Wouter Suring Transcriptomics deel 2

Question 1

Wat is Transcriptionele variatie?

Answer 1

Verschillen in genexpressie tussen: cellen/weefsels en individuen.

Question 2

Verschillen in expressie profielen kunnen geassocieerd zijn met genetische variatie door:

Answer 2

• Regulatoire elementen in het genoom –> regio’s die zorgen dat een gen harder of zachter aan staan.

Bijvoorbeeld
- Verschil in UGT2B17 expressie tussen Aziatische en Europese individuen is geassocieerd met een gendeletie in Aziatische personen

Question 3

Wat is een Isovorm van een eiwit?

Answer 3

Eiwitten die kunnen ontstaan door verschillende combinatie van exonen. Mogelijk verschillen in isovormen die bruikbaar zijn in het forensisch onderzoek.

Question 4

Wat zijn eigenschappen van MicroRNAs?

Answer 4

• Kort (meestal 20-24bp)
• Single-stranded
• Noncoding
• Weefselspecifiek

Question 5

Wat zijn beperkingen van de identificatie van lichaamsvloeistoffen?

Answer 5

• Hoge sensitiviteit. Lage specificiteit door kruisreacties met andere lichaamsvloeistoffen.
• Vaak destructief.
• Nog geen goede protocollen.
• Geen universele test.

Question 6

Wat betekenen hoge sensiviteit en lage specifiteit?

Answer 6

hoge sensiviteit = weinig vals negatieven.

lage specifiteit = veel vals positieven.

Question 7

Hoe ziet de ideale forensische test eruit?

Answer 7

• Sensitief, specifiek, niet destructief, universele test voor alle vloeistoffen & efficiënt.

Question 8

Wat zijn eigenschappen van mRNA en microRNA?

Answer 8

mRNA

• Snelle degradatie
• Met name een probleem onder slechte omstandigheden.

microRNA

• robuuster dan mRNA door kleinere grootte
• weefselspecifiek
• DNA en RNA en microRNA kan tegelijk worden geïsoleerd.

Question 9

Wat zijn andere toepassing van microRNA op basis van expressie?

Answer 9

• Identificatie van orgaanweefsel
• Leeftijdsbepaling
• Leeftijd van vlekken