week 2

Question 1

Welke soorten mutaties zijn er?

Answer 1

• puntmutaties
• chromosomale mutaties

Question 2

Wat zijn puntmutaties?

Answer 2

kleiner veranderingen op basenpaar niveau
–> transitie
–> transversie
–> kleiner insertie/deletie

Question 3

Wat zijn chromosomale afwijkingen?

Answer 3

grote veranderingen op chromosomaal niveau
–> translocties
–> amplificaties
–> deleties
–> numeriekte afwijking

Question 4

Wat zijn oorzaken van dna schade?

Answer 4

• chemische instabiliteit
• chemische verbindingen
• biologische stoffen
• fysische agentia
• foutieve reparatie

Question 5

Wat leidt dna schade tot?

Answer 5

• chemische adducten
• intrastreng crosslinks
• interstreng crosslinks
• dna strengbreuken
• basenpaar mismatches

Question 6

Wat zijn chemische adducten die de DNA dubbelhelix niet verstoren?

Answer 6

• spontane hydroslyse
• deaminatie
• oxidatieve DNA schade

Question 7

Wat doet BPDE?

Answer 7

• veroorzaakt chemische adducten die de dna dubbelhelix verstoren
• bpde reageert voornamelijk met G residue
• tegenover G- BPDE wordt een A residue ingebouwd

Question 8

Hoeveel beschadigingen zijn er per cel per dag?

Answer 8

75000

Question 9

Welke soorten schade herstellingen zijn er en wat doen ze

Answer 9

• BER is een enzymatisch process en hersteld kleine adducten in 3 stappen
• NER voor grote adducten in 4 stappen want moet het omringende DNA ook openen

Question 10

Welk syndroom komt bij het NER defect?

Answer 10

xeroderma pigmentosum

Question 11

Wat is er bij het cockayne syndroom?

Answer 11

CSA en CSB zijn aangedaan zij zorgen normaal voor herkenning van DNA schade

Question 12

Hoe kunnen fouten ontstaan tijdens de DNA replicatie?

Answer 12

• translesie polemerase wordt bij een blokade ingezet om het over te nemen van DNA polymerase maar dit is erg onnaukeurig
• DNA polymerase prrofreading fouten

Question 13

Waardoor is DNA replicatie normaal nauwkeurig?

Answer 13

• base- selectie
• proofreading (nucleotiden weghalen en repareren)
• ## mismatch reparatie ( wordt ingezet als er toch een probleem is)

Question 14

Hoe kan een mismatch reparatie defect worden aangetoond?

Answer 14

• immunohidtochemische kleuring, er is bij een tumor namelijk een MSH6 expressie
• microsatellite instability assay, door deletie en inserties zullen delen namelijk langer en korter zijn, dit kan je op een PCR bekijken

Question 15

Wat zijn oorzaken van coloncarcinoom?

Answer 15

• sporadisch 75%
• familiar zonder weten wat het onderliggende probleem is 18%
• LYNCH 5%
• IBD 1%
• FAP1%

Question 16

Wat zijn risicofactoren van LYNCH syndroom?

Answer 16

• lifetime tot 70%
• vaak jonger dan 50
• rechtszijdige tumoren
• bij 25% meer dan 1 tumor

Question 17

Wat zijn de surveillance adviezen bij Lynch?

Answer 17

• vanaf 25 1x per 2 jaar colonoscopie en bij vrouwen ook naar endometrium kijken
• andere kankersoorten wordt niet naar gekeken dit blijkt zonde van de tijd en geld

Question 18

Wat kunnen we doen als er iets gevonden is?

Answer 18

vaak hele colon eruit vooral op jonge leeftijd om nieuwe incidenten te voorkomen.

Question 19

War doet etoposide?

Answer 19

remt topoisomerase 2 die normaal zorgt dat DNA strengen loskomen door elkaar te trekken. De remming zorgt dat de nreuk niet meer aan elkaar kan

Question 20

Wat is synthetische letalitiet?

Answer 20

reaparatie in normale en tumorcellen uit maar die in normale cellen nog aan

Question 21

Hoe groot moet de kanker zijn om symptomen te krijgen?

Answer 21

meer dan 1 gram (10^9 cellen en 1 cm^3)

Question 22

Hoe lang tot de eerste klachten komen?

Answer 22

3/4 van ontstaan tot overlijden en dit is gem 5 jaar

Question 23

wat is de top 5 kankers?

Answer 23

• borst/ prostaat
• huid
• long
• darm

Question 24

Welke kanker heeft meeste nieuwe gevallen?

Answer 24

huid

Question 25

Welke kanker meeste dood?

Answer 25

long

Question 26

Waarom zou je wel diagnostiek willen doen?

Answer 26

- snel juiste diagnose --> juiste therapie --> betere overleving - tevreden patient

Question 27

Waarom zou je geen diagnostiek willen doen?

