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caractérisation et classification des microorganismes Flashcards

(79 cards)

Study These Flashcards
1
Q

c’est quoi la taxonomie?

A

l’arrangement d’organismes présentant des caractères communs en groupes naturels

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Q

C’est quoi un taxon/TAXA?

A

un groupe taxonomique

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3
Q

C’est quoi la hiérarchie des taxons chez les procaryotes?

A

taxons sont organisés hiérarchiquement : de très larges à très spécifiques

domaine -> phylum -> classe -> ordre -> famille -> genre -> espèce

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4
Q

C’est quoi la hiérarchie des taxons chez les eucaryotes?

A

taxons sont organisés hiérarchiquement : de très larges à très spécifiques

domaine -> règne -> embranchement -> sous-embranchement -> classe -> ordre -> famille -> genre -> espèce

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5
Q

V/F: la hiérarchie des taxon est non chevauchante?

A

vrai, à un même niveau de classification, un organisme ne peut appartenir qu’à un seul taxon

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6
Q

Quels sont les 3 volets de la taxonomie?

A
  1. identification
    -description et caractérisation
  2. nomenclature
  3. classification
    -regroupement en taxon
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7
Q

C’est quoi une culture pure?

A

une culture ou tous les individus ont les même caractéristiques

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8
Q

C’est quoi une souche?

A

tous les descendants (sous-culture) d’une culture pure

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9
Q

C’est quoi une espèce?

A

groupe de plusieurs souches qui ont des caractéristiques presques identiques

-> ex: E.coli de différents individus

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10
Q

C’est quoi une souche-type?

A

souche possédant toutes les caractéristiques représentatives de l’espèces

souvent, la première souche identifiée

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11
Q

À quoi sert une souche-type?

A

d’avoir une référence pour identifier les caractéristiques de l’espèce

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12
Q

Quels sont les essentiels pour faire la description et la caractérisation lors de l’identification?

A

-une culture pure
-une souche-type pour témoin comparatif

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13
Q

Quels sont les caractères morphologiques à obtenir lors de l’identification?

A

-taille, forme, arrangements
-structures cellulaires/endospores
-réaction aux colorants (ex: gram)

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14
Q

Quels sont les types de caractères biologiques à obtenir lors de l’identification?

A

-composition de la membrane: types de lipides et alcools (varie selon bactérie ou archées)
-composition de la paroi cellulaire: type de polysaccharides et protéines

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15
Q

Comment est ce que la composition de la paroi cellulaire aide à l’identification?

A

-peptidoglycane typique des eubactéries
-pseudomuréine typique des archées
-cellulose typique des mycètes ou algues

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16
Q

Quels sont les types de caractères physiologiques à obtenir lors de l’identification?

A

-exigences nutritionnelles de l’organisme -> différentes sources de carbones et facteurs de croissance dans le milieu de culture
-conditions d’incubation : température, O2, lumière

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17
Q

Quels sont les types de caractères métaboliques à obtenir lors de l’identification?

A

-produits finaux de fermentation
-enzymes extracellualaires : sécrétion d’exotoxines (hémolysines, protéases)

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18
Q

Quels sont les types de caractères génétiques à obtenir lors de l’identification?

A

-composition en G/C
-nombre de chromosomes (eucaryotes) ou taille, nombre, gènes des plasmides (procaryotes)

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19
Q

Comment est déterminé le % en G/C du génome?

A

on chauffe pour que l’ADN se dénature

-au Tm: 50% ADN est monocaténaire
-on meusure avec un spectromètre UV à 260 nm, la densité optique
-la densité optique ADNdb est plus petite que ADNsb
-on trace un graphique du DO en fonction de la température, on identifie avec le graphique la Tm
-plus il y a de G/C, plus la Tm est élevée (car G/C: 3 ponts H)

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20
Q

Quelle est la composition en G/C chez les plantes et animaux vs m-o?

A

plantes et animaux: 30-50%
m-o: 25-80%

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21
Q

La composition en G/C est associé à quelle caractéristique des m-o?

A

leur température de croissance

-> thermophile a un %G/C plus élevé

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22
Q

V/F: la valeur du %G/C est typique de l’espèce?

A

Vrai,
mais il y a quelques variations dans les organismes d’une espèce

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23
Q

V/F: la valeur du %G/C est similaire entre les genres?

A

vrai

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24
Q

Quels sont les types de caractères d’interaction avec l’hôte à obtenir lors de l’identification?

