1
Q
Waardoor wordt 95% van de chronische myeloïde leukemie (CML) veroorzaakt?
A
1 specifieke mutatie: translocatie in het chromosoom 9 en 22.
2
Q
Welke diagnose is belangrijk voor CML?
A
- Cytogenetisch onderzoek van de beenmergcellen.
- Moleculair onderzoek voor het BCR-ABL fusiegen.
3
Q
Wat is er te zien in het karyogram van een patiënt met CML?
A
Chromosoom 9 is langer en 22 korter.
4
Q
Wat is het Philadelphia chromosoom?
A
Chromosoom 22 waarvan een stukje naar chromosoom 9 verhuisde en een stukje van 9 naar 22= 9;22 translocatie.
5
Q
Wat ontstond er door de 9;22 translocatie?
A
Als gevolg van de breuk ontstond er een nieuw fusiegen: BCR-ABL.
Deze codeert voor een nieuw eiwit: p210(BCR-ABL)
6
Q
Hoe wordt het BCR-ABL eiwit geremd?
A
Door imatinib: een tyrosine kinase inhibitor.
Imatinib gaat op de de plek zitten waar normaaal gesproken ATP zit. Hierdoor kan ATP niet meer binden en wordt het eiwit inactief.
7
Q
Waardoor is er een imatinib resistentie?
A
Door mutaties in het Abl1 waardoor imatinib niet meer kan binden maar ATP nog wel.
8
Q
Welke mutaties treden op bij acute myeloïde leukemie (AML)?
A
Goede prognose:
- t(8;21)
- t(15;17)
- Inv16
Slechte prognose:
- chr. 7 afwijking
9
Q
Hoe verloopt de celcyclus?
A
- G1-fase: celgroei
- S-fase: verdubbeling van het DNA
- G2-fase: klaarmaken voor mitose
- M(itose)-fase: uitverdeling van de chromosomen over de dochtercellen
10
Q
Waaruit bestaat de M-fase?
A
- Profase: DNA wordt gecondenseerd.
- Prometafase: Losse chromosomen worden vastgemaakt aan tubuline draden.
- Metafase: Chromosomen liggen geordend en worden naar het midden getrokken.
- Anafase: Chromosomen worden naar 2 kanten getrokken.
- Telofase: Het DNA gaat zich concentreren.
- Cytokinese: Vorming van 2 cellen.
11
Q
In welke fase wordt het centrosoom verdubbeld?
A
S-fase
12
Q
Welke structurele chromosoom afwijkingen zijn er?
A
- Deleties
- Translocaties
- Dicentrische chromosomen
13
Q
Hoe ontstaan chromosomale afwijkingen?
A
Door dubbelstrengsbreuken in het DNA.
14
Q
Welke numerieke afwijkingen in het chromosoom hebben we?
A
- Chromosoom verlies
- Chromosoom duplicatie
15
Q
Wanneer en hoe ontstaan numerieke chromosomale afwijkingen?
A
- Tijdens de metafase
- Wanneer de nog niet alle chromosomen vastzitten voordat de deling begint, kan er een chromosoom te veel/te weinig in de dochtercel komen (non-disjunctie).
16
Q
Via welke 3 manieren breng je numerieke afwijkingen in kaart?
A
- Karyogram
- Analyse van (CA)n repeats
- Next Generation Sequencing (NGS)
17
Q
Hoe wordt een genamplificatie in beeld gebracht?
A
- In situ hybridisatie met c-myc probe
- R-rebandering
18
Q
Hoe kan genamplificatie bijdragen aan kanker?
A
Activering van oncogenen
- Translocatie
- Verdubbeling van chromosomen
- Genamplificatie
Inactivering van tumor suppressor genen
- Deletie
- Verlies van chromosoom
19
Q
Wat zijn de 2 functies van telomeren?
A
- Zorgen dat er geen genomische instabiliteit ontstaat.
- Beperken van de groei van cellen.
20
Q
Hoe wordt ervoor gezorgd dat er geen genomische instabiliteit ontstaat?
A
De uiteinden van een chromosoom (telomeer) worden opgerold in een T-loop zodat ze niet herkent worden als breuk en ook niet mbv. NHEJ worden gerepareerd.
21
Q
Hoe zorgen telomeren ervoor dat een cel niet oneidig blijft delen?
A
- Telomeren worden korter bij elke deling.
- Wanneer de telomeren zo kort zijn, geven ze een signaal af (M1 Hayflick Limit).
