Wie heisst der Marktführer für das next generation sequencing?
Illumina
Wie heisst ein mobiles Sequenzanalyse Gerät?
Wie funktioniert es?
Minlon (oxford NanoTechnologies)
Mit Poren
Was sind CONTIGS?
Große, lange Regionen von DNA Sequenzen
Was ist De Bruijn?
- Anordnungsmethode für DNA Sequenzen
- Viele keine Graphen
Was ist die Dot-Matrix Methode?
Was sind window/size, step und match/treshold?
Die Methode aus dem zweiten Praktikum, Punkt machen wenn Sequenz gleiche Basen hat
- window/size ist die Anzahl der betrachteten Basen
- step sind die Schritte die ich die “size” verschiebe
- match/treshold ist die Anzahl die erreicht sein muss um einen Dot zu setzen
Im Bezug auf den Alignment Score:
Wie berechne ich den “nicht-affinen Score” und wie den “affinen Score”?
nicht affine:
match = 4
mismatch= -3
gap= -4
affine: first Gap gibt mehr Minuspunkte match= 4 mismatch= -3 gap opening= -8 gap= -4
Was ist der Unterschied zwischen einem Global und einem Local Alignment?
Optimal Global =
Sequenzen werden von Anfang bis Ende agereiht
Optimal Local =
Sequenzen sind in mehreren Isolierten Formen angeordnet
Was ist dynamic programming?
Eine Methode in der man ein komplexes Problem in kleinere Probleme unterteilt und die Ergebnisse speichert
Was gibt die PAM-Matrix an?
Welchen Bereich hat sie?
Wie viel % sich 2 Aminosäurestränge ähneln
0=100% bis 250=20%
Was ist der Unterschied zwischen PAM und BLOSUM?
PAM behält ähnliche Sequenzen
BLOSUM löscht ähnliche => mehr Übersicht
Was ist der Standard Treshhold von BLOSUM? Ab wann löscht es ähnliche Sequenzen?
Ab 62% Übereinstimmung
Wann wird der BLOSUM Wert positiv?
Wann negativ?
Wenn die Base die ersetzt, einen ähnlichen Typ hat wie die Ersetzte
Negativ wenn sie ein anderer Basentyp ist
Was ist die Empfehlung für das scoring in BLOSUM?
match 10
mismatch -3
gap opening -50
gap extension -5
Welches BLOSUM nutzt man generell?
Welches bei starken Unterschieden?
Welches bei kleinen Unterschieden?
BLOSUM 62
BLOSUM 30
BLOSUM 80
Was sind query, subject und hit in Bezug auf die Database search?
query= beobachtete Sequenz
subject= in Database gefundene ähnliche Sequenz
hit= Die Übereinstimmung der beiden Sequenzen
Was ist BLAST?
Wie funktioniert es?
Basic Local Alignment Search Tool
- Das query wird in überlappende Sequenzen aufgeteilt
- Die Database wird durchsucht nach Matches einer bestimmten Größe/Anzahl
- Die Matches in die größte Anreihung bringen (x dropoff value = Ende)
- Local dynamic programming alignment am maximum scoring pair (MSP)
Wofür braucht man die Karlin-Altschul Gleichung?
Um die Signifikanz von in BLAST auszurechnen
Wie nutzt man in der Bologie das HHM hidden Markov Model?
Zum Generieren von Sequenz Profilen, Analyse von Sequenz Kompositionen und um Proteinstrukturen vorherzusagen oder Gene zu lokalisieren
Was sind Markov-Chains?
Systeme die davon ausgehen, dass die Wahscheinlichkeit für einen Zustandswechsel immer gleich ist
Auch keine Veränderung ist dabei ein Zustandswechsel.
Wie errechne ich die Möglichkeiten in einem Markov-Modell? (FOrmel)
4hoch Anzahl der Ordnung +1
1 Ordnung zb. 4hoch2 = 16 Möglichkeiten
Was ist GLIMMER und welche Faktoren berücksichtigt es?
Gen-Findungs-Programm für Prokaryonten
Es nutzt: Start Stop Sequenz Zusammensetzung Markov Model
Was ist GENSCAN und was macht es?
Ein Gen Identifizierungs Programm
Sucht nach funktionellen Einheiten in eukaryotischen Zellen und nutzt dabei beide DNA Stränge
Warum ist Anylyse anhand von Promotoren so schwer?
Zu viel Varianz
Was ist CISTER?
Findet mit Hilfe des Markov Models cis-Element Cluster
