prédiction de structures

Question 1

Pourquoi prédire la structure des protéines plutôt que expérimentalement?

Answer 1

• Couts
• Temps
• Proportion de protéines connues pour lesquelles il y a une structures
• Plusieurs protéines ne peuvent pas être étudiés aisémant par les méthodes exp

Question 2

Séquence + ___ + ___ -> structure 3D

Answer 2

connaissances, calculs

Question 3

Vrai ou faux

Le nombre de conformations potentielle d’une protéine est très large

Answer 3

Vrai

Question 4

Quelles sont les trois catégories de structures secondaires prédites?

Answer 4

-hélice a
Feuillet b
-Autres (coil)

Question 5

quelles sont les 8 catégories prédites par certaines méthodes?

Answer 5

• hélice 310
• hélice a
• Hélice pi
• brin b étendu au sein d’un feuillet parallèle ou antiparallèle
• Résidu isolé dans un pont b
• coude fermé par une liaison H
• coude sans liaison H
• Autres

Question 6

Sur quoi sont basées les prédiction de structures secondaires?

Answer 6

sur des données statistiques accumulées àpartir de structures connues

Question 7

Décrire les 3 générations d’algorithmes de prédiction de structures secondaires

Answer 7

1 : basées sur le types d’a.a -> 1 a.a à la fois

2 : basées sur des segments d’a.a -> 11-21

3 : basées sur des familles de séquence -> utilise également des segments d’a.a -> utilise les séquence de plusieurs protéines homologues

Question 8

Vrai ou faux

La prédiction des brins b est supérieur à la prédiction des hélices a

Answer 8

Faux, contraire

Question 9

Pour quelles types de protéines les méthodes de prédiction de structures secondaires sont très efficace?
Pour quelles elles le sont moins?

Answer 9

• > Protéines globulaires
• > Protéines transmembranaires
  • > Environnement différent

Question 10

Quelles sont les utilisations des prédictions de structures secondaires?

Answer 10

• Guider les prédictions de structures tertiaires
• Complémente certaines données exp comme DC
• Aide à identifier les séquences de protéines homologues
• Aide à la classification des protéines
• PPeut guider un experimentaliste dans le laboratoire

Question 11

Pourquoi la structure à haute résolution des protéines transmembranaires et leur mécanisme d’action sont moins connus?

Answer 11

• Difficile à surexprimer, à cristalliser et à solubiliser
• < 2% des prots dans PDB
• RMN des solides

Question 12

Comment est fait l’analyse du profil hydrophobe d’une protéine?

Answer 12

• utilise une des échelles d’hydrophobicité
• Utilise une fenêtre de 15-25 résidus
  
  • > nb de résidus nécessaires pour traverser une membrane
• Lorsque l’hydrophobicité moyenne excède une valeur le segment est prédit comme étant une hélice transmebranaire

Question 13

Quelles sont les trois catégories de prédiction de la structure tertiaire?

Answer 13

• Par homologie
• > structure homologue connue, identité > 40%
• reconnaissance du repliement
• > Aucune structure d’homologue n’est connue, prots non homologue possédant un repliement similaire
• Nouveau repliement (ab initio)
• > pas d’homologue, prédiction du repliement à partir de la séquence

Question 14

Quelles sont les étapes de modelage par homologie?

Answer 14

1. alignement de la séquence de la protéine à modeler avec la séquence de la structure connue
2. sélection des régions pour construire le squelette de la structure
   - > hélice a ou feuillet b
3. Construction de certaines chaines latérales
4. Construction des boucles
5. Rafinement du modèle
6. Validation du modèle

Question 15

Vrai ou faux

La méthode de modelage par homologie est encore jeune

Answer 15

Faux, méthode mature

Question 16

Il est estimé que pour _____ des nouvelles protéines, il y a déja…

Answer 16

50-70%, une structure qui peut être utilisée comme modèle

Question 17

Pourquoi est-il difficile d’identifier les homologues structuraux?

Answer 17

À cause d’un manque de similarité de séquence

Question 18

Quelles sont les méthodes récemment développées pour reconnaître un repliement similaire entre séquences qui possède peu de similarité?

Answer 18

• Construction d’une librairie de type de repliement
• Construction de modèles de la protéine inconnue pour chaque type de repliement
• Évaluation de la qualité pour chacun de ces modèles
• Choix du modèle le plus probable

Question 19

Pour quel type de protéine la méthode de reconnaissance de repliement est-elle applicable?
Quel est un désavantage de cette méthode?

Answer 19

• protéine ayant un seul domaine globulaire
• Difficile d’évaluer les faux résultats positifs
• Difficulté de bien faire l’alignement de séquence

Question 20

décrire la méthode ab initio

Answer 20

simulation du repliement de la protéine

• Recherche du minimum d’énergie global
• Utilise souvent la prédiction de structure secondaire pour réduire l’espace conformationnel à être évalué

Question 21

Quel est un problème de la méthode ab initio?

Answer 21

Formulation de l’équation d’énergie reliant une conformation et l’énergie réelle