A

-pathogénicité : capacité à provoquer une maladie selon la spécificité d’hôte
-symbiose

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25
Quelle est la spécificité d'hôte de l'influenza?
virus qui infecte une grande gamme d'espèces
26
Exemples de symbiose?
-fixateur N2 + plantes -organismes bioluminescence + poisson
27
Quels sont les types de caractères écologiques avec l'hôte à obtenir lors de l'identification?
-habitats -niche écologique et son rôle dans les cycles de la matière
28
Quels sont les types de caractères moléculaires avec l'hôte à obtenir lors de l'identification?
-comparaisons de séquences -hybridations ADN-ADN
29
Comment se fait la comparaison de séquences dans l'identification de caractères moléculaires?
avec des analyses bio-informatiques, on identifie: -gènes conservés -protéines conservées -séquences signatures des organismes apparentés auront des homologies dans les séquences
30
Comment se fait l'hybridation ADN-ADN dans l'identification de caractères moléculaires?
utilisé pour voir s'il y a complémentarité des séquences d'ADN 1. marquage de l'ADN (pour le tracer) 2. chauffage -> dénaturation en ADNsb 3. refroidissement lent -> hybridation des séquences plus les séquences sont similaires, plus le % hybridation est élevé
31
quel est le % d'hybridation pour des individus de même espèce?
plus de 80%
32
Quand est ce qu'on peut nommer une nouvelles espèces?
quand le nombre de caractéristiques différentes des autres espèces est grand
33
la nomenclature utilisée a été crée par qui?
Carl von Linné -> nomenclature linnéenne -> utilisée pour tous les organismes
34
Quels comités s'assurent de l'attribution des noms aux organismes?
comité international de systématique des procaryotes/microorganismes eucaryotes
35
Comment est ce que la nomenclature de Carl von Linné est binomiale?
1er mot: genre 2e mot : espèce
36
Comment doit être écrit le nom d'une espèce?
italique ou souligné
37
Le 1er mot du nom du espèce est comment?
-1ère lettre en majuscule -en latin ou grec -donne le genre de l'espèce -est descriptif (indice sur métabolisme ou autre) ou découvreur (peu utilisé, nom de qui l'a découvert)
38
explique ces genre la: Bacillus, lactococcus, pyrococcus
genres descriptifs -bacillus: en bâtonnets -lactococcus: utilisent le lactose pour faire de l'acide lactique ou retrouvé dans le lait -pyrococcus: température de croissance élevée
39
explique ces genres la: pasteurella,
genres découvreur/historique pasteurella: pasteur l'a découvert Neisseria : Neisser l'a découvert
40
Le 2e mot du nom du espèce est comment?
-1ère lettre en minuscule -latin ou grec -donne l'espèce -est descriptif
41
explique ces espèces la: gonorrhoeae, tuberculosis, abyssi
gonorrhoeae: cause la gonorrhée tuberculosis: cause la tuberculose abyssi: abysse : retrouvé fond océanique
42
Quelle est l'espèce découverte au CHUL?
en 2009 dans l'écosystème intestinal humain -Clostridium lavalense -renommé enterocloster lavalensis pour suivre les règles
43
Comment se fait la classification des espèces?
selon: -caractères communs -liens évolutifs
44
Quels sont les types de classification?
-naturelle -phénétique -numérique -phylogénétique -polyphasique
45
C'est quoi la classification naturelle?
-regroupement des organismes selon leur nature biologique : anatomie, morphologie
46
Pourquoi est ce que la classification naturelle n'est plus utilisée?
car il y a avait trop d'espèce et la classification n'était plus assez précise et on utilisait alors la classification phénétique
47
C'est quoi la classification phénétique?
classement selon la similarité des caractères phénotypiques -> morphologiques, métaboliques, génétiques
48
C'est quoi la classification numérique?
comparaison de plusieurs organismes: -un vs un autre organisme (2 par 2) -on doit comparer un minimum de 50 caractères on utilise un coefficient d'appariement (1 = caractère présent, 0 = absent) on calcule ensuite le % similarité
49
Comment on calcule le % de similarité %S?
%S= (nb caractères similaires/ nb caractères totaux) *100
50
Comment est ce que le %S peut être réprésenté?
avec un dendrogramme -> sert à visualiser les ressemblances avec les embranchement entre 2 espèces, on détermine le %S
51
Quelles sont les limites de la classification numérique?
-ne prend pas en compte la pondération des caractères (sont tous égaux) -> ils sont uniformes (soit il est présent ou soit il est asbent) -> ne prend pas en compte la pertinence biologique du caractère
