Proyecto ENDCODE

Question 1

en qué año se creó el proyecto ENDCODE?

Answer 1

2003

Question 2

qué cataloga el proyecto ENDCODE?

Answer 2

elementos funcionales del genoma humano

Question 3

qué investiga ENCODE?

Answer 3

regulación de la expresión génica y la salud

Question 4

qué regiones quería identificar el proyecto ENDCODE?

Answer 4

1. genes codificantes y no codificantes para proteínas
2. elementos reguladores de la transcripción
3. secuencias que median la estructura y dinámica cromosómica

Question 5

qué se quería evaluar en la fase piloto de ENDCODE?

Answer 5

estrategias para la identificación de regiones en el genoma

Question 6

cuál era el objetivo de la fase de desarrollo tecnológico del proyecto ENDCODE?

Answer 6

identificar o crear estrategias computacionales/laboratorio para caracterizar secuencias previamente identificadas y descubrir nuevas regiones

Question 7

cuántas regiones se eligieron para la fase piloto de ENDCODE?

Answer 7

44 (30Mb; 1% del genoma)

Question 8

ENDCODE quería identificar regiones de __ que transcriban a __ en la fase piloto

Answer 8

DNA
RNA

Question 9

cuáles fueron los elementos funcionales analizados en ENDCODE project?

Answer 9

Long-range regulatory elements
Cis-regulatory elements
Sitios de replicación del DNA
Modificaciones epigenéticas
Sitios hipersensibles

Question 10

cuáles son los long-range regulatory elements?

Answer 10

enhancers
represores/silenciadores
insulatora

Question 11

cuáles son los cis-regulatory elements?

Answer 11

promotores
sitios de unión del FT

Question 12

qué técnicas utilizaron para la metodología utilizada en ENDCODE?

Answer 12

hibridación ChIP-chip
inmunoprecipitación de cromatina

Question 13

qué permitió identificar la hibridación ChIP-chip y la inmunoprecipitación de cromatina en ENDCODE?

Answer 13

sitios de unión de las proteínas que se unen al DNA
- FT
- Histonas
- reguladores de la cromatina

Question 14

cómo funciona la inmunoprecipitación de cromatina y la hibridación ChIP-chip?

Answer 14

1. TF + acs
   
   2. Cortar gen con lísis para aislar la secuencia que tenga el TF
   3. Inmunoprecipitación de secuencia con FT
   4. Eliminas FT con proteínas (proteinasa K) para que te quede el fragmento de DNA aislados
2. Secuencias el fragmento de DNA (secuenciación por hibridación con fluorescencia)

Question 15

FT —> activa polimerasa (se une a promotor), __ va ayudar a saber en que secuencia y base exacta se une el FT con __

Answer 15

ChIP-chip
inmunoprecipitación

Question 16

qué significa región ortóloga?

Answer 16

provienen del mismo ancestro

Question 17

para qué se utilizan las herramientas computacionales que comparan secuencias para inferir funciones biológicas?

Answer 17

árbol filogenético

Question 18

cuánto duró la fase 1 de ENDCODE?

Answer 18

2003-2007

Question 19

cuánto duró la fase 2 de ENDCODE?

Answer 19

2008-2012

Question 20

cuál es la diferencia entre la fase 1 y 2 de ENDCODE?

Answer 20

1 —> Fase piloto con 1% del genoma
2 —> >1% del genoma

Question 21

qué se buscó en la segunda etapa de ENDCODE?

Answer 21

1. Motivos de los factores de transcripción
2. Estudio en los patrones de sitios de unión de FT
3. Caracterización de regiones intergénicas y definciión de un gen
4. RNAs y patrones de modificaciones de cromatina alrededor de regiones promotoras
5. Regulación epigenética del procesamiento del RNA
6. Caracterización de RNAs no codificantes
7. Metilación de DNA
8. Descubrimiento y caracterización de enhacers
9. Conexiones 3D a lo largo del genoma
10. Caracterización de la red topológica
11. Machine learning genomics
12. Entendiendo la variaicón con base en el impacto de la información funcional
13. Impacto de la selección evolutiva en regiones funcionales

Question 22

cuántas regiones se mapearon para observar la unión de proteínas al DNA en la fase 2?

Answer 22

119

Question 23

en cuántos tipos de células se encontraron componentes de RNA polimerasas?

Answer 23

72

Question 24

__ del genoma tienen regiones de DNA con unión a __

Answer 24

8.1%
proteínas

Question 25

qué es el FACTORBOOK?

Answer 25

catálogo de sitios de unión a FT

Question 26

qué ayudan a explorar los sitios de unión a FT?

Answer 26

propiedades de la cromatina

Question 27

qué se evalúa en la unión de H3K27me3?

Answer 27

modificación epigenética en la histona H3, trimetilación de la lisina 27

Question 28

qué se realizó para explorar la interacción entre modificaciones de histonas y promotores?

Answer 28

modelos de predicción

Question 29

qué promotores se encontraron en la búsqueda de la regulación epigenética del procesamiento del RNA?

Answer 29

Islas C-G < caja TATA

Question 30

qué técnica se utilizó para identificar los sitios de inicio de la transcripción en la fase 2?

Answer 30

CAGE-seq

Question 31

qué nos permite identificar CAGE-seq?

Answer 31

caperuzas para ver sitios de inicio de la transcripción