.
57
Décrit le mécanisme de la FMT en C diff.
1. Stimulation de la décolonisation des microbes pathogènes et majoration de la résistance de l’hôte aux pathogènes par compétition écologique directe 2. Repopulation du microbiote intestinal par la FMT aide la restauration de la fonction immune et une réduction du dommage de l’hôte induit par une colonisation microbienne anormale du tractus digestif 3. Facilite la restauration des métabolites essentiels utilisé pour le métabolisme de l’hôte incluant les SCFA, peptides anti microbien, bactériocine et les sels biliaire
58
Que recommandent les lignes directrices IDSA 2021 / AGA 2024 pour les infections récidivantes à C. difficile ?
**Si récidives multiples** : IDSA * Fidaxomicine ou Vancomycine en sevrage/pulsé + * Vancomycine suivie de rifaximine OU * Transplantation de microbiote fécal (FMT) **AGA 2024 SI c DFFICLE RÉCURRENTS** : 1. Adultes immunocompétents: * l'AGA suggère la transplantation fécale après la fin des antibiotiques standards * (Recommandation conditionnelle, faible niveau de certitude des preuves) 2. Adultes légèrement ou modérément immunodéprimés: * l'AGA suggère l'utilisation de la transplantation fécale après la fin des antibiotiques standards * (Recommandation conditionnelle, très faible niveau de certitude des preuves). 3. Adultes sévèrement immunodéprimés: * l'AGA suggère de ne pas utiliser la transplantation fécale après la fin des antibiotiques standards. * (Recommandation conditionnelle, très faible niveau de certitude des preuves).
59
Indication pour un C diff récurrent chez un adulte immunocompétent?
Transplantation fécale post antibio
60
Indication pour un C diff récurrent chez un adulte modérément IS?
Transplantation fécale post-antibio
61
Indication pour un C diff récurrent chez un adulte sévèrement IS?
PAS UTILISER LA TRANSPLANTATION FÉCALE
62
Que montre l’essai randomisé contrôlé (Drekonja et al., 2025) sur la transplantation de microbiote fécal (FMT) pour prévenir la récidive de C. difficile ?
* FMT vs placebo * Pas de réduction significative des récidives ou décès à 56 jours * Effets indésirables sérieux similaires entre les groupes. RESULTS: FMT : 32,9 % récidive ou décès à 56 jours Placebo : 29,9 % Pas de différence significative (p = 0,69)
63
Qu'est-ce que l'obésité du point de vie microbiote?
* Obésité = maladie métabolique et inflammatoire * Composés bactériens (LPS, AGCC) entraînent résistance à l’insuline et inflammation
64
Quelle est la preuve que le microbiote peut contribuer à l’obésité ?
* Des souris germ-free recevant le microbiote de souris obèses deviennent obèses. * Cela suggère une implication directe du microbiote dans l’obésité.
65
Que montre l’étude de Vrieze et al., 2012 sur la transplantation de microbiote chez des patients obèses avec résistance à l’insuline ?
Randomisés greffe de selles de:– Sujets sains avec IMC < 23 kg/m2 (n=9)– Placebo: auto-greffe de leurs propres selles (n=9) * 1 seul traitement * Mesures à 6 semaines. * EFFET: 1. Amélioration légère de la sensibilité à l’insuline 1. Légère perte de poids non significative 1. Effet possiblement plus important avec traitements répétés.
66
Quel est l’effet du probiotique VSL#3 sur le métabolisme et la sensibilité à l’insuline ?
* Étude randomisée 4 semaines chez 22 hommes non obèses sous diète hypercalorique riche en lipides * Pas d’effet significatif sur la sensibilité à l’insuline ni sur les marqueurs inflammatoires * Essais chez patients obèses nécessaires.
67
Quel est le rôle du microbiote dans les maladies inflammatoires de l’intestin (MII) ?
* Le microbiote influence l’immunité et l’inflammation. * Un sous-type de patients avec MII présente une perturbation du microbiote (dysbiose).
68
Comment le microbiote est-il modifié dans les maladies inflammatoires de l’intestin (MII) ?
* Le séquençage métagénomique montre une dysbiose. * Diminution de la richesse et de la diversité bactérienne dans les selles. * Environ 25 % moins de gènes bactériens chez les patients avec MII.
69
Quels indices suggèrent que le microbiote est impliqué dans les maladies inflammatoires de l’intestin (MII) ?
* Animaux germ-free ne développent pas de MII * Antibiotiques utilisés dans le traitement de Crohn * Diminution de la diversité microbienne chez les patients * Antigènes et marqueurs sérologiques bactériens retrouvés dans Crohn (ex : OmpC, ASCA) * Pas de profil unique de microbiote identifié à ce jour (surtout en colite ulcéreuse).
70
Combien probiotiques ont montré une efficacité dans la colite ulcéreuse (RCT) ?
2
71
Que montre l’étude de Moayyedi et al., Gastroenterology (2015) sur la FMT dans la colite ulcéreuse (CU) ?
* Étude randomisée contrôlée chez patients avec CU active (sévérité variable) sans infection * Intervention : transplantation de selles 1 fois/semaine vs placebo pendant 6 semaines * Issue primaire : rémission clinique à 7 semaines (score Mayo ≤ 2 et score endoscopique = 0). * Effets de l’intervention:Changement dans la composition du microbiote avant-après intervention: * Plus grande proportion de rémission avec FMT 52 Avenue prometteuse: approbation Santé Canada pour CU? * Plusieurs études confirment effet bénéfique de FMT pour induction de rémission et réponse clinique en CU
72
Que recommande l’AGA 2024 concernant la transplantation fécale dans la colite ulcéreuse (CU) ?
