Concernant l’assignation populationnelle
Quelle est la méthode
méthodes statistiques qui utilisent de l’information
génétique afin d’établir l’appartenance d’un individu (ou d’un groupe d’individus) à
une population
Info génétique
• Information génétique:
– Marqueurs polymorphes (microsatellites, SNP, AFLP)
– Génotype multilocus de l’individu inconnu
– Fréquences alléliques des populations candidates
Quelle est l’utilité du logiciel structure
- Définir des groupes génétiques homogènes (cluster)
- Assignations individuelles
- Vérifie la présence ou l’absence de migrants entre ces groupes et d’hybrides
Quelle st la méthode globale de l’assignation populationelle
Échantillonage global
Génotypage
faire un tableau des génotypes : identifer des allèles de dif locus pour les individus échantillonés ( microsat)
Quelle info génétique ont a besoin pour l’assignation parentale
• Information génétique:
– Marqueurs très polymorphes (microsatellites)
– Génotype multilocus du rejeton inconnu
– Génotypes multilocus des parents candidats
Que sont les méthodes possibles en assignation parentale
1- méthode exclusion
- Méthode d’allocation
a) Catégorique
b) Fractionnelle
A quoi consiste la méthode d’exclusion ?
On l’utilise quand %
- À utiliser lorsque : on connait un des 2 parents
- Principe : Un parent et son jeune partagent au moins un allèle par locus. Un parent
candidat qui ne partage pas au moins un allèle à chaque locus avec le rejeton est
éliminé.
Que sont les avantages et les inconvénients de la méthode d’exclusion
- Avantages:
o Simple d’utilisation - Inconvénients :
o L’exclusion complète peut être difficile dans de grosses populations (beaucoup
de parents potentiels et de progénitures)
o Si mutation germinale chez le parent, fausse exclusion
Que sont les avantages et les inconvénients de la méthode d’allocation catégorique
- Avantages :
o Erreurs de génotypage et mutations prises en compte dans l’assignation - Inconvénients :
o Puissance de calculs supérieure (ordinateurs)
o Moins intuitif
Quel est le principe de la mtéhode d’allocation fractionnelle ?
Les avantages ?
Les inconvénients
- Principe : Assigner la probabilité de parenté de chaque parent d’un groupe de
parents potentiels, en considérant que les différents génotypes des parents
potentiels peuvent avoir une probabilité différente d’avoir engendré le génotype du
rejeton - Avantages :
o Erreurs de génotypage et mutations prises en compte dans l’assignation
o Nécessite moins d’informations au préalable - Inconvénients :
o Pas d’assignation définitive à un seul couple de parents
Que sont les les erreurs à considérer pour les analyses (EXAMEN )
- Erreurs de génotypage
- Présence d’allèles nuls
- Occurrence de mutations
A quoi faut il faire attention lors de l’assignation parentale
– Loci polymorphiques en nombre suffisant
(sinon, manque de résolution)
– Bonne couverture d’échantillonnage des parents candidats (si possible…)
(sinon, assignation par défaut
– Erreurs à considérer dans l’analyse :
– Génotypage d’un nombre élevé de rejetons pour analyses de succès
reproducteur
(sinon, mauvaise représentativité)
