1
Q
protisten
A
eukaryoot, maar geen schimmel, plant of dier.
2
Q
Hoe komt een AM symbiose tot stand?
A
Hyfe groeit vanuit een spore gelegen nabij de tip van de wortel
Hyfe vormt een hyphopodium → hechting aan de worteltip
Groei ‘infection/penetration peg’ van hyphopodium → binnendringen wortel
Hyfen verspreiden in de wortelcortex:
→ groei intracellulaire arbuscules → in de cellen → stap 5: reorganisatie binnen de plantencel:
Nucleus verplaatst
Membraan vormt zich om vertakkende hyfen
Reorganisatie vacuole
→ groei intercellulaire hyfen tussen de cellen door
3
Q
lysogene cyclus
A
temperate faag, faag DNA integreren in bacterieel genoom –> profaag.-> meer geinfecteerde cellen dupliceren
4
Q
actieve spoorvorming verspreiding
A
turgordruk/hydrostatische druk
5
Q
Adaptieve / specifieke respons
A
ontwikkelt na contact pathogeen → snellere, sterkere specifieke reactie bij volgende infectie van die pathogeen door herkenning antigenen.
Humorale respons (B-lymfocyten)
Cellulaire respons (T-lymfocyten)
6
Q
virussen
A
genetisch materiaal, omgeven door eiwitmantel, kunnen organismen infecteren, klein
7
Q
Necrotrofen
A
plant parasiet → maken cellen gastheer eerst kapot voordat ze de inhoud opeten. brede gastheer range, facultatief. Plantgasteren niet volgoeid, heel oud of beschadigd. ongespecialiseerd, komt binnen via bestaande openingen/wonden en maat cellen dood. kan ook als saprotroof leven. makkelijk te isoleren en in culture te groeien
8
Q
wat zit in celwand hyfen
A
chitine (tensil strength), glucanen (elasticiteit) en celwand eiwitten voor signalering, transport, celherkenning, oppervlakte adhesie, pathogenese, bescherming, absorptie.
9
Q
succesvolle infectie biotrofen
A
Wanneer PTI, ETI en HR zijn overwonnen door biotrofe schimmels secreteren zij toxines en enzymen uit waarmee zij zich verder in de plant vestigen
Groei in en tussen plantencellen dmv hyfen, groei in plantencellen met haustoria ⇒ membranen van plantencellen blijven intact en faciliteren uitwisseling van moleculen
Modulatie planthormonen → infectie locatie onttrekt nutriënten en suikers aan de plant.
10
Q
retrovirus
A
virus met RNA als genetisch materiaal, bij infectie wordt eerst reverse-transctipase het RNA omzetten in DNA om te integreren.
11
Q
regulaite van het lac-operon
A
→ Geen lactose → Lacl repressor bindt aan operator en blokkeert transcriptie
→ Wel lactose → allolactose is inducer en bindt repressor → die is allosterisch dus laat dan los van operator
MAAR glucose is geprefereerde koolstofbron (v e. coli) dus eerst glucose op, dan pas lactose gemaakt.
12
Q
modified tetrapolar
A
2 mat loci, combi van 2 en meerdere mating types -> matA en mat alfa en matB1 tm matBx
13
Q
transcriptie in schimmels
A
TFs zorgen voor activatie of repressie. de tfs zijn afhankelijk van interne en externe cues die de conformatie ervan veranderen en dat bepaalt of die nog past
14
Q
IS elementen
A
voor integratie in genoom -> recombinatie tussen chromosoom en plasmide
15
Q
transformatie
A
opname dna uit omgeving. Recipientcel neemt DNA op en dan kunnen 2 dingen gebeuren:
1. het DNA gaat verloren omdat de cel het niet kan repliceren/omdat het een ORI mist
2. het heeft homologie met het chromosomale DNA vd cel -> dan recombinatie. maar dit komt in de natuur heel weinig voor, alleen met een complex en gereguleerd DNA import system die dan ook aan mote staan
16
Q
hyfen
A
vegetatieve schimmelcellen met sterke celwanden van chitine, hyfen vaak in compartimenten opgedeeld door septa pores ertussen. Ze groeien vanuit de tip dmv turgor en cytoskelet.
Kleur is asexuele sporen. Paddestoelen verspreiden sexuele sporen.
17
Q
fimbriae
A
haarachtige uitsteeksels vaak bij pathogene bacteriën voor aanhechting
18
Q
Rijk/ongedefinieerd medium
A
complexere ingrediënten → samenstelling onbekend.
