1
Q
Retrieval
A
Membraan vanuit plasmamembraan wordt opgenomen om golgi membraan weer aan te vullen en zo te compenseren voor exocytose
2
Q
Clathrine vesicles
A
Clathrine vormt triskellions
Op plasmamembraan om endosomen te maken en op golgi om spullen te transporteren naar lysosomen
3
Q
COPII vesicles
A
Op ER om exocytotische cargo te transporteren richting golgi
4
Q
COPI
A
Op golgi voor secretoire routes
5
Q
Retromeer
A
Vesicles die op endo/lysosomen worden gevormd om eiwitten weer terug naar golgi te sturen
6
Q
3 eiwitten betrokken bij het vormen van een clathrine vesicle
A
Cargo receptors (binden inhoud van vesicle), adaptor eiwitten waaraan clathrine bindt. Na vorming endosoom vallen de adaptor eiwitten en clathrine eiwitten eraf
7
Q
Coincidence detection
A
Fosfoinositiden in het membraan binden adaptor en cargo eiwitten waardoor daarna de coat geassembleerd kan worden
8
Q
ARF GTPase
A
assemblatie coat clathrine en COPI
9
Q
Sar1 GTPase
A
Assembleren coat COPII
10
Q
Assemblatie COPII coat
A
- Sar1-GTP (geactiveerd door Sar1 GEF) → conformatieveradering bij activatie waardoor die een amfipatische helix krijgt en in het membraan gaat zitten
- sec23 en sec24 kunnen binden aan geactiveerd Sar1-GTP in het membraan
- sec23 en sec24 binden een cargo receptor met cargo
⇒ Eerste laag van de COPII coat
- binden van Sec13 en Sec31 aan het membraan wat zorgt voor buiging en vesicle vorming
11
Q
BAR-domain eiwitten
A
eiwitten die direct aan de membraan binden door elektrostatische interacties of amfipatische helixen om het membraan te helpen buigen
12
Q
Functie actine bij het maken van vesicles
A
Actine kan polymeriseren en zo grote vesicles wegduwen van het membraan waar het gevormd wordt
13
Q
Dynamine GTPase
A
kan polymeriseren op de nek van het vesicle en vormt daar een spiraal die aangedraaid wordt (doordat de GTP bindende domeinen stapjes langs elkaar maken) → zorgt ervoor dat het vesicle afgesnoerd wordt
14
Q
Vesicle uncoating manieren (5)
A
- Hydrolyse van fosfoinositiden waardoor adaptor eiwitten minder goed binden
- GTP hydrolyse door een coat recruitment GTPase waardoor de interactie van de coat en membraan verminderd wordt
- Membraancurvatuur kan GAP activeren waardoor de adaptine losgemaakt wordt
- Kinases kunnen bepaalde delen van de coat fosforyleren en verzwakken
- Bepaalde eiwitten kunnen de conformatie beïnvloeden van de coat eiwitten waardoor ze eraf vallen
15
Q
Rab GTPases
A
Binden bij activatie aan tethering eiwitten en SNAREs voor targeting
16
Q
Tethering eiwit
A
lang eiwit met alfa helices die helpt om een vesicle te vangen in de buurt van een membraan
17
Q
SNAREs
A
verhogen de specificiteit van de interactie met het vesicle
Specifieke eiwitten voor fusie
18
Q
Transatie vroeg endosoom naar laat endosoom
A
Rab5 wordt vervangen door Rab7
19
Q
Heterotypische fusie
A
fusie van vesicle met een ander type membraan
20
Q
Homotypische fusie
A
Fusie van 2 vergelijkbare vesicles (bijvoorbeeld endosomen)
21
Q
Welke eiwitten MOETEN lang golgi?
A
- secretie eiwitten
- PM eiwitten
- lyso/endosoom eiwitten
22
Q
Welke inpakking voor golgi eiwitten?
A
COPII
23
Q
Welk eiwit activeert COPII coat vorming?
