Le microbiote

Question 1

Quelles sont les deux grands projets génétiques historiques

Answer 1

Human Genome Project
- sur 13ans
- séquençage du génome humain (3 millards pb)

Human Microbiome Project
- analyser la composition génétique de la population microbienne qui vit sur et dans un adulte en santé (microbiome)
- ration bactéries:cellules = 10:1

Question 2

Comment évolue le microbiome des êtres humains

Answer 2

1. foetus: vit dans un milieu stérile
2. naissance: premier contact avec la flore normale de sa mère (vaginale ou peau) = début de la colonisation de la peau et du tube digestif du bébé par une flore normale
3. enfant entre en contact avec d’autres personnes, animaux et bactéries de l’environnement ce qui développement son microbiome

Question 3

Quelle est la différence entre microbiote et microbiome

Answer 3

microbiote: ensemble des micro-organismes qui vivent sur un site donné (peau, narines, tractus génito-urianaire, tractus gastro-intestinal, etc.)

microbiome: ensemble des micro-organismes et de leur gènes qui vivent sur un site donné

Question 4

Quelle est la différence entre un microbiome central et secondaire

Answer 4

microbiome central
- espèces bactériennes qui se retrouvent chez plus de 95% des individus humains à un site donné
- majorité des bactéries présentes à un site donné
- moins grandes variété que microbiome secondaire

microbiome secondaire
- espèces bactériennes qui varient d’une personne à l’autre
- très grandes variétés d’espèces
- chaque espèce se retrouve en plus petite qté à un site donné comparé au microbiome central

Question 5

Quelles sont les bactéries qui font partie de la flore normale du microbiome central pour la peau, la bouche, le colon et le vagin

Answer 5

Peau
- staphylococcus epidermis
- corynebacterium
- propionibacterium

Bouche
- streptococcus viridian
- corynebacterium
- neisseria

Colon
- escherichia coli
- klebsiella
- proteus
- enterococcus
- bacteroides

Vagin
- lactobacillus

Question 6

Quels sont les 3 facteurs qui font varier le microbiote cutané (de la peau)

Answer 6

1. varie selon le site de la peau
2. influencé par la présence ou non de glande sébacée et d’humidité
3. varie selon le sexe

Question 7

Quelles sont les différentes qté de bactéries selon les sites suivants: bouches, estomac, intestin grêle, colon, vagin

Answer 7

bouche: 10^9 organismes/ml
estomac: 10^3 organismes/ml (à cause acidité)
intestin: 10^4 organismes/g
colon: 10^11organismes/g
vagin: 10^9 organismes/ml

Question 8

Comment varie le microbiote du tractus digestif, combien de bactéries dans le colon, quelles bactéries dominent dans le colon, combien d’espèces dans le colon et comment fait on pour les identifier

Answer 8

varie en diversité et qté selon le segment du tube

10^11 bactéries/g

bactéries anaérobie stricte (odeur qui pue) plus nombreuses que aérobie

plus de 200 espèces
- non cultivables
- identifier par séquençage moléculaire

Question 9

Pourquoi la technique par coloration de gram ne permet pas d’identifier les bactéries dans le colon

Answer 9

parce qu’il y en a trop

Question 10

Comment varie le microbiote humain sain et qu’est-ce qui peut contribuer à le diversifier

Answer 10

Varie grandement
- dune personne à l’autre
- d’une région géographique à l’autre
- en fonction de l’âge

alimentation variée = microbiote diversifié = bon pour la santé

Question 11

est-ce que l’analyse du microbiote permet de prédire le développement éventuel de maladies

Answer 11

Non

Question 12

Comment évolue le microbiote avec l’âge

Answer 12

Naissance
- qualité du microbiote dépend du type de naissance
- par voies vaginales: microbiote formé à partir des bactéries du vagin de la mère (lactobacillus)
- par césarienne: microbiote formé à partir des bactéries de la peau (staphylococcus épidermis, corynebacterium, propionibacterium)
- césarienne: plus susceptible aux pathogènes et aux maladies d’hypersensibilité (eczéma)

enfance
- développement microbiote et diversité
- varie selon alimentation, maladies, prises antibio

adulte
- modification du microbiote selon alimentation
- changement plus lent qu’en enfance

vieux
- modification du microbiote: très différent qu’à l’âge de jeune adulte

Question 13

Quels sont les rôles du microbiotes intestinal

Answer 13

1. fonction métabolique
   - métaboliser les nutriments pour faciliter l’absorption par les cellules de l’hôtes
   - transformer les grosses molécules d’hydrates de carbone (cellulose) en petites molécules pour favoriser absorption par enterocytes
   - acide (acétate, propionate, butyrate) empêche croissance de bactérie indésirables
2. fonction immunitaire innée
3. prévient colonisation de bactéries pathogènes
   - protège contre infections entériques

