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Réplication ADN Flashcards

(51 cards)

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1
Q

Temps pour la division et réplication

A

division prends 16h, donc 10h pour la réplication

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2
Q

approximation du nb de cellules dans le corps

A

50-75 milliards
millions de nouvelles cellules tous les jours, tous ont même code génétique

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3
Q

Caractéristiques de la réplication (4)

A
  • complexe (plusieurs protéines impliquées)
  • hautement spécifique (protéine spécialisés)
  • vitesse impressionnante (80 000 pb/sec)
  • presque pas d’erreur
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4
Q

Ce que nécessite réplication

A

dNTP (desoxyribonucléotides triphosphates) C,T,G,A
jonction amorce:matrice
ADN polymérase

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5
Q

Pourquoi est-ce que la synthèse du brin se fait de 5’ vers 3’

A

l’extrémité 3’ (-OH) est un nucléophile utilisé pour l’attaque du phosphate alpha de la bases pour la liaison de celle-ci

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6
Q

Appariement correct des bases permet quoi

A

l’attaque du -OH se fait seulement si les bases sont appariées, donc il n’y aura pas de liaison

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7
Q

Structure de l’ADN polymérase

A

Main
paume: ions métallique et exonucléase
doigts: induisent rotation
pouce: garde le tout ensemble

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8
Q

Rôles des ions métallique de la paume de l’ADN polymérase

A

modifient environnement chimique de 3’OH et du dNTP
réduit 3’OH et 3’O- pour l’attaque
autres ions stabilisent les 2 autres phosphates

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9
Q

Rôle de l’exonucléase dans la paume de l’ADN polymérase

A

mésappariements ralentissent catalyse et diminué affinité de l’ADN pol pour la jonction amorce:matrice qui va sortir de son site actif
cela va permettre à l’exonucléase d’enlever l’ADN mésapparié

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10
Q

Rôle doigts ADN polymérase

A

lors de l’appariement correct les doigts se referment sur le dNTP pour le rapprocher des ions et augmenter la vitesse de catalyse
doigts induisent une rotation de 90 degré entre la 1ere et la 2ieme base de la matrice
pour empêcher tout appariement d’un dNTP avec la 2ieme base

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11
Q

Rôle du pouce de l’ADN polymérase

A

n’aide pas à la catalyse
maintien amorce et site actif de la paume en position optimale
maintien association forte entre ADN polymérase et son substrat

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12
Q

Fonctionnement ADN polymérase

A
  1. dNTP entrant s’apparie à la 1ère base disponible de la matrice
  2. provoque fermeture des doigts autour du dNTP apparié
  3. place les ions métalliques en position qui permet de catalyser la formation de la nouvelle liaison phosphodiester
  4. attachement du nucléotides à l’amorce provoque ouverture des doigts et permet jonction amorce:matrice d’avancer d’une paire de base
  5. ADN polymérase prête pour un nouveau cycle
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13
Q

Normalement, les enzymes se détachent après la rxn, pourquoi est-ce que l’ADN polymérase ne se détache pas?

A

elle est processives, car l’étape limitante de la rxn est la liaison de la polymérase à sa jonction amorce:matrice qui prends 1s alors que l’ajout d’un nucléotide prend 1ms

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14
Q

Fourche de réplication

A

pour que les 2 brins soient répliqués simultanément, besoin d’une fourche
endroit où ADN passe de 1 ADN bicaténaire à 2 ADN bicaténaire

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15
Q

Fragments d’Okazaki

A

ADN néosynthétisé à partir de nombreuses amorces installée par la primase sur le brin discontinu 100-2000 nt

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16
Q

Primase

A

ARN polymérase consacrée à la fabrication d’amorces courtes sur la matrice monocaténaire 5-10 nt
amorces doivent être retiré après, car ARN

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17
Q

Élimination des amorces ARN

A

RNase H (reconnait ARN hybridé)
dégrade ARN appariés à ADN, enlève tout sauf dernier ribonucléotide (exonucléase 5’ enlève dernier)
ADN polymérase remplit brèche
Césure réparée par ADN ligase

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18
Q

Hélicase

A

hexamère sous forme d’anneau
processive, 2 polarité existe (5, vers 3’ ou 3’ vers 5’)
ouvre double brin
utilise atp

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19
Q

SSB

A

protéines liant ADN(simple brin) pour stabiliser en empêchant le réappariement, la dégradation et la formation de boucle
liaison coopérative: liaison d’une SSB facilite liaison d’une autre SSB

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20
Q

Quel problème peut amener l’hélicase et comment les régler6

A

amène des surenroulements positifs
topoisomérase coupent ADN et font passer les brins dans la coupure pour qu’ils deviennent des surenroulements neutre