19
Q
regulatie genexpressie door twee-componenten systemen
A
→ sensor,respons regulator, fosfatase
→ sensor kinase gaat zichzelf door signaal buitenwereld autofosforyleren → geeft fosfaatgroep door aan de response regulator → transcriptie targetgenen reguleren. Fosfatase kan die fosfaatgroep er weer af halen.
20
Q
obligaat pathogeen
A
kan levenscyclus niet voltooien zonder gastheer
21
Q
monocistronisch
A
genen hebben hun eigen specifieke promotoer. Eukaryoot. translate en transcriptie zijn gescheiden waardoor intron splicing, transport vanuit kern nodig is/kan
22
Q
bacteriocidale
A
doodt de cellen
23
Q
dimixis
A
1 mat locus, 2 mating types -> mat A en mat alfa
24
Q
viruelntiefactor
A
eigenschap of mechanisme van een micro-organisme die bijdraagt tot virulentie
25
transformatie
dna uit omgeving opnemen
26
viral shunt
mariene bacteriofagen transporteren zo koolstof door voedselweb en houden bacteriepopulaties onder contole
27
hoe begint rna polymerase aan transcriptie
bacterie: zonder transcriptiefactor
archaea en eukarya: rna pol herkennen de TATA box en hebben transcriptiefactor nodig om transcriptie te initieren
28
fytopathogenen bestrijden
Fytopathogenen bestrijden
→ Fungiciden
→ Resistente varieteten selecteren
→ Geen monocultures
→ voorkom schade en stress bij planten
→ mycorrhizale schimmels
→ biologische fungiciden → natuurlijke hyperparasiatire vijanden
29
Biofilm
gemeenschap v micro-organismen, bestaande uit 1 of meer soorten waarbij cellen zijn ingebed in een zelfgeproduceerde matrix van extracellulaire polymeren. quorum sensing en beweging spelen een rol
30
plasmiden
kleine, zelfreplicerende DNA ringen → enkele genen → metabolisme zeldzame nutriënten en antibiotica resistentie
31
wat zijn actieve strategien voor pathogeen om te infecteren
Actieve beschadiging van de mucosa door toxines of enzymen
Manipuleren gastheercel tot opname bacterie → Salmonella heeft type III secretie systeem ⇒ complex systeem in bacteriële celwand. Injectie (via soort injectienaaldje) van effectoreiwitten die gastheercel manipuleren, bij salmonella zorgen ze er bv voor dat er fagocytose optreedt. Veel plant- en dierpathogenen gebruiken dit systeem. Systeem werkt altijd hetzelfde, maar effectoreiwitten/ virulentiefactoren verschillen per pathogeen, het effect v injectie daarmee ook.
32
virome
alle virussen die je als mens in/bij je jebt
33
Conjugatie
cel-cel contact en DNA overdracht via pili (plasmide overdracht)
→ Donor cell (F+) maakt pilusstructuur (tra genen nodig) naar Recipient cell (F-) en dan wordt er bij de Origin of transfer in de plasmide een breuk gemaakt door het relaxosome → string afgewikkeld (t-DNA) → deel relaxosome (eiwitcomplex) laat los (deel wat nog vast zit heet relaxase) → wordt met behulp van een coupling factor getransporteerd door pilusstructuur heen naar F- cell → na aankomst wordt plasmide circulair gemaakt en daarna replicatie bij zowel ontvanger als donor cell → beide hebben tweestrengs plasmide DNA dus ze hebben beide F-factor (fertility factor) → beide cellen zijn F+ → pilussutructuur trekt terug.