* L’AGA suggère de ne pas utiliser la transplantation fécale conventionnelle chez les adultes avec CU * Sauf dans le cadre d’essais cliniques * Recommandation conditionnelle avec certitude des données très faible.
73
Décrit le microbiote dans la maladie de Crohn.
Dans la maladie de Crohn, le microbiote intestinal est déséquilibré (dysbiose). Les changements principaux sont : * ↓ diversité microbienne * ↓ richesse bactérienne (moins de bactéries) Changements de bactéries : * ↓ Firmicutes (ex : Faecalibacterium prausnitzii, clostridiales) * ↑ Bacteroidetes * ↓ Actinobactéries (ex : Bifidobacteriaceae) * ↑ Protéobactéries (ex : Enterobacteriaceae, surtout E. coli) * ↑ Candida tropicalis
74
Que montre l’étude de Pascal et al. (2017) sur le microbiote dans la maladie de Crohn ?
* Le microbiote de Crohn est instable et différent de celui des sujets sains et des patients avec CU. * 9 bactéries différencient Crohn de contrôles sain * Ensemble de 8 bactéries permet de détecter Crohn avec sensibilité de 85% et spécificité de 90-95%
75
Quel est le rôle des probiotiques dans la maladie de Crohn ?
* Peuvent être essayés comme traitement adjuvant * Données probantes peu concluantes * Pas de preuve claire d’induction de rémission.
76
Quel probiotique pourrait aider au maintien de la rémission dans la maladie de Crohn ?
* Saccharomyces boulardii pourrait avoir un rôle modeste dans le maintien de la rémission.
77
Quel est le rôle du microbiote dans le syndrome de l’intestin irritable (SII) ?
* Le rôle de la dysbiose est controversé. * Les bactéries impliquées ne sont pas retrouvées de façon constante entre les études. * Cela reflète l’hétérogénéité du SII.
78
Quel est l’effet des probiotiques et de la transplantation fécale dans le syndrome de l’intestin irritable (SII) ?
* Bifidobacterium infantis 35624 → amélioration des symptômes et stimulation des cytokines anti-inflammatoires. * Transplantation de selles → résultats mitigés dans les études pilotes.
79
Probiotiques des sx globaux du SII?
Souches d’Escherichia > Lactobacillus/lactobacillus plantarum > probiotiques combinés (LacClean Gold S, Duolac 7s) et les souches de Bacillus
80
Probiotiques de la dlr abdo du SII?
Saccharomyces cerevisiae, Bifidobacterium > probiotiques combinés: Lactobacillus, Saccharomyces et Bacillus
81
Probiotiques des ballonnements et distension abdominale du SII?
probiotiques combinés ou souches Bacillus
82
Probiotique de choix pour le SII?
* Certaines souches d’Escherichia pourraient améliorer les symptômes globaux. * Pour la plupart des autres souches ou combinaisons, les preuves sont faibles. * Pas d’augmentation significative des effets indésirables avec les probiotiques.
83
Q: Que montrent les études chez les souris germ-free sur le lien microbiote–système nerveux central ?
* Les souris germ-free ont un comportement altéré. * Elles montrent moins d’anxiété et moins de comportements dépressifs. * Colonisation de ces souris altère expression de plusieurs gènes dans le cerveau * Traitement de souris normales par antibiotiques entraîne dysbiose et une modification de comportement, semblable aux souris GF
84
Quelle bactérie du microbiote serait responsable de la dépressio?
Bifidobacterium longum
85
Que montre l’essai randomisé avec Bifidobacterium longum chez les patients avec SII et anxiété/dépression ?
* Probiotique vs placebo pendant 6 semaines (≈20 patients/groupe) * Diminution significative de la dépression * Amélioration de la qualité de vie SANS affecter sur les symptômes gastro-intestinaux.
86
Quel effet Bifidobacterium longum a-t-il sur le cerveau chez les patients avec SII (IRM fonctionnelle) ?
* Effet direct sur le cerveau observé en IRM fonctionnelle après stimuli émotif. * MOINS engagement des cortex frontaux et temporaux. * MOINS activation de l’amygdale.
87
Que décrit l’axe gut–liver et quels changements du microbiote sont observés dans les maladies hépatiques ?
* Axe bidirectionnel intestin–foie. * Le microbiote intestinal peut contribuer aux maladies hépatiques en envoyant pathogènes ou métabolites au foie via la veine porte. * MASH → RÉDUCTION Bacteroidetes vs sujets sains. * Cirrhose → RÉDUCTION Bacteroides, MAJORATION Proteobactéries et Fusobactéries.
88
Messages clé
■ Microbiote intestinal: élément important et central de notre organisme ■ Le microbiote a un potentiel pour aider au diagnostic et au traitement de certaines maladies ■ Probiotiques sont de mieux en mieux étudiés pour aider au traitement de certaines pathologies précises ■ Transplantation de selles = probiotique ultime, très efficace dans certains cas mais attention aux effets indésirables à plus long terme (peu de recul)
89
# À PARTIR DICI CLARA À quoi devons-nous faire attention avec la transplantation de selles?
Effets indésirables à long terme
90
Ex de prébiotique?
Fibres
91
Nomme 4 fonctions du microbiote.
* fermentation * Immunité * Dégradation des acides aminés * Métabolisme de la bile
92
Nomme les 6 phylum.
* Firmicules * Bateroidetes * Proteobacteria * Verrucomicrobacteria * Actinobacteria * Autre
93
Est-ce que le microbiote d'un bébé est stérile?
Non
94
Probiotique pour une pouchite?
VSL3