1
Q
quorum sensing
A
bacterien passen hun genexpressie aan op de populatiedichtheid -> dichtheid hoger -> aggregatie -> fruiting body
2
Q
Celsignalering van gist
A
gist halpoid a en alfa scheiden mating factoren uit en kunnen dan fuseren tot diploide cel
3
Q
cell junctions
A
diffusie door kanaaltjes, gap junctions (d), plasmodesmata (p)
4
Q
cell-cell recognition
A
moleculen en eiwitten op oppervlak binden aan elkaar
5
Q
paracrien
A
lokale celcomminucatie, scheidt regulator uit
6
Q
autocrien
A
als regulator aan zn eigen cel bindt
7
Q
endocrien
A
lange afstand celcomminucatie, hormonen, specifieke binding met receptor
8
Q
G-eiwit uit -> aanzetten
A
GDP gebonden -> GEF GDP loslaten en GTP binden
9
Q
G-eiwit aan -> uitzetten
A
GTP gebonden -> hydrolyseert zelf GTP naar GDP + Pi
10
Q
Fosforylering uit -> aanzetten
A
ongefosforyleerd -> kinase zet fosfaat van ATP naar eiwit
11
Q
fosforylering aan -> uitzetten
A
fosfaat gebonden -> fosfatase verwijdert fosfaat
12
Q
4 stappen GPCR
A
- Ligand bindt
- G-eiwit bindt receptor en wisselt zijn GDP voor GTP
- Receptor inactief, G-eiwit activeert enzym
- G-eiwit hydrolyseert GTP naar GDP, systeem uit
13
Q
4 stappen TKR
A
- Ligand bindt
- de 2 receptoren vormen een dimeer
- cross-fosforylatie op tyrosine-residue
- ze binden relay moleculen
14
Q
fosfatase
A
kunnen fosfaat verwijderen
15
Q
kinase
A
kunnen moleculen fosforyleren
16
Q
second messenger
A
klein, geen eiwit, water oplosbaar, molecuul of ion
17
Q
protein kinase A route
A
epinephrine bindt aan GPCR -> G-eiwit activeert Adenylyl cyclase -> vormt cAMP -> activeert kinase A
18
Q
adenylyl cyclase
A
zet ATP om in cAMP
19
Q
cAMP
A
activeert kinase A, wordt afgebroken door phosphodiesterase
20
Q
phosphodiesterase
A
breekt cAMP af
21
Q
Phospholipase C route
A
ligand bindt aan GPCR -> G-eiwit activeert phospholipase C -> zet PIP2 om in DAG en IP3 -> IP3 zet IP3-gated calcium channel open van ER -> Ca in cytoplasma
22
Q
Phospholipase C
A
zet PIP2 om in DAG en IP3
23
Q
scaffold eiwit
A
organiseert kinasen
24
Q
apoptose
A
geprogrammeerde cel zelfdood
25
stappen van apoptose
Celcomponenten worden gekliefd en in blobs gedaan die opgeruimd worden door scavenger cellen
26
scavenger cellen
ruimen blobs op bij apoptose
27
Caspases
eiwitten in C. elegans apoptose die andere eiwitten activeren door klieving
28
genoom
alle genetische info in een cel
29
chromosomen
dna moleculen die uit chromatine bestaan
30
chromatine
dna en eiwitten
31
s-fase
chromosomen gerepliceerd
32
waarmee zitten de zusterchromatinedraden aan elkaar?