Question 14

De quelles façons le microbiote intestinal protège contre les infections entériques

Answer 14

1. tapisse la muqueuse (sert de rempart/obstacle mécanique) et consomment les nutriments (affament les pathogènes)
2. stimule production de mucines, immunoglobuline IgA, peptides antimicrobiens –> fonction de protection
3. stimule la production des cytokines IL-22 (augmente résistance cell épithéliales) et IL-Ibeta (augmente recrutement cell inflammatoire)

Question 15

Quels sont les facteurs externes qui influencent le microbiotes

Answer 15

• hygiène personnel: savon, déodorant, rince-bouche, douche vaginale
• diète (riche en fibres, sucres, lipides) + diversifiée ou non
• eau (chlore vs puit)
• prise antibio

Question 16

Définis la dysbiose

Answer 16

Altération de la flore normale

Question 17

Donne 5 exemples de dysbiose et ce qui les cause

Answer 17

1. diarrhée à clostridioides difficile
   - prise antibio altère la flore normale du colon
   - favorise prolifération de c. difficile (absence de compétition alimentaire)
   - c. difficile produit toxines qui causent diarrhée
2. colite ulcéreuse
   - augmentation de la bactérie Akkermansia munciniphila qui produit sulfatase (Enzyme) qui dégrade la couche de mucine
   - prolifération de la bactérie Prévotellaceae qui produit chemokine qui induit inflammation
   (maux ventre et diarrhée)
3. maladie céliaque : entéropathie au glutent
4. vagininte à candida
5. obésité: homme/femme ont des bactéries qui dégradent plus facilement et rapidement les grosses molécules d’hydrate de carbone en petites molécules faciles à absorber

Question 18

Quel genre de manipulation peut on faire avec le microbiome humain à des fins thérapeutiques

Answer 18

transplantation du microbiome dans des cas de c. difficile où les gens sont réfractaires au traitement standant
- transplantation efficace à 40-96%
- nécessite un donneur

Question 19

1. Qu’est-ce qu’un probiotique,
2. quelles sont les microorganismes qui s’y trouvent généralement
3. de quoi dépend l’efficacité des probiotiques
4. quel est le problème majeur des probiotiques par rapport aux médicaments

Answer 19

1. mélange de bactéries et/ou de levures dans le but de coloniser (même temporairement) l’intestin
2. majoritairement des bactéries gram + comme lactobacillus et bifidobacterium et levures comme les saccharomyces
3. efficacité dépend du types de microorganismes, de la dose et de al capacité de survie des microorganismes à acidité de l’estomac
4. contrairement au médicament, moins bon controle de la composition exacte et de la concentration résiduelle des microorganismes après passage dans estomac

Question 20

Qu’est-ce qu’un pouchite et quel est le lien avec les probiotiques

Answer 20

pouchite = inflammation du réservoir iléale suite à une colectomie totale avec anastomose iléorectale
- probiotiques permettent de protéger contre inflammation

Question 21

Qu’est-ce que l’entérocolite nécrosante du nouveau né (symptome, causes, mortalité) et quel est le lien avec les probiotiques

Answer 21

• maladie qui touche intestin chez enfant né prématurément (< 37sem)
• symptomes: gonflement abdomen, sang dans les selles, air dans la paroi intestin
• causes: prédisposition génétique + intestin immunoréactif + réponse inflammatoire immature
• dysbiose tube digestif
• moralité 20-30%
• probiotiques pour prévenir cette maladie

Question 22

Quelles sont les conseils de l’INESS sur les probiotiques

Answer 22

• recommande pas administration dans prévention et traitement de c. difficile
• contre-indiqué chez les immunosupprimés car si lésion intestin –> entre dans le sang –> conséquence graves
• peu d’études scientifique qui démontrent efficacité de probiotiques spécifique

on recommande plutot d’avoir une alimentation riches et diversifiées et manger du yogourt

Question 23

Qu’est-ce qu’un prébiotique

Answer 23

produits alimentaires administrés qui favorisent la croissance de microorganismes endogènes désirables