Génétique quantitative

Question 1

79. Quel type de trait est étudié en génétique quantitative?

Answer 1

Les caractères phénotypiques à variation continue dans une population

Question 2

a. Pourquoi ce type de trait (quantitatif) en nature est-il généralement plus difficile à étudier que les traits « Mendéliens »?

Answer 2

Les phénotypes étudiés en génétique quantitative résultent de l’action conjointe de nombreux facteurs , le génotype n’équivaut pas directement au phénotype, car l’environnement influe en le faisant varier de façon continue .

Question 3

80. Qu’est-ce que la norme de réaction?

Answer 3

Ce qui décrit l’ensemble des phénotypes produits par un génotype particulier sous différentes conditions environnementales, permet de définir les relations environnement/génétique pour un phénotype donné.

Question 4

a. Pour une espèce dispersée dans un environnement varié (et qui a évolué ainsi), peut-il exister un génotype qui possède un meilleur fitness dans tous les environnements?

Answer 4

Non, aucun génotype n’est meilleur dans tous les environnements

Question 5

81. Quel type de graphique permet de bien observer si un trait possède une distribution normale?

Answer 5

Un histogramme présentant en y la fréquence du phénotype et en x les différents phénotypes avec des bandes. C’est un mode de représentation adopté pour un caractère complexe.

Question 6

82. Quelle valeur utilise-t-on pour mesurer la dispersion des données pour un trait?

Answer 6

Variance (parfois écart-type)

Question 7

a. Pourquoi la variance présente-t-elle des unités élevées au carré?
i. Ces unités ont-elles une signification biologique?

Answer 7

Parce qu’on effectue la somme de l’écart de chaque donnée avec la moyenne qui est au final élevé au carré

i. Non c’est simplement son unité, c’est juste un outil biologique, pas de signification.

Question 8

83. Quels facteurs affectent l’expression des traits (le phénotype) en général?

Answer 8

L’inné ou “nature” - contrôle génétique
L’acquis ou “nurture” - contrôle environnemental

Question 9

84. De quelle manière décompose-t-on la variance observée pour un trait donné?
    a. Quelle formule résume cette décomposition?

Answer 9

Vx = Ve + Vg
Vx : Variance phénotypique totale
Vg : Variance génétique
Ve : Variance environnementale

Ainsi la variance phéno totale est décomposée en deux types de variance

Question 10

b. Peut-il exister un lien entre les composantes (génétique et environnement) pour que cette formule soit valide?

Answer 10

Non, il ne doit pas exister de lien ou de corrélation entre les deux pour que la valeur soit valide. Sinon l’une influe sur l’autre et ça fausse les résultats.

Question 11

85. Que signifie l’héritabilité au sens large?
    a. Comment la calcule-t-on?

Answer 11

C’est la contribution de la variance génétique à la variance phénotypique totale où 0 < H^2 < 1, H^2 étant un ratio

a. H^2 = Vg/Vx où Vx = Vg + Ve

Question 12

b. Quel type d’expériences ou d’études nous permettent d’évaluer les variances génétiques et environnementales?

Answer 12

Méthodes basées sur l’étude d’individus identiques génétiquement qui sont soumis à divers environnements, ex : jumeaux ou des populations consanguines

Question 13

i. Comment fait-on pour « annuler » les effets génétiques sur la variance?

Answer 13

i. En utilisant des individus génétiquement identiques, permet de faire égaler Vg = 0. Ainsi, Vx = Ve

S’effectue par le biais d’utilisation de clones, croisements de lignées pures, jumeaux, populations consanguines.

Question 14

ii. Comment fait-on pour « annuler » l’effet environnemental sur la variance?

Answer 14

ii. En étudiant des individus issus du même environnement (identique), permet de faire égaler Ve = 0. Ainsi, Vx = Vg

On sélectionne pour la reproduction des individus nettement au dessus ou en dessous de la moyenne de distribution phénotypique , ensuite on observe les phénotypes dans la descendance dans l’environnement identique.

