Inicio del proyecto ENCODE
2003
Objetivo del proyecto ENCODE
Catalogar elem. funcionales del G e investigar regulación de expresión génica con la salud
En ENCODE se pretendío investigar…
- Gen codificantes para prot.
- Gen no cod. para proteinas
- Elem. reguladores
- Secuencias que median estruc y dinámica cromosomica
Fase piloto ENCODE
- Estrategias
- Desarrollo tecnológico
- 44 regiones conocida (1% G / 30mb)
Metodología de ENCODE
Chip-chip (inmunoprecipitación de cromatina)
Chip-chip
Permite identificar sitios de unión de prot a DNA
- Fac transcripción
- Histonas
- Reguladores de cromatina
en un chip
Fases del proyecto ENCODE
- Solo humanos / tecno / 30mb / piloto
- Humano / mosca y gusano / ratón / publish
- 1er análisis computacional de datos / desarrollo tecno 4
- 2do análisis computacional / caracterización funcional
De que año a que año fase 1 ENCODE
2003 - 2007
De que año a que año fase 2 ENCODE
2008 - 2012
De que año a que año fase 3 ENCODE
2013 - 2016
De que año a que año fase 4 ENCODE
2017 - 2021
Publicación de la fase 2 de ENCODE
Publicado 2012 primera parte / 2da 2019 Nature
13 artículos
1er artículo ENCODE
Motivos factores de transcripción
- mapeo 119 regiones ( unión prot a DNA)
- componentes RNA en 72
- 87 secciones específicas de FT
- 8.1% genoma
2do artículo ENCODE
Sitios unión FT para explorar propiedades cromatina
Sitios de unión a FT ayudan a explorar propiedades cromatina
- Evaluan unión H3K27me3 (mod epigen de histona (H3) trimetilación de lisina 27)
3er artículo ENCODE
Caracterización de regiones intergen. y definición de un gen
- Que hay y que no
4to artículo ENCODE
RNAs y patrones de mod de cromatina alrededor de regiones promotoras
- modelos de predicción que exploran interacción entre promotores y mod de histonas
5to artículo ENCODE
Regulación epigen del procesamiento del RNA
- 2 tipos de promotores (CpG y TATA)
6to artículo ENCODE
Caracterización RNAs no codifcantes
- técnica CAGE-seq (identificar sitios de inicio de transcripción / Cap site)
- RNAs menos 200nc hans sido asociados
7mo artículo ENCODE
Metilación DNA
Demás artículos ENCODE
- Enhancers
- Conexiones 3D del G
- Red topológica
- Machine learning
- Selección evolutiva en regulación funcional
