Posibles funciones de los pseudogenes en la respuesta inmune…
Se ha propuesto en humanos, pollos y conejos
La hipótesis es que esta conversión genética ha generado una diversidad de anticuerpos
Posibles funciones de los pseudogenes…
Se cree que tienen el potencial de actuar como reguladores postranscripcionales de genes funcionales al codificar RNAs pequeños (miRNA)
Pueden transcribirse (procesed) aunque no tengan la estructura completa -> derivar en enfermedad
The GENCODE es un proyecto del consorcio del proyecto ENCODE que ha permitido anotar e identificar 12,000 pseudogenes
Pseudogenes y su relación con la variación genética…
La bacteria Borrelia (Enfermedad Lyme) genera diversidad genética mediante la recombinación de un arreglo en tándem de un pseudogen en un sitio de expresión telomérica en un plásmido lineal.
Funciones de pseudogenes…
-Estudios han propuesto que actúan como siRNA o miRNA
-Pueden desarrollar funciones de regulación
-Generación de anticuerpos, antigenos.
-Llevan a cabo recombinación con genes funcionales
-Puede llevarse a cabo una conversión genética con genes funcionales derivando enfermedades
Definición de pseudogen…
Secuencias de DNA derivadas de la duplicación o retroposición de genes funcionales que han estado sometidos a selección natural y por lo tanto, retienen gran parte de la secuencia y estructura original.
Además, han adquirido nuevas funciones reguladoras o sirven como reservorios de variabilidad genética
Mecanismos de duplicación…
- Duplicación de gen en tándem
- Transposición duplicativa
- Duplicación por fusión celular ancestral
- Duplicaciones subgenómicas a gran escala
¿Short tandem repeats?
Una repetición en tándem es una secuencia de dos o más bases de ADN que se repiten varias veces en forma de cadena en un cromosoma.
-Se presentan en el ADN no codificante
-Pueden servir como marcadores genéticos para rastrear la herencia en familias.
-También pueden ser útiles para hallar la huella genética en estudios forenses.
- Duplicación de gen en tándem
Se da por entrecruzamiento de cromátidas alineadas de manera incorrecta ya sea de:
- Cromátídas hermanas (unequal sister chromatid exchange)
- Cromosomas homologos (unequal crossover)
- Transposición duplicativa
Se presenta cuando el DNA se integra a otra localización cromosomal (retrotranspoción)
- Duplicación por fusión celular ancestral
Se cree que el origen de las células eucarióticas fue a través de la endocitosis de un tipo de bacteria por parte de un precursor de las células eucariotas.
- Duplicaciones subgenómicas a gran escala
Surgen de translocaciones cromosómicas
Regiones inestables: pericentromérica y subtelomérica (eucromáticas); son regiones propensas a recombinación con otros cromosomas.
Duplicaciones segmentales (Segmental duplications, SDs) or Low copy repeats (LCR). Características generales
También se conoce como Low copy repeats (LSCr), son:
- Fragmentos de DNA 1-300kb
- Constituyen 6.6% del genoma.
- Se encuentran localizados en regiones pericentroméricas, subteloméricas, e intersticiales
- Cromosoma 22 y cromosoma Y tienen la mayor cantidad de este tipo de duplicaciones
Duplicaciones segmentales (Segmental duplications, SDs) ¿Qué causan?
Desordenes genómicos, causados por alineamiento de segmentos con alta identidad conocido como “Recombinación de regiones homólogas no alélicas” (NAHR; non-allelic homologous recombination)
Los sustratos de NAHR son las duplicaciones segmentales Low copy repeats (LSCr)
SDs o LCR ¿Qué son?
Son regiones relativamente largas de ADN que están duplicadas en el genoma y que comparten alta identidad de secuencia entre sí.
Inversiones en SDs y LCR…
Las inversiones se llevan a cabo mediante orientación opuesta de los LCRs. Pueden ser:
-Neutros, no generar un cambio (HETEROCROMATINA)
-O que la inversión afecte a un gen:
Interrumpir el orden del gen
Alterando la expresión del gen
Hemofilia severa tipo A es provocado por una inversión que provoca la interrupción del factor de coagulación VIll en el chr. X -> mediado por 2 LCRs
*Una inversión de las más grandes es la encontrada en 8p23.1 (4.5Mb), los portadores tienen riesgo de padecer lupus eritematoso
Tipos de LCRs…
Pericentricos
Subteloméricos
Intersticiales
LCRs pericentricos…
Generados por eventos de duplicación intercromosomal
LCRs subteloméricos…
Formados por múltiples eventos de rompimiento de doble cadena y reparaciones de la región subteloméricas formando bloques de secuencia
LCRs intersticiales…
Enriquecidos por duplicaciones intracromosómicas. Son los más grandes y más comunes
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1.1 Introducción a las ciencias ómicas24
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1.2 Estructura, función y evolución de los cromosomas15
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1.2.1 Nomenclatura cromosómica2
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1.2.3 Anormalidades cromosómicas11
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1.3 Genes en pedigrís y genética de poblaciones15
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1.3.X Enfermedades genéticas P.127
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1.3.X Enfermedades genéticas P.212
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1.3 Autosomas y evolución de los cromosomas sexuales20
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1.3.3 Distribución de Hardy Weinberg3
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2.1 Secuenciación6
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2.2 Proyecto del genoma humano15
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2.2.1 Secuenciación de segunda generación19
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2. Elementos funcionales y repetidos del genoma humano (Genes codificantes)29
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2. Elementos funcionales y repetidos del genoma humano (Genes no codificantes)18
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2.X RNAs minoritarios16
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2.7 Repetidos comunes17
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2.8 Pseudogenes19
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3. Variaciones del genoma humano49
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3.1 Haplotipos20
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Proyecto Encode14
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3.5 Rearreglos genómicos18