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21
Q

Comment différencier ADN polymérase des procaryote des eucaryotes

Study These Flashcards
A

procaryotes chiffres romain
eucaryote lette grec

22
Q

ADN polymérase qui fait la synthèse du brin discontinue de l’ADN

23
Q

ADN polymérase qui fait la synthèse du brin continue de l’ADN

24
Q

ADN polymérase qui fait la synthèse des amorces pendant la réplication de l’ADN

25
Réplication par les différentes ADN pol
initiation des brin neufs primase fait l'amorce Pol alpha commence la réplication (quelque nucléotides), processivité faible, Pol delta (discontinu) et epsilon (continu) prennent le relai
26
Est-ce que les ADN polymérase delta et epsilon ont une grande processivités?
Non se détache toutes les 20-100 pb, c'est l'anneau coulissant qui augmente la processivité et l'empêche de s'éloigner en gardant l'ADN pol près de son substrat quand l'ADN pol se détache, l'anneau coulissant reste pour recruter des protéines pour enlever ARN et réparer cassure
27
Structure anneau coulissant
formés de plusieurs sous-unités, forme de beigne, encercle double hélice, fortement lié à l'ADN pol (forte affinité tant qu'elle est dans une jonction amorce:matrice
28
Où sont retrouvés les anneaux coulissants ce que ça témoigne
procaryote, virus et eucaryote fonction et structure conservée ce qui témoigne de leur importance
29
Quel est le nom des protéines qui ajoute les anneaux coulissant à chaque jonction amorce:matrice
poseurs d'anneaux coulissants
30
Structure de l'holoenzyme de l'ADN pol III
liaison forte avec l'hélicase via les sous-unités tau
31
Fonctionnement de l'holoenzyme
hélicase est fortement lié à l'holoenzyme, sinon elle est beaucoup plus rapide que l'ADN polymérase Brin continu: l'ADN polymérase synthétise en continue Brin discontinu: primase ajoute une amorce à chaque seconde (primase se lie faiblement à l'hélicase) , anneau coulissant est déposé au niveau de la nouvelle amorce ARN et ADN polymérase se lie au nouveau anneau coulissant et commence une nouvelle synthèse d'ADN jusqu'à une nouvelle amorce où il se détache.
32
Sites spécifique où débute la réplication
origines de réplication, nombre varie selon l'espèce au niveau des séquences internes des chromosomes il y en a plusieurs qui se rejoignent
33
Composante de l'initiation
réplicateur: séquence d'ADN suffisante pour initiation réplication avec des séquence de fixation de l'initiateur et des séquences faciles à dérouler (AT riche) initiateur: protéine qui reconnait spécifiquement séquence du réplicateur, active initiation de la réplication par changement allostérique
34
Rôles des initiateurs (3)
lient ADN à initiateur , recrutent protéines nécessaire à l'initiation de la réplication (ex. hélicase) déforment ou dénaturent parfois la région adjacente à leur site de liaison
35
réplicateur des procaryotes
13-mère et 9-mère (nb de nucléotides répété)
36
initiation de la réplication eucaryote
1. sélection des réplicateurs en phase G1, identifie les séquences qui dirigent l'initiation et assemblage d'un complexe de protéines sur chaque réplicateur ( pas encore déclenché, en attente) 2. activation des origines de réplication en phase S, sépare les brins aux réplicateurs et recrute ADN pol
37
Formation du préréplicatif
1. reconnaissance du réplicateur par l'initiateur (ORC) 2. ORC recrute 2 poseurs d'hélicase (Cdc6 et Cdt1) 3. recrute ADN hélicase À ce point, possible de rester stable
38
Assemblage des fourches
début phase S phosphorylation (activation) des préréplicatif (preRC) et d'autre protéine par Cdk et Ddk (k pour kinase) recrutement des ADN pol
39
Régulation des fourches
phase assemblage: activité de Cdk bas en G1 (formation pré-RC possible) phase activation: activité de Cdk élevé en S, G2 et M (activation des pré-RC déjà positionnés, PAS de formation de pré-RC)
40
Terminer la réplication des chromosome circulaire
41
Terminer la réplication des chromosome linéaire
se détache au bout, sur brins discontinu, on doit enlever les amorces ARN, impossible de remplacer le dernier, car il n'y a pas d'extrémité 5' en amont pour que ADN polymérase se lie Télomères au extrémités
42
Télomères
séquences courtes répétées répétitions bicaténaires possédant une extrémité 3' monocaténaire qui ne recrute que la télomérase
43
Télomérase
ADN pol qui n'a pas besoin de matrice exogène (elle a un segment d'ARN à l'intérieur) allonge extrémité 3'
44
Séquences des télomères humains
5'TTAGGG répété des milliers de fois
45
Structure télomérase
Ribonucléoprotéine ARN qui sert de matrice, forme une jonction amorce:matrice pour la TERT (sous-unité catalytique) fait de la réverse transcriptase rétro-transcrit ARN en ADN
46
Extension des télomères
47
régulation de la longueurs des télomères
protéines liant ADNdb télomérique inhibent la télomérase répression additionné de nombreuse de ces protéines sur l'ADN l'arrête
48
Est-ce que la longueur des télomères est relié à la longévité?
non
49
Boucle-T
50
Où retrouve-t-on des télomérases
dans les cellules souches, germinales et cancéreuses
51
Pourquoi certaines cellules n'ont pas de télomérase
majorité en ont pas limite le nombre de réplication sécuritaire qu'elles peuvent faire, pour éviter un plus grand risque de mutation
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