Vecka 5 - transkriptionell genreglering - EJ flaschcards om Fos/jun, globingenen, steroidreceptor (Welsh)

Question 1

Beskriv hur en kärnpor är uppbyggd.

Answer 1

• kärnmembranet svänger in från yttre till inre kärnmembranet.
• Scaffhold proteines stabiliserar den runda invikningen som blir av kärnmembranet, lägger sig runt membranet.
• på utsidan finns fibriller som sticker upp från kärnporen.
• på insidan av kärnporten, innanför scaffhold proteins finns channel nuclear porins med FG-nucleoporiner’
• dessa nucleoporiner bygger upp en kärnkorg på insdian.

Question 2

Beskriv hur Ran-GTP importerar ett protein via kärnporen.

Nyckelord Ran

Answer 2

1. protein har en NLS. Till denna binder Importin.
2. Importin tar med sig prtoteinet. Proteinet hakar fast vid FG-nucleoporinerna innanför Scaffhold proteinerna i kärnporen.
3. I cellkärnan finns Ran-GTP. Denna binder till Importin –> komplexet dissocierar
4. Importin och Ran-GTP går ut ur kärnan. I cytoplasman hydrolyserar GTP till GDP pga GAP. Hoppar då tillbaka in i cellkärnan och stöter där på ett Ran-GEF. –> GTP
5. Kan då binda en till Importin om den vill och föra ut den.

Question 3

Hur sker translokation av mRNA till cytoplasma från cellkärnan?

Nyckelord exportprotein 2 st.

Answer 3

I cellkärnan finns ett mRNA export-protein. Detta proten fäster vid mRNA, och också till FG-nucleoporiner i kärnporen.

När proteinet kommer ut på den cytoplasmatiska sidan finns där ett ATP-beroende helikas som gör att exportproteinet lossnar i cytoplasman.

Samtidigt finns ett cytoplasmatiskt exportprotein som tar vid på mRNA.

Detta protein i cytoplasman kan inte ta sig in i cellkärnan!!!

Question 4

Hitsonoktamerer är…
DNA är…

Därför gillar dem varann

Answer 4

Histoner är basiska proteiner som attraherar dem sura DNAmolekylerna.

Question 5

Vad är epigenetik?

Vilken modifiering är viktig?

Answer 5

Modifieringar på DNA som styr packningsgraden i en cell. Kommer styra vilket DNA som är tillgängligt för transkription.

Metylering leder till att DNA blir otillgängligt.

Question 6

Vilka modifieringar gör att kromatin blir öppet och stängt? Vad kommer denna påverkan leda till för effekt?

Answer 6

1. På histonsvans H4 - acetylering och deacetylering

Acetyliering - eukromatin

2. Metylering kan leda till både öppet och stängt kromatin, på histonsvansar. Öppenheten beror på vilka histoner som metyleras
3. Fosforylering på H3 leder till eukromatin

Question 7

Vad är reader writer komplexet?

Answer 7

Reader och writer är två proteiner som samverkar för att modifiera kromatinets öppenhet, genom att modifiera histoner.

1. Writer attraheras till en aktivator som bundit till en enhancer på heterokromatiner
2. Writer kommer att göra en markering på histonsvansen
3. Reader kommer sedan att sätta sig där på denna markering.

Denna process sker på heterkromatin, och genom att reader stabiliserar eukromatiner fås en mer permanent struktur.

Question 8

På vilket sätt kan Repressorer och Aktivatorer verka på DNA tillsammans?

Hur kan repressorer verka själva genom att förändra kromatinets packning?

Answer 8

1. Neutralisering - Kompetetivt. De kan binda ungefär samma sekvens, där en av A eller R binder starkare.
2. Neutralisering - En aktivator och repressors sekvens kan vara närliggande. Genom att båda binder DNA samtidigt, kan repressorn binda till aktivatorn och förhindra att den interagerar med andra proteiner.
3. Dominant - En repressor som är närvarande kan binda och blockera dem generella transkriptionsfaktorerna från att påbörja transkription. Trots om vi har aktivatorer som binder dem generella faktorerna.

Packning
1. Repressor rekryterar kromatin remodelling komplex. Förändrade nukleasomer hur tight dem snurrar DNA

2. Repressorer kan rekrytera deacetylaser som tar bort acetylering.
3. DE kan också rekrytera histon metyl transferaser. Metylgrupperna binder proteiner och förhindrar interaktioner med DNA från andra proteiner.

Question 9

Hur kan repressorer och aktivatorer verka på en mediator?

Answer 9

Deras balans av inbindning påverkar hur mediatorn kan stabilisera preinitieringskomplexet vid promotorn.

T.ex. bara repressorer som binder mediator = mediatorn kommer för långt bort från DNA och preinitieringskomplexet.

Question 10

Beskriv hur NF-kB aktiveras, vad aktiverar denna, vad är NF-kB och vilka faktorer behövs för aktivering och för att den ska verka?

Answer 10

Nf-KB är en transkriptionsfaktor som kommer att inducera gener som behövs vid inflammation.

1. Nf-kB finns i cytosolen. Den har ett inhibitorprotein bundet som täcker för dess NLS.
2. Vid inflammatorisk signal kommer I kappa B att fosforyleras. Detta är en signal för ubuquitinylering av inhibitorn.
3. Denna går då till proteasomen
4. NLS är exponerad –> heterodimer av P65 och P50 går in tillsammans i kärnan.

Vi har alltså

• Fosforylering
• Proteolys i proteasom
• kärntransport