Question 15

86. Qu’arrive-t-il à la variance phénotypique dans les environnements extrêmes?**
    a. Qu’arrive-t-il à l’héritabilité au sens large (H2) dans les environnements extrêmes?

Answer 15

La variance phénotypique augmente et fait ressortir les traits associés à la variance environnementale.

a. H^2 va s’abaisser, car les différences phénotypiques s’expliquent surtout par des différences environnementales qui augmentent la valeur au dénominateur du calcul.

Question 16

87. Quel type d’étude permet d’estimer l’héritabilité des traits chez les humains?

Answer 16

L’étude sur les jumeaux et autres personnes apparentées

Question 17

a. Que peut-on dire sur la différence observée dans les traits entre jumeaux monozygotiques?

Answer 17

Vg = 0 , car identiques en terme de génotype.
Ve = variable, va dépendre de si les jumeaux sont élevés dans le même environnements ou séparément.

Question 18

b. Est-ce que la variance des traits risque d’être plus élevée ou plus faible pour des jumeaux élevés séparément par rapport à des jumeaux élevés ensemble?

Answer 18

Vx sera plus élevée si les jumeaux sont élevés séparément, sinon vient à dire que sera égal à 0 parce que Vg est aussi = 0

Question 19

c. Est-ce que la variance des traits risque d’être plus élevée ou plus faible pour des jumeaux monozygotiques par rapport à des jumeaux dizygotiques?

Answer 19

Vx dizygotique sera plus élevée, Vg ≠ 0 , car 50% des allèles seront communs

Vx monozygotique sera plus faible, Vg = 0, car matériel génétique identique

Si on rajoute la dimension Ve , le fait d’être élevé séparément va faire augmenter la valeur de Vx, si ensemble, la valeur sera abaissée

Question 20

88. Quelles conclusions peut-on tirer de la valeur d’héritabilité au sens large (H2) pour un trait?

Answer 20

Permet d’estimer quelle proportion de la variance phénotypique dans une population est due à des différences génétiques entre individus.

Question 21

a. Peut-on extrapoler les valeurs d’héritabilité au sens large d’une population et assumer qu’elle est la même pour une autre?

Answer 21

Non, parce qu’une population différente implique nécessairement un environnement différents

Question 22

b. Si on observe une héritabilité élevée pour un trait dans une population et qu’elle est faible pour l’autre population, est-ce que cela veut dire que la première population possède de meilleurs allèles pour ce trait?***

Answer 22

Non, l’environnement et génétique influencent tout de même la différence phénotypique n’y est pas explicable ici.

H^2 informe sur la variance et non sur l’expression du phénotype

Question 23

c. Si H2 est faible, est-ce que ça signifie qu’un faible nombre de gènes contribuent à l’expression du trait?***

Answer 23

Non, veut dire que la variance observée s’explique peu par les facteurs héréditaires et davantage par l’environnement s’ils ne sont pas corrélés.

Question 24

89. Comment distingue-t-on un effet additif d’un allèle versus un effet de dominance?***

Answer 24

Additif : Chaque allèle contribue indépendamment et proportionnellement au phénotype, on va retrouver plus de 2 phénotypes distincts
Dominant : Un allèle masque partiellement ou totalement l’effet de l’autre, on va avoir 2 phénotypes distincts habituellement

Question 25

a. Une effet « purement additif » d’un allèle correspond à quel type d’interaction allélique? (Quel type de dominance?)***

Answer 25

Dominance incomplète, l'hétérozygote présente un phénotype intermédiaire

Question 26

90. Quel est le désavantage des gènes à effets de dominance par rapport aux gènes à effets additifs lorsqu’on applique une sélection artificielle?

