Séquençage

Question 1

Quel est le pourcentage d’exon codant (exome) dans le corps humain ?

Answer 1

1,5%, ce qui équivaut à 20 000 gène ou environ 180 000 exons

Question 2

Nommer les étapes d’un réaction de séquençage sur support solide

Answer 2

1. Fragmentation de l’ADN par ultrason ou enzyme
2. Hybridation des fragments avec une sonde
3. Lavage pour retiré les séquences répétés et les introns
4. Capture des exons d’intérêt et séquençage de ses fragments (utilisation de la bio-informatique pour récupérer les fragments perdu dans les lavages)

Question 3

Quel est la différence entre un séquençage sur support solide et un séquençage par synthèse

Answer 3

La molécule fluorescente n’est pas clivable

Question 4

Nommer les étapes d’analyse bio-informatique d’un séquençage par synthèse

Answer 4

1. Alignement des séquences sur le génome de référence.
2. Détection des variations (délétion SNV / indel).
3. Annotation des variations (gène, impact : faux sens, non-sens, synonyme, etc…)
4. Filtrer les variations (fréquence > 1%, artefacts de séquences, synonyme/intron)

Question 5

Nommer des modifications à l’ADN non identifiables au séquençage

Answer 5

• Anomalie de méthylation (Angelman, Prader-Willi)
• Répétitions de trinucléotides (X-Fragile, dystrophie myotonique)
• Gènes avec forte homologie (Amyotrophie spinale)

Question 6

Qu’est-ce qu’une mutation de novo

Answer 6

mutation non présente chez les parents de l’individu atteint.

Question 7

Nommer les principales variations causant les maladies génétiques

Answer 7

• SNV
   Faux sens : altération de la protéine
   Non-sens : altération de la protéine (d’un nucléotide) qui résulte en un codon stop
   Intronique : création d’un exon dans un intron par changement d’un nucléotide. Crée un codon stop prématuré et un site donner d’épissage.
   Site consensus d’épissage
• Indels : délétion ou insertion d’un/plusieurs nucléotides
• CNV :délétion ou duplication d’exons

Question 8

Nommer les principaux mécanismes pathologiques

Answer 8

-Mécanisme de maladies récessives
 Perte de fonction : perte de toute l’expression du gène.

• Mécanisme de maladies dominantes
   Haploinsuffisance : perte de 50% de l’expression du gène n’est pas tolérée.
   Gain de fonction : récepteur devient actif constitutivement et active une voie de signalisation.
   Dominant négatif : perte de fonction dans les gènes encodant des protéines qui forme des structures multimériques. La protéine anormale interfère avec la protéine normale ou une protéine différente mais du même complexe