cohesine eiwitten
33
centromeer
req dna seq, gebonden door spec eiwitten
34
celcyclus fasen
m-fase en interfase
35
fasen van mitose
profase, prometafase, metafase, anafase, telofase
36
profase
start chromosoom condensatie, start vorming mitotische spoelfiguur, nucleoli verdwijnen
37
prometafase
kinetochoren vorming, kernenvelop fragmenteert, (niet)kinetochore microrubuli vormen, chromosoom condensatie
38
metafase
spoelfiguur gevormd, chromosomen op metafase plaat, kinetochoren aan microtubuli
39
anafase
klieving cohesine eiwitten door separase, kinetochore microtubuli korter, non kinetochore microubuli langer
40
separase
klieving cohesine eiwitten, trekt zusterchromatiden uit elkaar
41
telofase
kernenvelop vormt uit fragmenten van de oude, nucleoli vormen, chromosoom decondensatie
42
3 delen mitotische spoelfiguur
kinetochore en niet-kinetochore microtubuli, aster
43
aster
kleine korte microtubuli 'achter' het centrosoom
44
cytokinese
deling van cytoplasma/in 2 splitsen
45
cytokinese bij dieren
cleavage furrow -> aan cytoplasma-kant ring van actine met myosine
46
cytokinese bij planen
blaasjes van golgi langs microtubuli naar midden cel -> fuseren -> vormen celplaat -> fuseert met celmembraan en celwand
47
MPF
cyctine B en Cdk1 complex, starten M-fase
48
cycline
regulatie celcyclus, concentratie fluctueert
49
cdk
regulatie celcyclus, concentratie constant
50
G1 checkpoint
belangrijkste, als geen doorgang gaat de cel in G0-fase
51
G2 checkpoint
checkt DNA schade, mitose begint pas als hersteld
52
M checkpoint
pas als alle chromosomen aan spoelfiguur zitten
53
griffith experiment
suggesting that bacteria are capable of transferring genetic information through a process known as transformation
54
hershey-chase experiment
Is eiwit of DNA de erfelijke component? → radioactief DNA, eiwitten → radioactief DNA bij nakomeling, eiwit niet → dus DNA!
55
Rosalind Franklin
röntgendiffractie van DNA
56
James Watson en Francis Crick
dubbele helix met suikerfosfaat buiten, stikstofbasen binnen → pyrimidines ⇒ C,T,U, Purines ⇒ 2 ringen, A,G.
57
semi-conservatieve replicatie
beide dochtercellen hebben 1 oude en 1 nieuwe streng
58
dispersief
dochtercellen hebben allebei stukjes oud en nieuwe streng
59
conservatief
1 dochtercel 2 oude strengen, andere dochtercel 2 nieuwe strengen
60
in welke vorm wordt de nucleotide bij DNA replicatie aan de streng gezet?
dXTP
61
pyrofosfaat
komt vrij bij binding nucleotide aan 3' (OH) kant van streng
62
helicase
trekt/draait DNA strengen uit elkaar bij DNA replicatie
63
topoisomerase
spanning door uit elkaar draaien DNA weghalen (tijdelijk knippen)
64
single-strand binding proteins
voorkomen dat strengen weer aan elkaar gaan
65
primase
maakt RNA primers die DNA polymerase nodigt heeft om te beginnen
66
synthese van de leading strand
primase maakt RNA primer, DNA pol III continue DNA synthese tot ze bij volgende bubble aankomen
67
Synthese van lagging strand
primase maakt RNA primer, DNA pol III maakt Okazaki fragmenten, DNA pol I vervangt RNA van primers met DNA, DNA ligase dicht het gaatje tussen DNA v DNA pol III en DNA v DNA pol I,
68
proofreading
tijdens replicatie checken
69
mismatch repair
repareert insertie, deletie en meer
70
nucleotide excision repair
nuclease knipt foute DNA eruit en dan vult DNA pol het weer op en DNA ligase lijmt
71
het 'end-problem'
Eerste RNA primer kan niet worden vervangen met DNA, want kan alleen aan 3’ kant → steeds kortere chromosomen
72
telomerase
vult telomeren aan, alleen cellen die onbeperkt moeten kunnen delen hebben dit
73
telomeren
repeat-sequenties, beschermen tegen verlies van info en ongeremde celdeling
74
prokaryoot genoom
