ch5 Flashcards

transcription procaryote (49 cards)

1
Q

Quelle est l’une des trois principales différences structurelles entre l’ARN et l’ADN?

A

L’ARN contient du ribose au lieu du désoxyribose, la base uracile (U) au lieu de la thymine (T), et est généralement simple brin.

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2
Q

Quelle différence au niveau du sucre rend l’ARN plus sensible à l’hydrolyse alcaline que l’ADN?

A

La présence d’un groupement hydroxyle (OH) sur le carbone 2’ du ribose.

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3
Q

Quelle base azotée présente dans l’ARN remplace la thymine (T) de l’ADN?

A

L’uracile (U).

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4
Q

Pourquoi l’uracile, bien que moins coûteux à produire, n’est-il pas utilisé dans l’ADN?

A

Car il peut se convertir lentement en cytosine, ce qui causerait des problèmes de lecture lors de la réplication.

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5
Q

Bien qu’il soit simple brin, comment l’ARN peut-il former des structures secondaires et tertiaires complexes?

A

Par des repliements et des appariements de bases intramoléculaires, formant des structures comme des boucles ou des épingles à cheveux.

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6
Q

Quelles sont les deux fonctions principales des structures secondaires et tertiaires de l’ARN?

A

Elles augmentent la stabilité de la molécule et peuvent lui conférer des activités enzymatiques (ribozymes).

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7
Q

Quel est le rôle de l’ARN ribosomal (ARNr)?

A

Il est une composante structurale et catalytique du ribosome, essentiel à la synthèse des protéines.

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8
Q

Quel est le rôle de l’ARN de transfert (ARNt)?

A

Il sert d’adaptateur entre la séquence de codons de l’ARNm et les acides aminés correspondants lors de la traduction.

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9
Q

Quel est le rôle de l’ARN messager (ARNm)?

A

Il transporte l’information génétique codant pour une protéine depuis l’ADN jusqu’au ribosome pour la traduction.

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10
Q

Quel type d’ARN est le plus abondant en termes de masse totale dans la cellule?

A

L’ARN ribosomal (ARNr).

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11
Q

Quelle est l’enzyme principale qui catalyse la synthèse de l’ARN durant la transcription?

A

L’ARN polymérase.

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12
Q

La synthèse de l’ARN par l’ARN polymérase se déroule dans la direction _____.

A

5’ vers 3’.

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13
Q

Comment nomme-t-on le brin d’ADN qui est lu par l’ARN polymérase pour synthétiser l’ARN?

A

Le brin matrice (ou brin antisens).

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14
Q

La séquence de l’ARN synthétisé est presque identique à celle du brin _____, à l’exception que l’uracile (U) remplace la thymine (T).

A

codant (ou brin sens)

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15
Q

Quelle est une différence majeure entre la transcription et la réplication concernant la portion du génome recopiée?

A

La réplication recopie l’ensemble du génome, tandis que la transcription ne recopie que des régions spécifiques (gènes).

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16
Q

Combien de types d’ARN polymérases différentes les bactéries possèdent-elles?

A

Une seule.

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17
Q

Combien de types d’ARN polymérases différentes les eucaryotes possèdent-ils et quelles sont-elles?

A

Trois : ARN polymérase I, II et III.

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18
Q

Quelle ARN polymérase eucaryote est responsable de la transcription des gènes codant pour les protéines (ARNm)?

A

L’ARN polymérase II.

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19
Q

Contrairement à l’ADN polymérase, l’ARN polymérase n’a pas besoin d’une _____ pour commencer la synthèse.

A

amorce

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20
Q

Quelles sont les trois grandes étapes du mécanisme de la transcription?

A

L’initiation, l’élongation et la terminaison.

21
Q

Qu’est-ce qu’un promoteur dans le contexte de la transcription?

A

Une séquence d’ADN spécifique en amont d’un gène qui est reconnue par l’ARN polymérase et qui signale le début de la transcription.

22
Q

Comment sont numérotés les nucléotides d’un gène par rapport au premier nucléotide transcrit (+1)?

A

Les nucléotides en amont (avant) sont négatifs (-1, -2, etc.) et ceux en aval (après) sont positifs (+2, +3, etc.).

23
Q

Lors de l’initiation de la transcription, la liaison de l’ARN polymérase au promoteur sur l’ADN double brin forme le complexe _____.

24
Q

La transition du complexe fermé au complexe ouvert lors de l’initiation de la transcription implique le déroulement de l’ADN pour former une _____.