A
Sar1-GTP
24
Q
Retrieval systeem
A
in het eerste compartiment van golgi → nodig om eiwitten terug te halen die per ongelux van hetER naar het Golgi zijn getransporteerd, of om Golgi-specifieke eiwitten terug te sturen naar het ER
25
Retrieval signalen
KDEL en KKXX
26
KDEL receptor
bindt eiwitten heel goed in golgi maar niet goed in ER (pH verschil, golgi zuurder dan ER) dus in ER laat hij eiwit los en shuttlet steeds tussen golgi en ER
27
Voordelen geglycosyleerde eiwitten
- Beter oplosbaar in water
- Beschermd tegen afbraak (proteases)
- Beschermen de cel
- Belangrijk onderdeel van cel signalering
- Antigenen
(OBSA)
28
LDL
Cholesterol → wordt opgenomen in particles die low density lipoproteinen heten → soort vetdruppels omgeven door een enkele membraanlaag met veel cholesterol in de membraan en omgeven door 1 reuze eiwitmolecuul → apolipoproteine B
29
Degradatie van endosoom inhoud
Enkel ubiquitine molecuul op endosoom -> intralumenale vesicles ontstaat -> multivesiculair lichaam -> fusie met lysosoom -> afbraak
30
ESCRT eiwitten
voor de transitie van endosoom naar multivesiculair lichaam (door enkele ubiquitines)
31
Hoe heeft lysosoom lage pH?
H+ pomp pompt H+ van cytoplasma lysosoom in (ATP verbruikt)
32
Fases polymerisatie actine
- Lag fase → kost even tijd voordat de actine filamenten samenkomen op de juiste manier
- Als er eenmaal een filament is is het makkelijk om monomeren toe te voegen door hydrofobe interacties
- Monomeren moeten elkaar in juiste conformatie binden wat langer duurt
- Elongatie fase → snelle groei aan plus eind, langzaam aan min eind
- Steady state → concentratie waarbij een balans onstaat tussen opbouw en afbouw van actine → polymerisatiesnelheid = depolymerisatiesnelheid
- Kritische concentratie → waarde van actine subeenheden waarbij net zo veel wordt gepolymeriseerd als gedepolymeriseerd → lengte constant
- Onder deze concentratie → depolymerisatie
- Boven deze concentratie → polymerisatie
33
Catastrophe microtubuli
schakeling van groei naar krimp
34
Rescue
Schakeling van krimp naar groei
35
Thymosine
bindt aan actine en voorkomt polymerisatie (neemt het in beslag, sequestration)
36
Profiline
voorkomt actine polymerisatie aan de plus kant
37
Nucleatie
de cruciale eerste stap in de vorming van actinefilamenten (microfilamenten) in een cel, waarbij losse actine-monomeren (G-actine) samenkomen om een kleine, stabiele kern te vormen (een trimeer of groter) waaruit het filament vervolgens snel kan groeien
38
Arp2/3
Nucleatie eiwitcomplex met 2 subeenheden die lijken op actine → bindt aan de zijkant van een bestaand actine filament → vertakkingen
- Maken beginnetje actine filament
- Blokkeren het - uiteinde
39
Eiwitten die groei aan de plus kant van actine versnellen
- NPFs → nucleation promoting factors
- Formine → heeft capaciteit om aan + eind te binden en lange draadjes met profiline bindingssite
- Vangt profiline gebonden actine en helpt ze te polymeryseren
40
Gamma tubuline ring complex
