Metoder fra Tobi

Question 1

PCR

Answer 1

Bruges til:

• Lave meget DNA hurtigt
• Forstadie til andre metoder

Fordele:

• Lille mængde DNA er nok
• Hurtigt store mængder
• Vælge specifikt hvilken del af DNA du gerne vil have

Question 2

qPCR

Answer 2

Bruges til:
- Finde genekspression

Fordele:
- Kan regne tilbage til genekspression

Ulemper:
- Være opmærksom på kvalitetskontrol

Question 3

Sekventering

Answer 3

Bruges til:

• Kan bruges til alt
• Man bruger den efter at have specificeret problemet ved en anden metode

Fordele:

• Kan bruges på næsten alt
• Kan se helt ned på baseniveau

Ulemper:

• ‘Nål i en høstak’
• Stort set umulig at bruge hvis man ikke ved hvad man skal lede efter

Question 4

cDNA

Answer 4

Bruges til:
- I forhold til PCR og qPCR

Fordele:
- Så vi kan kan tage udgangspunkt i mRNA - En nødvendighed i qPCR

Question 5

CGH array

Answer 5

Bruges til:
- Skabelon der bruges til at standardisere ting, fx associationsstudier

Fordele:

• Højere opløsning end CGH alene
• Kan gå ned i 2-10Kbp

Question 6

FISH

Answer 6

Bruges til:

• Identifikations af: ADDKT
• ->Aneuploidiundersøgelse
• ->Deletioner
• ->Duplikationer
• ->Kønsbestemmelse
• ->Translokationer

Fordele:
- Kan se efter mange ting ud fra en probe

Ulemper:

• Du skal vide hvad du leder efter
• Viser ikke hvilke 2 kromosomer der har rykket sig

Question 7

SKY

Answer 7

24 farvede karyotyperinger

Bruges til:

• Recibrok translokation
• Kønsbestemmelse
• Aneuploidi

Fordele:

• Hurtigt overblik
• Viser hvilke 2 kromosomer der har byttet
• Man behøver ikke at vide specifikt hvad man leder efter

Ulemper:

• Dårlig opløsning (over 1 mio. bp)
• Fortæller ikke noget om hvad på kromosomet der har rykket sig

Question 8

CGH

Answer 8

Bruges til:
- Deletion
- Addition
- Duplikation
(CGH array bruges til mindre ting)

Fordele:

• Sammenligning af DNA
• Ikke behov for replikation
• Man behøver ikke at vide hvad man leder efter

Ulemper:

• Viser alt over 5-10Mbp
• Dårlig opløsning (over 5 mio. bp)
• Viser ikke balancerede afvigelser på kromosom niveau

Question 9

Southern blot

Answer 9

Bruges til:
- Sammenligning af syg med rask ifht. længde

Fordele:

• Ikke vævsspecifik
• Ingen PCR

Ulemper:

• Man skal vide hvad man leder efter
• Viser forskel fra kontrolperson

Question 10

GWAS

Answer 10

Bruges til:

• I forhold til associations, hvor specielle SNP har sammenhæng med noget
• Finde kendte mutationer
• Sammenhæng mellem SNP syg gruppe og normal gruppe

Fordele:

• Til hele genomet
• Man behøver ikke beslægtede til genom

Ulemper:
- Finder ikke sjældne mutationer (SNP kan dog bruges)