wat zijn de regulatiemogelijkheden van genexpressie?
- controle van transcriptie
- controle van RNA-processing
- controle van RNA-transport en localisatie
- controle van translatie
- controle van mRNA afbraak
- controle van activiteit van eiwit
- controle van eiwitafbraak
welke soorten RNA-polymerases zijn er?
I: rRNA
II: mRNA
III: tRNA
hoe wordt de transcriptie gereguleerd?
- promotor bepaalt welke kant het DNA op moet gaan
- Enhancer bepaalt de frequentie van de transcriptie
- aan promotors en enhancers binden transcriptiefactoren
welke soorten transcriptiefactoren zijn er?
- algemene transcriptiefactoren: TF II A t/m F –> zorgt voor promotor herkenning, recrutering van RNA-polymerase II en zijn betrokken bij transcriptie van alle eiwitcoderende genen
- specifieke transcriptiefactoren: genregulator eiwitten –> herkennen enhancer sequenties, activeren RNA-polymerase II en zijn alleen betrokken bij genen met specifieke enhancers.
wat is sonic hedgehog (SHH)?
het is een gen dat codeert voor de ontwikkeling van de hand, specifiek de vingers. Als SHH op de verkeerde plek op expressie komt zullen er afwijkingen ontstaan aan de hand en vingers (PPD, duim als vinger).
ZPA is de regulerende sequentie van SHH, waarbij het posterior de activator is en anterior de repressor.
hoe zijn genregulator eiwitten opgebouwd?
- DNA-bindingsdomein (zinkvinger motief, helix-turn-helix motief, basisch domein)
- RNA-polymerase II activeringsdomein (‘acidic blob’, glutamine-rijk gebied, cofactoren)
- Dimerisatie domein (leucine zipper motief, helix-loop-helix motief)
- Ligand bindingsdomein (bij kernreceptoren)
ze gaan liggen in de grote groef van het DNA
hoe werken steroïdhormonen?
- cortisol gaat door celmembraan
- binding cortisol aan GR
- transport GR van cytosol naar kern
- binding GR aan specifieke enhancers
- activatie RNA-polymerase II
- start transcriptie en RNA-processing
- transport mRNA van kern naar cytosol
- translatie mRNA
hoe ziet de ATP-turnover eruit?
energieverbruik bij:
- biosynthese van macromoleculen
- spiercontractie
- actief ionentransport
energieproductie door:
- aerobe glycolyse
- vetzuuroxidatie
- creatine fosfaat
- anaerobe glycolyse
wat zijn de eigenschappen van mitochondriën?
het zijn endosymbionten:
1. dubbele membraan met groot oppervlak van binnenmembraan door ciliae
2. eigen DNA: codeert voor 22 tRNA’s 2 rRNA’s, 13 eiwitten
3. eigen eiwitsynthese, maar zeer beperkt aantal eiwitten
4. aërobe ATP-productie, maar ook andere functies
wordt overgeërfd van de moeder.
hoe werkt de aërobe glycolyse?
productie van ATP door NADH en FADH2 oxidatie, waarbij O2 gereduceerd wordt naar H2O. hierbij worden elektronen afgegeven, maar dit kan alleen als er tegelijkertijd protonen worden gepompt. dit gebeurt in verschillende complexen. de hoeveelheid ADP is de snelheidsbepalende stap.
hoe worden elektronen over de binnenmembraan begeleid?
via de malaat-aspartaat shuttle of met de glycerol-3-fosfaat shuttle
wanneer is er sprake van de anaërobe glycolyse?
- bij O2 gebrek
- als NADH-productie in cytosol sneller is dan de reoxidatie via mitochondriën
bij de anaërobe glycolyse ontstaat er lactaat als afvalproduct, dit zorgt voor spierverzuring.
wat is de volgorde waarin energieopwekkende processen plaatsvinden?
- ATP-opslag verbruik
- CrP systeem
- anaërobe systeem
- aërobe systeem
wat is de adenylaat kinase-reactie?
ADP + ADP <–> ATP + AMP.
de vorming van AMP betekent het ontstaan van een energiecrisis. Het stimuleert de fosfofructokinase, een allosterisch enzym waarbij AMP de allosterische activator is.
welke 3 vormen van eiwit transport onderscheiden we?
- selectief transport
- porie-eiwitten
- transport vesicles
hoe gaan eiwitten van het cytosol naar de kern?
ze bevatten een nuclear location signal. factoren in het cytosol binden aan NLS en vormen samen een complex wat wordt herkend door de porie.
transport is gereguleerd door exportins of importins. Ran-GTP zorgt voor binding en loskoming van het molecuul wat is getransporteerd.
hoe worden eiwitten naar de mitochondriën getransporteerd?
het eiwit ontvouwt zich, gaat op die manier door een porie heen en als het in het zich in het mitochondrium bevindt vouwt het zich weer terug in originele vorm.
een inner membrane proteïn kan door het buitenmembraan, maar niet door het binnenmembraan.
hoe kunnen eiwitten getransporteerd worden het ruw endoplasmatisch reticulum in?
tijdens eiwitsynthese wordt er een stukje eiwit herkend waardoor het ribosoom tijdelijk stopt met eiwit maken. een SRP bindt dan aan het eiwit en daarna gaat de synthese verder. het eiwit wordt dan gelijk het ER in gepompt, waarna het SRP zich weer losmaakt. er kan ook midden in het eiwit een sequentie zitten die inhoudt dat het eiwit in het membraan moet blijven steken, waardoor er een transmembraan eiwit ontstaat.
wat is de werking van het golgi-systeem?
heeft 2 kanten: cis-face bij de kern, trans-face aan andere kant. zorgt voor aanmaak van vesicles die gevuld en afgesnoerd worden. verschillende soorten vesicles: clathrine, COP1 en COP2.
hoe binden vesicles zich op het target membraan?
via de V-snare. deze bindt zich bij docking met de T-snare.
welke soorten secretie is er van eiwitten via de RER-Golgi?
- constitutieve secretie (constant)
- geïnduceerde secretie (alleen na signaal)
welke manieren zijn er om eiwit af te breken?
- proteasomen: ubiquitine wordt aan het eiwit gehangen, dit wordt herkend door het proteasoom.
- lysosomen: bolletjes die gevuld worden met eiwitafbrekende eiwitten. ze krijgen een manose-6-fosfaat groep, waardoor het naar het lysosoom gaat.
via welke cytoses kan eiwit afgebroken worden?
- fagocytose
- endocytose
- autofagie
wat is de structuur van een DNA streng?
een streng is opgebouwd uit een nucleotide, wat bestaat uit een base, een suikergroep en een fosfaatgroep.
2 soorten nucleotides:
1. purine (A en G)
2. pyrimidine: (T en C)
specifiteit baseparing met A-T en C-G zorgt voor complementariteit