eiwit die lijkt op beta tubuline → spiraalstrcutuur → 14 gamma tubuline monomeren → bindt aan alfa tubuline → microtubulus wordt hier opgestart
41
Augmin
kan vertakte microtubule structuren maken → bindt aan zijkant microtubulus en gamma microtubule ring complex
42
Centrosoom
waar de min eindjes van microtubuli vastzitten → zitten heel veel Gamma tubuline ring complexen gebonden
43
Capping eiwitten
Blokkeren polymerisatie actine/microtubuli
44
XMAP eiwitten
Versnellen groei microtubuli aan plus eind
45
Catastrophe factoren
maken microtubule instabiel en laten ze heel snel krimpen
46
MAP eiwitten
Microtubule associated proteins - organiseren microtubuli
bij fosforylatie vallen ze eraf omdat microtubuli negatief geladen zijn en fosforylering zorgt voor een negatieve lading op MAP
47
Cofiline
bindt aan actine en draait de spiraal (destabilisatie)
48
Gelsoline
beschadigt actine filamenten (knipt ze in stukjes) en capt de plus uiteinden
49
Katanine
severing enzyme → bindt en trekt dimeren uit de microtubule → leidt tot:
- Meer microtubuli (bij kleine beetjes knippen)
- Microtubule afbraak
50
Welke kant loop myosine op
naar plus eind actine (behalve myosine 6 die loopt naar -)
51
microtubule motors
kinesine en dyneine
52
Kinesine
naar plus kant
53
Dyneine
naar min kant microtubule
54
Rho GTPases
Reguleren actine, zorgt voor stress fibrillen. Actine myosine contractie bij migratie
55
Rac
Reguleert actine, vertakking
56
D-cycline
Zodra G1 cycline op gang is gekomen kan de celcyclus zelf zorgen voor de expressie van de volgende cyclines
57
CIP/KIP eiwitten
CDKis
58
Stamcellen
niet (volledig) gedifferentieerde cellen die in staat blijven te delen, en daarbij zowel nieuwe stamcellen vormen als cellen die gaan differentiëren
59
Totipotent
zygote en vroegste embryonale voorlopercellen
60
Pluripotent
embryonale stamcellen → kunnen de meeste cellen maken
61
Multipotent
adulte (Somatische, weefsel-specifieke) stamcellen
62
Unipotent
adulte stamcellen/lineage specifieke progenitors → kunnen maar 1 celtype maken (bijv. satellietcellen)
63
Cytokinese
insnoering plasmamembraan an het einde van celdeling (deelt cytoplasma in 2en)
64
Waar N linked en waar O linked glycosylering?
O-linked glycosylering van een eiwit vindt alleen plaats in het Golgi, terwijl N-linked glycosylering al in het ER begint
65
LDL feitjes
Het meeste cholesterol wordt door het bloed getransporteerd in de vorm van LDL-partikels. De LDL-receptoren in het plasmamembraan associëren met clathrine-coated pits tijdens receptor-gemedieerde endocytose. De LDL-receptoren worden geïnternaliseerd ongeacht de binding aan hun ligand. Als LDL wel gebonden is aan de receptor bij internalisatie dan zal LDL loslaten van de receptor in het vroeg endosoom (vanwege de zure omgeving), de LDL-receptor wordt dan teruggebracht naar het plasmamembraan voor hergebruik. LDL zal vervolgens afgebroken worden in de endolysosomen en lysosomen waarbij cholesterol vrijkomt. Als de receptor-gemedieerde endocytose van LDL wordt geblokkeerd bijvoorbeeld door een mutatie, dan zal LDL (en dus cholesterol) zich ophopen in het bloed.