Answer 27

- fout- positieven uitslagen - onnodig diagnostiek ( iatrogene schade) - pschygische belasting - vals gevoel van veiligheid

Question 28

Wat zijn algemene/ metabole symtpomen bij colon carinoom?

Answer 28

- vermoeid - gewichtsverlies - koorts - algehele malaise

Question 29

wat zijn symptomen van een primaire tumor bij colon carcinoom?

Answer 29

- zwelling - rectaal bloedverlies - veranderd deficatie patroon

Question 30

Wat zijn symtomen van metastasen?

Answer 30

- lymfeklierzwelling - botpijn

Question 31

Met hoeveel waterstofbruggen zijn A en T verbonden?

Answer 31

2

Question 32

Met hoeveel waterstof bruggen zijn C en G verbonden?

Answer 32

3

Question 33

5 voorbeelden van toepassing van DNA sequencing in de oncologie

Answer 33

- differentiaal diagnostiek - therapiekeuze - clonaliteitsanalyse --> metastase of 2e primaire tumor - oncogenetica - weefselidentificatie --> van welke patient is het

Question 34

Wat is VAF?

Answer 34

variant allel frequentie: aantal malen dat een variant op een specifieke positie is gevonden, dit is afhankelijk van het gen en het tumorcelpercentage

Question 35

Wat is coverage?

Answer 35

het aantal malen dat een base- positie bepaald is --> hoe hoger de coverage hoe deeper gesequenced

Question 36

Hoe kijk je bij meer DNA?

Answer 36

minder diep

Question 37

Wat zijn kenmerken van next generation sequencing?

Answer 37

-single molecule - duizenden fragmenten - weinig DNA nodig - hoge gevoeligheid - poolen van samples - bio-informatica vereist

Question 38

Wat zijn kenmerken van sanger sequencing?

Answer 38

- mix van moleculen - 1 fragment - kleiner output - veel dna nodig - lage gevoeligheid - poolen niet mogelijk - eenvoudige analyse

Question 39

Wat is er aan de hand bij een toegenomen angiogenese?

Answer 39

een cel kan makkelijker bloedvaten aanleggen in zijn omgeving

Question 39

Welke mutatie zorgt ervoor dat RAS continu aan staat?

Answer 39

glutamine 61 of glycine 12. Dit is een proto oncogen

Question 40

Door wat voor soort mutaties kan allemaal kanker ontstaan?

Answer 40

- groeibevorderende genen - groei remmende genen - genen betrokken bij dna reparatie en replicatie - genen betrokken bij metastasen en angiogenese - genen betrokken bij therapie resistentie

Question 41

Wat zijn epigenetische veranderingen?

Answer 41

de structuur van het dna is aangepast en niet de code door DNA methylatie of histon modificatie

Question 42

Wat is een spontane hydrolyse?

Answer 42

N- glycolyse binding gaat verbroken waardoor er geen base ergens zit --> gedepurineerde suiker. het wordt dan bij replicatie overgeslagen dus is er een deletie

Question 43

Wat is deaminatie van basen?

Answer 43

een aminogroep verdwijnt waardoor er een andere base komt te zitten

Question 44

Hoe werken indirecte DNA beschadigingen?

Answer 44

chemische stof moet in de cel eerst metabool geactiveerd worden

Question 45

Wat is een chemisch adduct?

Answer 45

beschadiging doordat een chemische stof bindt aan een nucleotide, ze kunnen de dubbele helix verstoren maar sommige doen dat niet

Question 46

Welke intrastreng crosslinks zijn er?

Answer 46

- uv licht geinduceerd: cyclobutaan pyrimidine dimeer met 2 crosslinks of een 6-4 fotoproduct met 1 crosslink - cisplatine: chloor groepen hiervan binden aan 2 guanine naast elkaar

Question 47

Wat is een interstreng crosslink?

Answer 47

link tussen 2 verschillende strengen

Question 48

Wat veroorzaakt voornamelijk enkelstrengs DNA breuken?

Answer 48

oxidatieve DNA schade

Question 49

Wat veroorzaakt voornamelijk dubbelstrengs DNA breuken?

Answer 49

ioniserende straling

Question 50

Hoe worden chemische adducten gerepareerd?

Answer 50

dubbele helix verstoord: NER Nier verstoord: BER

Question 51

Hoe worden intra streng crosslinks gerepareerd?

Answer 51

NER

Question 52

Hoe worden interstreng crosslinks gerepareerd?

Answer 52

HR (homologe recombinatie)

Question 53

Hoe worden DNA streng breuken gerepareerd?

Answer 53

enkelstreng: BER dubbbel: NHEJ (niet- homologe eindverbinding) en HR

Question 54

Hoe worden basenpaar mismatches gerepareerd?

Answer 54

MMR (mismatch reparatie)