vooral DNA, klein deel eiwit. Het is circulair en gemiddeld 1 mm lang, supercoil, nucleoid
75
genoom eukaryoot
chromatine => eiwit en dna, lineair in chromosomen
76
chromatine
dna gebonden om histonen
77
histonen
kort eiwit ong 100 AZ met + lading staart die kan modificeren voor regulatie van genexpressie
78
nucleosoom
150 baseparen DNA 2x gedraaid om 8 histoneiwitten
79
euchromatine
minder strak verpakt -> kan transcriptie plaatsvinden
80
heterochromatine
strak verpakt -> geen transcriptie (telomeren, centromeer)
81
nucleaire lamina
binnenkant kernmembraan, hier hebben chromosomen tijdens de interfase vaste locaties aanvast
82
condensin II
lussen DNA
83
condensin I
kleinere lussen inde lussen van condensin II
84
redundant
meerdere codons kunnen hetzelfde AZ coderen
85
centrale dogma prokaryoot
alles in cytoplasma: transcriptie en translatie
86
eukaryoot
celkern: transcriptie en RNA processing, daarna naar het cytoplasma voor translatie
87
initiatie transcriptie prokaryoot
rna pol bindt aan promotor (specifieke sequentie dna)
88
initiatie transcriptie eukaryoot
25 upstream van start zit de TATA box, waar TATA Binding Proteins en TF's aan binden waardoor RNA pol II kan binden, wat het transcriptie initiator complex vormt waarna rna pol II TF loslaat en RNA gaat synthetiseren
89
elongatie transcriptie
meerdere RNA pol tegelijk, de UTR's worden ook overgeschreven
90
terminatie transcriptie prokaryoot
rna pol stopt bij de terminator (dna seq)
91
terminatie transcriptie eukaryoot
polyadenylatie site (AAUAAA) wordt herkend door endonuclease en die knippen 10 tot 35 nt downstream -> wordt polyA staart. RNA pol gaat door maar wordt geremd door exonucleases die hem inhalen
92
polyadenylatie site
AAUAAA
93
mRNA processing
pre-mRNA modificeren om te beschermen in cytoplasma: capping, polyA staart en splicing
94
capping
aan de 5' kant zit een gemodificeerde GTP die ribosomen helpt binden, de export naar cytoplasma stimuleert en tegen nucleases beschermd
95
splicing
intronen verwijderen uit pre-mRNA en exonen aan elkaar binden. dit doen de spliceosomen. zorgt voor alternatieve splicing en dus variatie
96
spliceosomen
ribozymen die splice sites herkennen en naar elkaar toe brengen, de katalyseren de splicing reactie
97
ribozym
rna met enzymatische werking
98
exon
coderend rna
99
intron
niet coderend rna
100
tRNA
transfer RNA, het brengt AZ over op polypeptideketen in ribosoom. Het heeft een anticodon.
101
aminoacyl-tRNA synthetase
maakt covalente binding (energie van ATP) tussen AZ en tRNA
102
wobble posisite
3e base van codon heeft minder invloed dan eerste of tweede
103
ribosoom
ribosomale RNA's en eiwitten, grote en kleine subunit
104
E tRNA site
exit, tRNA laat los
105
P tRNA site
peptidyl, hier zit tRNA met polypeptideketen eraan
106
A tRNA site
aminoacyl tRNA -> tRNA en AZ binden
107
translatie initiatie prokaryoot
kleine subunit vormt complex met: initiator tRNA en mRNA op spec seq even voor startcodon → plek waar mRNA bindt ⇒ Shine Dalgarno-sequentie
108
initiatie translatie eukaryoot
kleine subunit bindt aan initiator tRNA en daarna mRNA op 5’ cap en scant dan naar eerste startcodon
109
translation initiation complex
grote subunit ribosoom bindt aan de kleine na initiatie, dit kost GTP
110
polyribosoom
meerdere ribosomen tegelijk bezig
111
silent mutatie
hetzelfde AZ
112
missense mutatie
ander AZ
113
nonsense mutatie
voortijdig stopcodon
114
frameshift mutatie
insertie of deletie, alle AZ anders
115
mutagenen
straling/stof die mutaties veroorzaakt
116
CRISPR-Cas9
Cas9 eiwit uit CRISPR systeem van bacteriën tegen virus-infecties → kan specifieke DNA seq knippen (die overeenkomt met zijn ‘guide RNA’) → genen uitschakelen of stuk DNA tussen plakken.