66
Rab GTPase
betrokken bij het leiden van een vesicle naar specifieke aanhechtingsplekken op het target membraan
67
Sar1 GTPase
coat-recruitment GTPase voor COPII
68
ARF GTPase
coat recruitment GTPase voor COPI en clathrine
69
Dynamine GTPase
reguleert het afsnoeren van een vesicle
70
Rho (waaronder RhoA)
stimuleert actine-myosine contractie aan de achterkant van de migrerende cel, waardoor de cel opschuift naar voren. Een andere functie van RhoA is de regulatie van de positionering van de contractiele ring tijdens celdeling. (stimuleert vorming ook van stress fibrillen)
71
Rac1
GTPase en een belangrijke actine regulator, het stimuleert actine polymerisatie aan de voorkant van de cel, wat zorgt voor de vorming van lamellipodia extensies
72
Eiwitten actief aan voorkant van de cel tijdens actine polymerisatie
Rac1, CDC42 en fosfolipide PIP3
73
protrusie, attachment en tractie
bij protrusie wordt het plasmamembraan aan de voorkant naar voren getrokken door actine polymerisatie, bij attachment gaat het actine cytoskelet interactie aan met het substratum door het plasmamembraan heen en bij tractie zal vervolgens de bulk van cytoplasma naar voren worden getrokken
74
cofiline
zorgt voor netto depolymerisatie van actine, dit vindt plaats achterin de lamellipodia
75
Arp2/3
Voorin de lamellipodia zorgt het Arp 2/3 complex voor netto polymerisatie van actine filamenten
76
Tau
Bindt aan microtubuli en zorgt voor een op elkaar gepakt en stabiel netwerk
77
Fimbrine
Bindt aan actine filamenten en zorgt voor een dicht gepakt actine netwerk, dit geeft stabiliteit
78
Kinesine-13
Destabiliseert microtubuli (catastrofe factor)
79
Profiline
Bindt aan actine subunits en versnelt daarmee de groei van actine filamenten aan het plus-einde
80
Lag fase actine
wanneer er nog geen groei optreedt (het is de snelheidsbeperkte nucleatie stap), snelheid beperkend vanwege de instabiliteit van de kleine aggregaten van subunits. Slechts een paar van deze aggregaten zal verder gaan groeien en filamenten vormen. De lag-fase verdwijnt als je begint met deels voorgevormde filamenten (ipv losse subunits), lag-fase is dus nucleatie (het bij elkaar komen van subunits)
81
Steady state
dissociatie van de subunits gelijk aan de associatie van subunits aan de filamenten. Hier ligt de kritische concentratie.
82
Treadmilling
netto additie van subunits aan het plus-einde (ATP gebonden vorm) en dissociatie van subunits aan het min-einde van het filament (ADP gebonden vorm)
83
Arp2/3 complex
Actine nucleatie wordt gekatalyseerd door Arp 2/3 complex dat aan het MIN EINDE gehecht blijft. Het Arp 2/3 complex zorgt voor een vertakt actine netwerk, doordat het aan twee actine filamenten tegelijk kan binden
84
gamma-tubuline ring complex
katalyseert microtubuli nucleatie. Dit complex hecht ook aan het min-einde, vervolgens kan de microtubulus worden opgebouwd.
85
Formine
katalyseert ook nucleatie bij actine maar hecht aan het plus-einde
86
Cdh1–APC/C
verantwoordelijk voor handhaving van lage M-cycline levels tijdens de G1 fase
87
Welke cellen kunnen onafhankelijk van stamcellen zichzelf vernieuwen?
beta cellen in eilandjes in de pancreas en hepatocyten in de lever
88
Welke groep factoren belemmert de generatie van IPS cellen uit een gedifferentieerde cel, aangezien de herprogrammeringsefficiëntie toeneemt wanneer de activiteit van deze factoren afneemt?
Histon deacetylases en histon acetyl transferases
89
PTEN
Tumor suppressor die gemuteerd is in veel tumoren. Het eiwit dat gecodeerd wordt door het wild-type gen is een phosphatase, dat het lipide PIP3 als substraat heeft.
90
Een tumor, die ontstaat uit bindweefsel of spierweefsel .
Sarcoma
91
Kinase remmers, die ontworpen zijn om tumorgroei te remmen, zijn
meestal stoffen die competeren met ATP voor binding aan de actieve site van het kinase.
92
Twist
negatively regulates cadherin and induces epithelial–mesenchymal transition
93
Talin
activeert inside-out signalering door op beta subunit van integrine te binden en zo te competeren met de alfa subunit waardoor een conf. ver. ontstaat
94
NADH/NAD
Katabolische reacties
95
NADP/NADPH
anabolische reacties (vetzuursynthese)
96
CAK
Cdk-activating kinase
97
Cohesin
houdt zusterchromatiden bij elkaar
98
Securin
Zit aan separase, houdt het inactief. als pin in handgranaat, bij loslaten wordt separase actief en wordt cohesine afgebroken waardoor anafase gestart wordt
99
Wat blokkeert anafase?
- Vrije kinetochore bindt Mad en
BUB checkpoint eiwitten
- als er geen spanning is