- Na dit punt kunnen ze nog een paar keer delen.
- Uiteindelijk zijn ze echt te kort (M2 crisis).
- Er ontstaat chromosomale instabiliteit met celdood als gevolg.
22
Q
Hoe zorgen stamcellen er voor dat de telomeren niet korter worden?
A
Telomerase: zorgt voor het instandhouden van de telomeren.
23
Q
Hoe kunnen tumorcellen oneindig delen?
A
- Telomerase
- ALT
24
Q
Wat zijn de 3 belangrijke klassen van genen van de celcyclus?
A
- Cyclines
- Cycline afhankelijke kinases (CDKs)
- Cycline afhankelijke kinases remmers (CDKIs)
25
Welke cyclines hebben we?
D: Actief in de G1-fase. Zorgt voor activatie van de celcyclus na het groeisignaal.
E: Actief op de overgang van G1 naar S.
A: Actief in de S-fase. Zorgt voor progressie van de S-fase.
B: Zorgt voor voortgang G2 naar mitose.
26
Wanneer zijn CDKs aanwezig en actief?
Continu aanwezig.
Zijn actief bij binding met een cycline.
- CDK4: bindt cycline D
- CDK2: bindt cycline E en A
27
Welke CDKIs hebben we en wat doen ze?
Ze remmen de kinase activiteit.
- CKI:p16ink4a, remt cycline D (CDK4)
- CKI:p21, remt cycline E en A (CDK2)
28
Welke checkpoints in de celcyclus zijn er en welk eiwit is daarbij betrokken?
- Restrictiepoint: (RB) besluitpunt voor de cel om wel/niet te delen/specialiseren.
- G1/S-checkpoint: (P53) kijken of DNA beschadigd is.
- Intra S-checkpoint: (ATM) kijken of DNA beschadigd is (bij replicatie).
- G2/M-checkpoint: (-) kijken of DNA beschadigd is en of replicatie is afgerond.
- Anafase-checkpoint: (BUB1) kijken of rangschikking van chromosomen juist is.
29
Wat is de signaaltransductie voor de celdeling?
1. Groeifactor
2. Groeifactor-receptor (celmembraan)
3. Doorgave signaal (cytoplasma→kern)
4. Activatie gene betrokken bij de celdeling
30
Hoe vindt de signaaltransductie bij het restrictiepunt plaats?
1. Groeifactor EGF geeft zijn signaal door aan RAS.
2. Door RAS gaat het level cycline D omhoog.
3. Cycline D bindt CDK4 en wordt actief.
4. CDK4 fosforyleerdt/activeert andere eiwitten.
5. CDK4 zorgt ervoor dat E2F actief word door RB dat gebonden is aan E2F te ontbinden.
6. E2F schakelt cycline E in→ overgang naar S-fase vindt nu plaats.
7. E2F activeert ook het p16-eiwit→ cycline D activiteit wordt geremd.
31
Hoe vindt de signaaltransductie bij het G1/S-checkpoint plaats?
1. Bij beschadiging in normale cel gaat het niveau aan p53 eiwit omhoog.
2. p53 zorgt ervoor dat CKI:p21 wordt afgeschreven.
3. Door CKI:p21 wordt het cycline E/CDK2-complex geremd.
4. Hierdoor vindt de overgang van G1 naar S-fase niet plaats= G1/S-fase arrest.
32
Wat gebeurd er in een mutant p53 cel?
Bij beschadiging aan het DNA gaat het niveau p53 niet omhoog.
→Replicatie van beschadigde DNA kan plaatsvinden= risico voor kanker.
33
Hoe vindt de signaaltransductie bij het intra S-checkpoint plaats?
1. Bij beschadiging in normale cel wordt het ATM gen geactiveerd.
2. ATM activeert CHK2, wat cyclineA/CKD2-complex inactiveert.
3. Hierdoor wordt de synthese van DNA in de S-fase geremd.
34
Wat is er aan de hand bij de ziekte Ataxia telangiectasia (AT)?
Er is een aangeboren ATM defect.
Patiënten zijn overgevoelig voor röntgenstraling en verliezen controle over hun spieren.
35
Hoe kan een intra S-checkpoint defect gemeten worden?
Via radio resistente DNA synthese (RDS).
Bij toevoeging van 3H-Thymidine, zou in een gezonde cel weinig inbouw van deze stof zichtbaar zijn.