→ F-factor ⇒ fertility factor van E. coli → zelf-overdraagbaar plasmide. Heeft:
→ tra genen → zorgen voor het kunnen maken van pilusstructuur en dus conjugatie (vir genen hebben homologie met de tra genen)
→.oriT ⇒ origin of transfer
→ IS elementen voor integratie in genoom → recombinatie tussen chromosoom en plasmide
34
biortrofen
plant parasiet → laten cellen gastheer intact, maar ontrekken wel nutrienten en suikers zonder iets terug te geven→ geavanceerde infectiestrategieën met speciale schimmelstructuren en eiwitten → daarna immuunsysteem manipuleren om nutrienten en schimmels te onttrekken
35
anastemoses
fusie van hyfen
36
Infectie
vermeerdering van een organisme in een gastheer
37
pilus
beweging, aanhechting, DNA opname, conjugatie
38
schimmels
heterotroof, meer verwant met dieren dan planten, vermenigvuldigen via sporen, chitine en glucaan in celwand, groeien als gist of in hun filamenteuze vorm
39
chemische aangeboren immunity 1e lijn
anti-microbiele secreties
40
4 fasen groeicurve bacterien op medium
Lagfase: de bacteriën passen zich aan aan de groeiomstandigheden
Logfase: de populatie groeit exponentieel (de y-as is een log-schaal, waardoor het een rechte lijn wordt)
Stationaire fase: de populatie heeft netto geen nieuwe bacteriën
Afstervingsfase: het aantal bacteriën neemt af
41
negatieve genexpressie regulatie
regulator is repressor die transcriptie blokkeert als die aan operator bindt. gereguleerd door effector --> die of als co-repressor werkt of als inducer
42
Regulatie van chemotaxis
→ Methyl-accepting receptoren in membraan nemen aanwezigheid attractants of repellents waar
→ signaal wordt via het 2componentensysteem CheA (sensor) en CheY (response regulator) doorgegeven
→ dit beïnvloedt de flagel draairichting en geen transcriptie zoals normaal gesproken.
→ receptoren worden door methylatie steeds ongevoeliger in aanwezigheid van een attractant
43
conjugatie
cel-cel contact, dna overdracht via pilus
44
antibioticasoorten
→ Bacteriostatisch ⇒ remt de groei
→ Bacteriocidale ⇒ doodt de cellen
→ Bacteriolytisch ⇒ doodt en lyseert de cellen
45
Hoe ontwijken pathogenen herkenning en fagocytose?
→ Maken van kapsel → schermt PAMP’s af
→ Modificeren PAMP → niet herkend
→ Intracellulair repliceren
→ Proteases → afbraak signaalmoleculen
→ Overleving van fagocytose
46
transmissie sporen
adaptatie optimale verscheiding en snelle kieming, niet lang houdbaar
47
passieve spoorverspreiding
wind, regen dieren
48
Verticale transmissie
symbiont doorgegeven van generatie naar generatie (vaak primair)
49
Genen en chemische verbindingen betrokken bij EM symbiose
Wortels scheiden strigolactones uit → signaal voor EMF dat wortels nabij zijn
Hyfen hechten aan de wortelcellen met behulp van adhesins
EMF secreteert effector MiSSP7 (homoloog van SP7) → remt plant TFs die gastheer defense genen activeren
EMF hydrofobines bedekken de mantel → voorkomen uitdroging
EMFs produceren transporteiwitten, vooral glucose = meer opname glucose vanuit photosynthaat → wortels worden koolstof sinks.
50
chemotropisch gedrag in schimmels
gepolariseerde groei van hyfen. Bij een lange afstand VOCs, kortere afstand DOCs
51
Genen en chemische verbindingen betrokken bij AM symbiose
→ Wortels scheiden sitrigolactones uit → signaal voor AMF dat er wortels nabij zijn
→ Schimmel scheidt myc factoren uit → zet symbiotische interactie in gang (door transcriptie om schimmelinvasie af te wenden te stoppen en dat juist symbiosegenen aan gaan). myc f van schimmel chitine:
Lipo-polysaccharides
Chito-oligosaccharides
→ Interactie met plant LysM receptor → calcium spike → transcriptie van symbiose genen in de plant
→ AMF secreteert effector SP7 → remt plant TFs die gastheer defense genen activeren.
52
luxI
regulatie quorum sensing, maakt autoducer --> klein molecuul, N-acylhomoserine lactone (AHL)
53
wat voor enzymen hebben virussen
- afbraak celwand
- rna-dependent RNA polymerase als het virus RNA heeft, want dat kan de gastheercel niet altijd lezen.
54
gram negatief
dunnere peptidoglycaanlaag in celwand + extra buitenmembraan, rood zichtbaar want kristalviolet makkelijk weggewassen.
55
budding yeast
asexuele budding die uit septin ring groeit -> growing bud -> wordt daughter cell, de septin ring wordt myosin ring -> septin slitting. bud altijd aan dezelde kant, laat litteken achter
56
dna import systeem
van type IV pili, systeem van 10 eiwitten nodig om te maken. hij moet aan staan om natuurlijke transformatie te laten plaatsvinden maar hij staat vaak uit want risicovol.