52
C'est quoi la classification phylogénétique?
elle classe selon les relations évolutives possibles pour : -déterminer ancêtres communs -comparer des espèces distantes
53
Pourquoi est ce que la classification phylogénétique est plus difficile chez les procaryotes?
car les fossiles utiles sont rares
54
Quelles sont les approches pour classifier avec la phylogénétique?
- comparer des séquences de gènes/protéines conservées -évolution des mutations -Utiliser le gène ARN ribosomal
55
Comment est ce que la comparaison des séquences de gènes/protéines conservées aide à classifier avec la phylogénétique?
plus une séquence est conservée, plus sa fonction est essentielle utilisé comme chronomètre moléculaire: plus il y a de différences, plus la divergence est ancienne
56
Comment est ce que les mutations aident à classifier avec la phylogénétique?
les mutations viennent au hasard si effet neutre ou positif : conservé plus de mutations: plus la divergence est ancienne
57
Comment est ce que le gène de l'ARN ribosomal aide à classifier avec la phylogénétique?
les gènes de l'ARN ribosomal a : -régions conservés car essentiels à la fonction -régions variables où les mutations n'affectent pas la fonction du gène plus de différence: plus la divergence est ancienne
58
C'est quoi un noeuds?
embranchement, événement de divergence
59
V/F: dans un arbre phylogénétique, plus les branches sont longues, plus il y a de changements moléculaires?
vrai
60
À quoi servent les outils bio-informatiques pour la classification phylogénétique?
-donne accès à des banques de données de séquences génomiques -développement constant
61
C'est quoi la classification polyphasique ?
-se base sur les info phénétiques et phylogénétiques
62
Quels sont les avantages de la classification polyphasique ?
-plus complètes (peut comparer des espèces éteintes) -remaniement continu
63
V/F: la classification polyphasique a permis de ré-évaluer la notion de genres?
non, la notion d'espèces car elle utilise le % d'identité des séquences génomiques
64
la classification Linnaeus a établi quoi?
2 règnes : animaux et plantes
65
la classification Haeckel a établi quoi?
3 règnes: protistes, animaux, plantes
66
les protistes selon Haeckel inclus quoi?
bactéries, levures, protozoaires, algues
67
la classification Whittaker a établi quoi?
5 règnes basés sur: -nutrition (photosynthèse, absorption, ingestion) -organisation cellulaire (eucaryotes/procaryotes, unicellulaire/pluricellulaire)
68
C'est quoi les 5 règnes établi pas Whittaker?
-Monères -Protistes -champignons -animaux -plantes
69
Whittaker pensait quoi sur l'évolution?
qu'elle était unidirectionnelle, des organismes simples vers les complexes
70
Quelle était l'approche de Woese?
approche phylogénétique/ARNr
71
La classification de Woese a établi quoi?
3 domaines du vivant: -eucaryotes -bactéries -archées -savait que l'évolution n'était pas linéaire et des espèces divergaient LUCA (ancêtre commun) ->en premier bactéries et ensuite ancêtre commun aux archées et eucaryotes
72
Pourquoi est ce que les mitochondrie et les chloroplastes sont des organites autoréplicatives?
car les ancêtres de ces organites ont été domestiqués des eucaryotes -> endosymbiose
73
comment sont les chromsomes des mitochondries et chloroplastes?
un seul circulaire
74
les gènes ARNr des mitochondries et des chloroplastes sont apparentés à qui?
aux eubactéries
75
C'est quoi la théorie de l'endosymbiose pour la création de mitochondrie et chloroplaste?
un eucaryote ancestral aurait ingéré: -une bactérie à métabolisme respiratoire qui n'a pas été digéré et établissement de symbiose -> mitochondrie conservée -une cyanobactérie photosynthétique qui n'a pas été digéré et établissement de symbiose -> chloroplaste conservée
76
V/F: certains gènes des organites digérés lors de l'endosymbiose ont été intégrés au génome du noyau?
vrai
77
la bactérie qui a formé les mitochondries et quelle autre bactérie ont un ancêtre commun?
Rickettsia donc, la bactérie qui a formé les mitochondries est apparenté à Rickettsia
78
la bactérie qui a formé les chloroplastes et quelle autre bactérie ont un ancêtre commun ?
Prochloron donc, la bactérie qui a formé les chloroplastes est apparenté à Prochloron
79
Quel est un exemple d'endosymbiose récente?
perte du peptidoglyacne chez cyanophora paradoxa -> n'a plus besoin des fonctions du peptidoglycane (donne forme + résistance pressions osmotique)
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