¿Qué fue?
ENCyclopedia Of DNA Elements
Creado en 2003, busco encontrar los elementos funcionales del genoma humano e investigar la expresión génica y la salud
HGP = “Qué secuencia hay”
Encode = “Qué hace cada parte”
Objetivos de Encode…
- Identificar genes codificantes
- Identificar genes no codificantes
- Identificar regiones reguladoras
- Identificar estructura cromosómica
Encode. Fase piloto…
Evaluación de las estrategias para la identificación de regiones en el genoma
- Se eligieron 44 regiones para estudiar (30Mb; 1% del genoma)
- Identificación de regiones de DNA que transcriban a RNA
Encode. Fase de desarrollo tecnológico…
Identificar o crear nuevas estrategias computacionales y de laboratorio que permitan caracterizar secuencias previamente identificadas, así como descubrir nuevas regiones
¿Qué estudia ENCODE?
- Sitios de unión de proteínas
- Modificaciones epigenéticas
- Regulación cromatínica
- Factores de transcripción
Técnica de encode…
ChIP-chip
Inmunoprecipitación de cromatina. Técnica que permite identificar los sitios de unión de las proteínas que se unen al DNA
- Factores de transcripción
- Histonas
- Reguladores de la cromatina
En un chip
¿Encode 2?
- Volume 489 Issue 7414, 6 September 2012
- Publicado en revista Nature Enero 2019
La colección consta de 13 artículos en donde se abordan diferentes acercamientos a la estructura y funcionamiento de la información genómica
Los 13 artículos son…
1.- Motivos de los factores de transcripción
2.- Estudio en los patrones de sitios de unión de factores de transcripción
3.- Caracterización de regiones intergénicas y definición de un gen
4.- RNAs y patrones de modificaciones de cromatina alrededor de regiones promotoras
5.- Regulación epigenética del procesamiento del RNA
6.- Caracterización de RNAs no codificantes
7.- Metilación de DNA
8.- Descubrimiento y caracterización de enhancers
9.- Conexiones 3D a lo largo del genoma
10.- Caracterización de la red topológica
11.- Machine learning in genomics
12.- Entendiendo la variación con base en el impacto de la información funcional
13.- Impacto de la selección evolutiva en regiones funcionales
1.- Motivos de los factores de transcripción…
Se mapearon 119 regiones en donde se observa unión de proteínas a DNA.
- Componentes de RNA polimerasa en 72 tipos de células (ChlP-Seq)
- 87 fueron secuencia específica de factores de transcripción
- 8.1% del genoma tiene regiones de DNA con unión a proteínas
2.- Estudio en los patrones de sitios de unión de factores de transcripción…
Los sitios de unión a factores de transcripción ayudan a explorar las propiedades de la cromatina.
Evalúan la unión de H3K27me3:
- Modificación epigenética en la histona H3, trimetilación de la lisina 27
4.- RNAs y patrones de modificaciones de cromatina alrededor de regiones promotoras…
Realizaron modelos de predicción que exploran la interacción entre las modificaciones de las histonas y los promotores
5.- Regulación epigenética del procesamiento del RNA…
Se encontraron dos tipos de promotores
- Islas C-G
- Cajas TATA
6.- Caracterización de RNAs no codificantes…
Se utilizó la técnica CAGE-seq para identificar sitios de unión de la transcripción (TSSs). Se buscaba la región 5´cap
- RNAs de menos de 200 nucleótidos han sido asociados
¿FACTORBOOK?
Catálogo de sitios de unión a factores de transcripción
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1.1 Introducción a las ciencias ómicas24
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1.2 Estructura, función y evolución de los cromosomas15
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1.2.1 Nomenclatura cromosómica2
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1.2.3 Anormalidades cromosómicas11
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1.3 Genes en pedigrís y genética de poblaciones15
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1.3.X Enfermedades genéticas P.127
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1.3.X Enfermedades genéticas P.212
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1.3 Autosomas y evolución de los cromosomas sexuales20
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1.3.3 Distribución de Hardy Weinberg3
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2.1 Secuenciación6
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2.2 Proyecto del genoma humano15
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2.2.1 Secuenciación de segunda generación19
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2. Elementos funcionales y repetidos del genoma humano (Genes codificantes)29
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2. Elementos funcionales y repetidos del genoma humano (Genes no codificantes)18
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2.X RNAs minoritarios16
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2.7 Repetidos comunes17
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2.8 Pseudogenes19
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3. Variaciones del genoma humano49
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3.1 Haplotipos20
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Proyecto Encode14
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3.5 Rearreglos genómicos18
