Transkription 2

Question 1

Wie sind prokaryontische Promotoren aufgebaut?

Answer 1

• Ein Holoenzym bindet an zwei Domänen (-10 und -35)
• • UP-Element (upstream): Starker Promoter
• mit erweitertem -10 Element aber ohne -35 Region: schwächerer Promotor
• mit diskriminator Bindung der Polymerase an diese Region beeinflusst die Stabilität der Promotorbindung negativ

Question 2

Während der Transkriptionsinitiation werden ca. 10
Nukleotide von der RNA-Polymerase synthetisiert und
dann abgespalten. Welche Modelle beschreiben die sog.
“abortive synthesis”?

Answer 2

3 Modelle:
1. “transient excursion”: Enzymkomplex löst sich und setzt vorne wieder an

2. “inchworming”: Wie ein Gummiband kann sich der Enzymkomplex ausdehnen und zusammenziehen
3. “scrunching”: Die DNA wird in den Enzymkomplex hineingezogen und bildet eine Schlaufe

Aufgrund von single molecule analysis ist Modell 3 favoritisiert

Question 3

Wodurch kann es zu einem Transkriptionsarrest

kommen und wie kann dieser Arrest gelöst werden?

Answer 3

RNA-Polymerase kann z.B. durch defekte DNA arretiert werden

• > keine RNA wird fertiggestellt und die weiteren RNA-Polymerasen laufen auf
• > Rekrutierung von TRCF upstream der Pol, bindet beide DNA-Stränge, benutzt seine ATPase Aktivität um über die Stränge zu fahren und der Aufprall auf die freisitzende DNA-Pol schubst diese herunter
• > TRCF rekrutiert dann DNA-Reparaturenzyme