117
repressible operon
productie stoppen als het product er al is
118
operon
alle genen betrokken bij dezelfde metabole pathway, als deze aan is, is het een lang mRNA => polycistronisch mRNA met meerdere leesramen
119
constitutief
gen dat altijd tot expressie komt
120
trpR-gen
constitutief, codeert voor trp Repressor -> actief trp repessor complex -> bindt aan operator -> rna pol geblokkeerd
121
repressor
bindt aan operator en blokkeert dan RNA pol
122
corepressor
bindt aan repressor -> samen actief repressor complex -> op operator -> rna pol geblokkeerd
123
operator (trp)
rna, seq in operon voor open leesramen
124
tryptofaan afwezig
repressor inactief -> wel trp synthese
125
tryptofaan aanwezig
actief trp repressor complex -> geen trp synthese
126
lactose metabole pathway
aan als lactose aanwezig is en glucose afwezig
127
inducible operon
synthese bij aanwezigheid inducer -> bindt aan repressor -> repressor kan niet op de operator dus wel synthese
128
Afwezigheid lactose
repressor bindt aan operator -> operon uit -> RNA pol geblokkeerd
129
aanwezigheid lactose
repressor bindt aan allolactose (inducer) → inactief → geen repressor op operator → wel transcriptie en dus synthese
130
afwezigheid glucose
cAMP niveaus hoog → binden aan CRP (⇒ cAMP Receptor Protein) → bindt lac-promoter en stimuleert binding RNA pol
131
aanwezigheid glucose
cAMP niveaus laag → niet binden aan CRP → geen binding v RNA pol aan lac-promoter.
132
regulatie chromatine structuur manieren
histon modificatie, dna-methylering, epigenetische overerving
133
histon modificaties
modificaties in histonstaarten -> methylatie, fosforylatie en acetylatie
134
acetylatie
opent chromatine structuur -> meer expressie
135
dna-methylering
covalente modificatie van DNA, vooral op cytosine, meestal op inactieve genen
136
epigenetische overerving
doorgeven histon- en dna-modificaties nageslacht
137
proximale controle elementen
zorgen dat algemene TF's goed kunnen binden
138
distale controle elementen
100+ bp van promotor, hier kunnen specifieke TF's aan binden
139
enhancers
specifiek, die stimulerend werken
140
activatoren
specifiek TF, stimuleert acetylatie chromatine
141
repressors
stimuleren de-acetylatie
142
mediator eiwitten
tussen algemene en specifieke TF in
143
DNA bending eiwitten
DNA organiseren
144
combinatorial control
verschil tussen celtypen waarbij andere genen tot expressie komen
145
ubiquitine
wordt aan eiwit gezet als deze afgebroken moet worden
146
miRNA
kan specifieke mRNAs binden om af te breken en translatie van specifieke mRNA blokkeren
147
siRNA
kan specifieke mRNAs binden om af te breken en translatie van specifieke mRNA blokkeren
148
piRNA
regulatie chromatine structuur
149
lncRNA
rol in X-activatie
150
celdeling
vorming meerdere cellen
151
celdifferentiatie
verschillende celtypen
152
morfogenese
celtypen op juiste plaatsen
153
cytoplasmatische determinanten
eiwitten en mRNA en cytoplasma oneerlijk verdeeld na deling
154
inductie
signaaltransductie na deling
155
determinatie
celtype vastgelegd
156
bicoid
morfogen voor anterior-posterior as bepaling -> hoge concentratie wordt hoofdkant. Fertilisatie triggert translatie bicoid en nurse cells doen transcriptie bicoid gene
157
proto-oncogenen
genen die kanker veroorzaken, als geen mutatie zijn ze betrokken bij celgroei en deling
158
activatie van poro-oncogenen
translocatie/transportatie zorgt voor meer delingen, gen amplificatie ook. mutatie in het controle element ook, mutatie in het gen -> ras -> overexpressie, epigenetische verandering kan het ook activeren.
159
tumor-suppressor gen
genen die kanker voorkomen, vaak bij DNA-repair en cel adhesie, bij mutatie kan kanker ontwikkelen omdat beschadigde cellen niet worden gestopt
xxxxxxxxxx
flashcards
Decks in class (7)
# Cards