36
Wat gebeurd er tijdens de anafase checkpoint?
De spanningsgevoelige eiwitten in het kinetochoor checken of de chromosomen zijn gebonden voordat ze uit elkaar worden getrokken.
Anafase checkpoint vindt dus plaats in de metafase!
37
Wat is aneuploïdie?
Een dochtercel die een extra chromosoom te veel/te weinig krijgt.
38
Wat is er an de hand bij het Nijmegen breuk syndroom (NBS)?
Dit is het gevolg van het niet goed werken van de anafase-checkpoint.
Er is een mutatie in het Nbs1 en RAD50 gen.
De ziekte erft autosomaal recessief over.
39
Wat is het gevolg van een mutatie in het Nbs1 en RAD50 gen?
Nbs1 en RAD50 binden aan dubbelstrengs DNA-breuken. Deze breuken worden herkend door ATM-kinase.
Door de afwezigheid van Nbs1-RAD50, wordt de DNA-synthese niet geremd en ontstaat er een RDS fenotype.
40
Welke methodes hebben we om chromosomale afwijkingen te detecteren en identificeren?
- Klassieke cytogenetica
- Moleculaire cytogenetica
- Moleculaire diagnostiek
41
Welke soort banderingen hebben we?
R-, G- en Q-bandering
42
Wat is de P- en wat is de Q-arm?
P= korte arm van de chromosoom
Q= lange arm van de chromosoom
43
Welke chromosomale afwijkingen hebben we?
Numerieke
- Winst
- Verlies
Structurele
- Gebalanceerd
- Niet-gebalanceerd
44
Wat is FISH?
Een methode om mutaties zichtbaar te maken.
45
Welke 2 methoden van FISH zijn er?
1. Metafase FISH: bij gekweekte, delende cellen.
2. Interfase FISH: bij niet/slecht delende cellen.
45
Wat zijn de voordelen van FISH?
- Detectie van microdeleties
- Breukpunt detectie en verbetering
- Detectie van cryptische translocaties en complexe genoom veranderingen
- Snelle diagnostische detectie op kernen in de interfase
- Demonstratie van een kleine hoeveelheid van afwijkende cellen
46
Wat zijn de nadelen van FISH?
- Gelimiteerde sensitiviteit
- Geeft alleen antwoorden op de gestelde vragen
- Beperkte target locaties om te onderzoeken
47
Wat zijn fusie-probes?
Specifieke probes om translocaties aan te tonen.
Nadeel: hoge vals positiviteit (co-lokalisatie)
48
Mbv. wat worden de plasmacellen van Multiple myeloom gezuiverd
CD-138
49
Wat is de circadiane klok?
De interne "klok" in ons lichaam.
In de mens ongeveer een omlooptijd van 25 uur.
50
Welke genen zijn betrokken bij de circadiane klok?
Cryptochroom 1 en 2
1. Bij uitschakeling van deze→ interne klok tikt sneller.
2. Bij uitschakeling van deze→ interne klok tikt trager.
51
Hoe werkt het moleculair mechanisme van de circadiane klok?
Cry1 en -2 worden afgeschreven vanaf een E-box.
Negatieve loop (core loop)
- Cry eiwitten gaan terug naar de kern en zorgen daar voor cyclische remming door het remmen van transcriptiefactoren Clock en Bmal 1 via vorming van CRY/PER complex.
Positieve loop (stabiliserende loop)
- Rev-Erba activeert Bmal1
52
Wat is chronotoxiciteit?
Het principe waarbij het toxisch effect afhankelijk is van het tijdstip van blootstelling (van bv. medicijnen).
53
Uit welke 2 typen DNA bestaat het humane genoom?
- Mitochondriaal DNA
- Kern DNA
54
Wat zijn de stappen voor het bepalen van de sequentie van het menselijk genoom?
1. Isoleren van het DNA
2. Kloneren van het DNA (mbv. bacteriën)
3. Delen van het DNA en ordenen op de plek van het chromosoom
4. Specifiek deel van het DNA in stukjes knippen
5. Sequencen van de kleine stukjes DNA en in goede volgorde zetten
55
Waarvoor kunnen we de humane genoom sequentie gebruiken?
- Identificeren en kloneren van ziektegenen.
- Ontwikkelen van nieuwe/betere farmacologische stoffen.
- Vinden van mutaties die overgevoeligheid voor medicijnen veroorzaken.
56
Wat betekenen de 3 uitslagen bij microarray analyse?