Answer 26

Additifs : Le génotype est prédictible à 100%, capacité de sélection, parce que la réponse à la sélection est forte et que c'est facile d'identifier les génotypes. Dominance : Seulement 2 phénotypes , rend plus difficile de sélectionner. *Diminution de la fréquence du phénotype sélectionné , dans la population initiale était plus grand et plus grand dans le groupe reproducteur

Question 27

91. Comment calcule-t-on l’héritabilité au sens strict (h2) si on connait la variance génétique additive?

Answer 27

Vg : Variance génétique Va : Variance génétique additive Vd : Variance génétique due à la dominance Ve : Variance environnement Vx : Variance phénotypique totale Vg = Va + Vd Vx = Va + Vd + Ve h^2 = Va/Vx

Question 28

92. Comment calcule-t-on l’héritabilité au sens strict (h2) lorsqu’on pratique une sélection sur un trait quantitatif?***

Answer 28

h^2 = R/S

Question 29

a. Qu’est-ce que l’écart de sélection?

Answer 29

S : Écart de sélection C'est la moyenne du phéno QTL des sélectionnés moins la moyenne totale

Question 30

b. Qu’est-ce que la réponse à la sélection?

Answer 30

R : Réponse à la sélection R = moyenne de la descendance - moyenne de la population avant sélection Changement observé dans la moyenne du caractère dans la génération suivante.

Question 31

93. En quoi la valeur de l’héritabilité au sens strict (h2) est-elle utile pour les éleveurs et les agriculteurs?

Answer 31

Donne une idée de l'héritabilité d'un trait, si la sélection va avoir un effet pour isoler ou produire un phénotype spécifique désiré

Question 32

94. Qu’est-ce qu’un trait polygénique?*** a. Quelle est la distribution de la plupart des traits polygéniques?

Answer 32

C'est un trait influencé par plusieurs gènes ayant des effets similaires et cumulatifs , implique une variation phénotypique continue. a. Distribution normale, car contrôlés par des loçi à traits quantitatifs QTL

Question 33

95. Quel est l’effet de l’environnement sur l’expression de certains traits?***

Answer 33

Une distribution normale continue sera observée pour le phénotype et sera davantage adoucie

Question 34

a. Est-il possible d’observer une distribution continue pour un trait monogénique?

Answer 34

Oui, mais avec deux allèles

Question 35

96. Quelle approche permet d’estimer le nombre de gènes responsable d’un caractère continu?***

Answer 35

Analyse du nombre de polygènes influencent le caractère par croisements pour former des hybrides enter variété cultivée et apparentée

Question 36

a. Quels individus faut-il croiser pour générer la F1?

Answer 36

Croiser 2 phénotypes extrêmes (porteurs) Variété cultivée ou domestiquée x Wild Type

Question 37

b. La proportion de quels type descendants faut-il compter dans la génération F2?

Answer 37

Autocroise F1 x F1 pour former F2 Calcule la fréquence de deux phénos extrêmes dans la génération F2

Question 38

97. Que signifie l’abbréviation QTL?

Answer 38

Locus déterminant du trait quantitatif

Question 39

98. Quelle méthode permet d’identifier l’emplacement des QTLs dans une population hétérogène?

Answer 39

GWAS - Étude par association à l'échelle génomique par des polymorphismes

Question 40

99. Quelle variation expérimentale permet de faire ce type d’analyse dans des espèces hautement consanguines?***

Answer 40

SNP et RFLP, on utilise les mêmes marqueurs mais leurs variants doivent différer entre les lignées pour qu'on puisse effectuer la comparaison en croisant les consanguins avec une autre lignée

Question 41

100. Qu’est-ce qu’une lignée congénique? a. À quoi servent ces lignées?

Answer 41

Lignées presque identiques génétiquement, mais qui ont subit une recombinaison dans la région d'un marqueur a. Identifier un gène déterminant un caractère quantitatif à proximité du marqueur moléculaire M qui montrait une corrélation

Question 42

b. Comment identifie-t-on les allèles appartenant à l’un ou l’autre des parents?***

Answer 42

En identifiant s'il y a corrélation entre la présence d'un certain allèle et un marqueur