A

bulle de transcription

25
Qu'est-ce que l'initiation abortive?
Une phase initiale de la transcription où l'ARN polymérase synthétise et relâche de courts transcrits d'ARN (environ 10 nucléotides) sans quitter le promoteur.
26
Quel est le rôle du facteur sigma ($\sigma$) dans la transcription procaryote?
Il s'associe au cœur de l'ARN polymérase pour former l'holoenzyme, permettant la reconnaissance spécifique des séquences du promoteur.
27
Le cœur de l'ARN polymérase bactérienne associé au facteur sigma forme l'_____.
holoenzyme
28
Le facteur $\sigma70$ d'E. coli reconnaît deux séquences consensus dans les promoteurs, connues sous le nom de boîte _____ et boîte _____.
-35, -10
29
Qu'est-ce qu'une séquence consensus d'un promoteur?
La séquence de nucléotides la plus fréquente et optimale trouvée en comparant de nombreux promoteurs reconnus par un même facteur.
30
Quel élément additionnel, situé en amont de la région -35, peut servir de site de contact additionnel pour l'ARN polymérase et augmenter la force d'un promoteur?
L'élément UP (Upstream Promoter element).
31
Quelle région du facteur $\sigma70$ reconnaît la boîte -35 du promoteur?
La région 4.
32
Quelle région du facteur $\sigma70$ est responsable de la reconnaissance de la boîte -10 et aide à la fusion de l'ADN?
La région 2.
33
Quel motif structurel de liaison à l'ADN est utilisé par la région 4 du facteur $\sigma70$ pour interagir avec le sillon majeur de l'ADN au niveau de la boîte -35?
Un motif hélice-coude-hélice.
34
Le changement conformationnel irréversible de l'holoenzyme sur le promoteur, menant à l'ouverture de l'ADN, est appelé _____.
isomérisation
35
Le mécanisme où l'ARN polymérase tire l'ADN en aval dans son site actif sans se déplacer, causant une compression de l'ADN, est appelé _____.
scrunching
36
Quelle partie du facteur $\sigma$ bloque physiquement le canal de sortie de l'ARN naissant, contribuant à l'initiation abortive?
La région 3.2 (lien $\sigma3/4$).
37
Qu'est-ce qui doit se produire pour que l'ARN polymérase puisse passer de l'initiation à l'élongation?
L'ARN naissant doit déplacer la région 3.2 du facteur $\sigma$, permettant la libération du promoteur et la formation du complexe ternaire stable.
38
Durant l'élongation, quel complexe stable est formé par les trois molécules impliquées?
Le complexe ternaire, composé de l'ARN polymérase, de la matrice d'ADN et de l'ARN naissant.
39
Nommez l'un des deux mécanismes de correction d'erreurs (relecture) de l'ARN polymérase.
La correction pyrophospholytique ou la correction hydrolytique.
40
En quoi consiste la correction pyrophospholytique par l'ARN polymérase?
C'est la réaction inverse de la polymérisation, où le dernier nucléotide incorrectement ajouté est retiré en lui rattachant son pyrophosphate (PPi).
41
En quoi consiste la correction hydrolytique par l'ARN polymérase?
L'enzyme recule de quelques nucléotides sur la matrice et excise un segment d'ARN contenant l'erreur.
42
Quelle protéine procaryote peut déloger une ARN polymérase bloquée par un dommage à l'ADN et recruter des enzymes de réparation?
La protéine TRCF (transcription-repair coupling factor).
43
Quelles sont les deux principales stratégies de terminaison de la transcription chez les procaryotes?
La terminaison intrinsèque (ou Rho-indépendante) et la terminaison Rho-dépendante.
44
Dans la terminaison intrinsèque, quelle structure se forme dans l'ARN transcrit juste avant la séquence de terminaison?
Une structure en tige-boucle (épingle à cheveux) riche en G-C.
45
Quelle séquence dans l'ARN, située juste après la tige-boucle, est cruciale pour la dissociation du complexe lors de la terminaison intrinsèque?
Une série de résidus d'uracile (U).
46
Pourquoi une série d'appariements U-A entre l'ARN et l'ADN matrice est-elle propice à la terminaison de la transcription?
Car l'hybridation U-A n'implique que deux liaisons hydrogène, ce qui en fait l'interaction la plus faible, facilitant la dissociation de l'ARN.
47
Dans la terminaison Rho-dépendante, quelle est la protéine clé qui provoque la fin de la transcription?
Le facteur Rho, un hexamère avec une activité hélicase.
48
Sur quelle séquence spécifique de l'ARNm le facteur Rho se lie-t-il initialement?
La séquence rut (rho utilization site).
49
Quelle source d'énergie le facteur Rho utilise-t-il pour se déplacer le long de l'ARN et rattraper l'ARN polymérase?
L'hydrolyse de l'ATP.