57
binary fission
asexuele vermeerdering (begint bij ORI) zonder mitose of meiose
Genetische variatie door mutatie, genetische recombinatie (transformatie, transductie en conjugatie)
58
toepassingen restrictie-modificatie systeem
Recombinant DNA technology → DNA knippen en plakken (ligeren ⇒ stuk DNA kan tussen 2 sticky ends geplakt worden) om genetisch te modificeren + onderzoek genfuncties
DNA fingerprinting → restrictie-enzymen creëren unieke DNA profielen.
59
disease triangle
als 1 vd factoren 0 is --> geen ziekte
1. pathogeen, hoe virulent deze is, en hoeveel sporen in omgeving voorkomen, stadium infectiecyclus
2. Vatbaarheid gastheer → variatie in leeftijd, kracht, immuunsysteem, microbioom, genotype
3. Omgeving → temp, luchtvochtigheid, pH, nutrienten → invloed op pathogeen en gastheer
60
levenscyclus plant pathogeen
spooradhesie en kieming -> schimmelsporen herkennen plantmateriaal en vormen kiembuis/eerste hyfe -> vormt gespecialiseerd penetratiestructuur => het appressorium -> produceert een penetration peg -> dringt plant binnen dmv turgordruk en enzymen die plantmateriaal afbreken. peg vormt uiteindelijk bij biotrofen een intracellulaire structuur => het hausotrium
61
wat doet de sigma factor
zorgt ervoor dat rna-pol aan dna kan binden door promotor te herkennen. hij herkent de Pribnow-box en het TTGACA. alternatieve sigmafactoren zorgen voor het aanzeztten van andere ptromotors want ze herkennen andere seq. speelt een rol bij genexpressie
62
archaea
extreme condities overleven, geen kern of membraanomgeven organellen, circulaire chromosomen, geen peptidoglycaan in celwand. Lijken qua transcriptie en latie meer op eukaryoten, ze hebben een flagel maar apart geëvolueerd van die van bacteriën. Methanogenen vallen onder archaea.
63
rna polymerase in bacerien
5 subunits -> samen het core enzyme, wat voor elongatie zorgt. maar die kan niet binden aan DNA zonder de sigma factor
64
lytische cyclus
virulente en temperate faag, eindigt met lysie
65
hoe heet het fuseren van hyfen
plasmogamie of anastomose
66
Pribnowbox
TATA box die op -10 positie ligt in promotor tov transcriptiestart
67
targets voor antibiotica
→ celwand synthese
→ groeifactoren
→ eiwitsynthese
→ nucleïnezuur synthese
68
voordelen biofilm:
→ blijven op gunstige locatie
→ cellen dicht op erlkaar → quorum sensing en horizontale genoverdracht
→ cellen kunnen samenwerken
→ bescherming tegen predatie, immuunsysteem en antimicrobials → persistorcellen worden gevormd
69
holoenzyme
core enzyme en sigma factor samen
70
Hoe ontwijken pathogenen herkenning door het adaptieve immuunsysteem?
→ antigenen variatie
Mutaties
Aan en uitzetten van genen
71
host range
welke gastheercellen een virus kan infecteren (combi eiwitten op virus + receptor)
72
inducer
als effector aanwezig is, laat repressor los
73
tra genen
zorgen voor het kunnen maken van pilusstructuur en maken dus conjugatie mogelijk. (homologie met vir genen)
74
wat zit er allemaal in een virus
erfelijk materiaal, capsid, enzymen, (soms envelop)
75
TTGACA
deel promotor die sigmafactor herkent. ligt op -35 tov transcriptiestart
76
core enzyme
5 subunits vormen rna polymerase bij bacterien
77
opportunistisch / facultatief pathogeen
vrij levend, maar ziekte kan veroorzaken onder bepaalde omstandigheden als de normale afweer niet meer goed werkt.
78
Bifactorial diaphoromixis
2 mat loci (matA en matB), meerdere mating types -> matA1 tm matAx en matB1 tm matBx
79
hoe bewegen bacterien bij chemotaxis
runs en tumbles, richting attractants of van repellents af maar niet in een rechte lijn. ze bewegen door flagel of type IV pili
80
human endogenous retrovirus elements
overblijfselen van retrovirussen die hun genetische info in DNA v mens geintegreerd hebben
81
Aangeboren / a-specifieke respons
herkent algemene patronen v pathogenen, reageert meteen
Uitwendige barrières (huid, mucosa)
Inwendige cellulaire en chemische afweer (fagocyten)
82
Schimmels zijn absorptieve heterotroof
scheiden enzymen uit die macromoleculen afbreken tot kleinere moleculen die ze dan opnemen. Vooral bij actief groeiende hyfen, waarna ze door de pores getransporteerd worden.