- Geen oplichting= geen expressie
- Gele uitslag= beide genen (gezond- en kankerweefsel) komen even hard tot expressie
- Rode/groene uitslag= genen komen in het ene weefsel meer tot expressie
57
Voor welke zaken kan massaspectrometrie gebruikt worden?
1. Eiwitten identificeren en kwantificeren.
2. Bindende eiwitten identificeren.
3. Eiwitmodificaties identificeren.
58
Hoe werkt de massaspectrometer?
1. Het is een lange buis met een plaat waarop een eiwitmengsel wordt aangebracht.
2. Met een laser worden de eiwitten op de plaat positief geladen.
3. De positieve eiwitten bewegen naar de negatieve pool.
4. Hoe kleiner de peptide, hoe sneller het beweegt.
59
Hoe werkt het identificeren en kwantificeren van eiwitten mbv. massaspectrometrie?
1. De eiwitten in het mengsel worden in kleine stukjes geknipt mbv. trypsine.
2. Trypsine knipt op de plek van arginine (R) of lysine (K).
3. De kleine stukjes eiwitten worden geanalyseerd op massa.
4. Dit wordt vergeleken met wat men zou verwachten aan de hand van het genoom.
60
Hoe werkt het identificeren van bindende eiwitten mbv. massaspectrometrie?
1. Aan het eiwit mengsel worden antilichamen toegevoegd waaraan het eiwit van interesse bindt.
2. De niet gebonden eiwitten worden weggewassen.
3. Mbv. massaspectrometrie worden de eiwitten in kaart gebracht.
4. Zo kunnen we analyseren met welke andere eiwitten het eiwit van interesse bindt.
61
Hoe werkt het identificeren van eiwitmodificaties mbv. massaspectrometrie?
1. Aan het eiwitmengsel wordt trypsine toegevoegd.
2. Tussendoor wordt een stap uitgevoerd waardoor de peptiden een fosfaatgroep krijgen.
3. Door te kijken naar de moleculaire massa van de peptiden, kan gekeken worden welke peptiden gefosforyleerd zijn.
62
Wat doen metabolomics?
Analyseren welke metobolieten voorkomen, bv. in het bloed.
Zo kan worden onderzocht wat er allemaal gemaakt wordt door een cel.
63
Wat zijn de stappen voor het in kaart brengen van een metaboloom?
1. Sample preparation: eventueel zuiveringsstap
2. Massaspectrometrie
3. Identificatie mbv. een computer
4. Herkennen van een patroon
5. Wat is de biomarker?
64
Waarvoor zorgt mRNA naast eiwitactiviteit?
- Regulatie van eiwitmodificaties
- Regulatie van eiwit stabiliteit
- Regulatie van translatie
65
Wat is de functie van microRNA?
Ze hebben een regulerende functie voor het transleren van mRNA.
De miRNA zorgt voor specifiteit: repressie (vermindering) van translatie of meer afbraak van mRNA.
66
Hoe vindt de transcriptie van miRNA plaats?
1. Van het DNA wordt een stuk RNA afgeschreven: pre-miRNA.
2. Dorsha knipt het tot pre-miRNA.
3. Transport vaan cytoplasma.
4. Dicer knipt het tot miRNA (dubbelstrengs RNA).
5. 1 streng wordt ingeboud in het RISC-complex.
6. Dit complex kan binden aan een complementair stukje van het mRNA.
67
Waarvoor zorgt een verlaagde miR-16?
1. Verhoogde BCL2: apoptose remming.
2. Verhoogde CDC25A: celcyclus progressie.
68
Wat is de functie van siRNA?
Afbreken van mRNA (=RNAi interferentie (RNAi).
siRNA kan ingebouwd worden in het RISC-complex.
69
Wat zijn de voordelen voor het gebruik van RNAi?
- Eenvoudig toepassen op elk willekeurig gen.
- Zeer specifiek
- Resistentie ontstaat amper
- Techniek is geschikt voor hoge doorvoer analyses.
70
Wat zijn de nadelen voor het gebruik van RNAi?
- Alleen gebruiken voor remming van expressie.
- Nog niet weten hoe siRNA kan worden ingebracht in de gewenste cellen.
71
Voor welke tumorcellen is MALT1-remmer een remmer?
ABC DLBCL
Door het remmen van MALT1, wordt CARD11 ook geremd.
CARD11 is nodig bij ABC DLBCL (ernstige vorm van leukemie).