83
wat voor genen vaak horizontal gene transfer
secundaire genen of resistentiegenen
84
MacConkey-medium
selectief voor gram-negatieve bacteriën + kleurt roze als lactose vergist.
85
Hoe herkennen fagocyten pathogenen
→ Membraan-geassocieerde Toll-like receptoren → Herkennen en binden aan ‘pathogen-associated molecular patterns ⇒ PAMPS → LPS, peptidoglycaan, flagelline, dubbelstrengs RNA, B-glugaan → binding is de trigger voor fagocytose, signalering en ontstekingsreactie.
86
Bacteriostatisch
remt de groei
87
minimaal/gedefinieerd medium
bekende hoeveelheden v alle ingrediënten
88
virulentie
mate waarin een micro-organisme ziekte kan veroorzkaen
89
risico's van anastomose met een ander individu
transmissie ziekten, selfish genetic elements, slechte genetische info, defecte mitochondrien
90
beschermingsmechanismen anastomose schimmel
1. vegetatieve incompatibility locus (vic locus) -> herkennen of een hyfe van jezelf is of niet
2. Heterokaryon incompatibility loci (het loci) -> geprogrammeerde celdood, soms helpen mat loci daarbij
3. Vegetatieve incompatibilieit -> zodra schimmel merkt hey dit zijn slechte kernen doet die celdood van fuserende en naastgelegen cellen -> de porien in de septa sluiten en er worden vacuoles gevormd, die proteases loslaten
4. spoorvorming -> wegkomen
91
Eavesdropping
afluisteren andere organismen - signalen onderscheppen die niet voor jou bedoeld zijn → waarnemen autoinducers van andere bacteriën/fagen/eukaryoten.
92
ziekte
de schade / symptomen
93
Hoe ziet het erfelijk materiaal van virussen eruit
ssDNA, dsDNA, ssRNA, dsRNA in cel gewoon
94
Horizontale transmissie
gastheer krijgt symbiont vanuit omgeving (vaak secundair)
hoe afhankelijker de symbiont, hoe kleiner het genoom
95
succesvolle infectie necrotrofen
Wanneer PTI is overwonnen, secreteren necrotrofen:
Toxines die lesies, lekkage en celdood kunnen veroorzaken
Enzymen die necrose veroorzaken
Hydrolytische en pectolytische enzymen die cellekkage veroorzaken → verminderde celturgor
Necrotrofen absorberen vervolgens de inhoud van deze kapotte cellen.
96
microbiota
Alle micro-organismen in en op het lichaam (darm-, mond-, huidmicrobiota etc.)
97
Infectie
inter-organisme interactie waarbij micro-organisme een levend organisme (gastheer) is binnengedrongen, en zich daar dusdanig vermenigvuldigt dat gastheer nadeel ondervindt in functioneren.
98
kataboliet repressie
genen andere koolstofbron staan uit als de geprefereerde koolstofbron aanwezig is.
→ positief gereguleerd door activator CRP (cAMP receptor protein)
→ glucose conc reguleert intracellulaire cAMP levels, zodat glucose als fav koolstofbron gebruikt wordt.
→ aanwezigheid glucose → lage cAMP levels
→ afwezigheid glucose → hoge cAMP levels → cAMP bindt aan CRP (cAMP receptor protein, een activator) → bindt aan activator-binding site vd promoter → RNA-pol kan binden → transcriptie.
99
beweging door flagellen
van flagelline door rotatie zoals een propeller → veel energie ← via motoreiwitten waar protonen doorheen stromen. De motorswitcheiwitten zorgen dat flagel andere kant op gaat draaien.
100
DNA/RNA vaccin
genetisch materiaal dat codeert voor een antign
101
aangeboren structuele immunity (1e lijn)
epidermis/huid, mucosa - epidermis / cuticula
102
postulaten van Koch
Bewijs voor verband tussen ziekte een een micro-organisme:
De verdachte ziekteverwekker moet worden aangetroffen in alle zieke en niet in gezonde organismen
De verdachte ziekteverwekker moet worden verkregen in reincultuur
Cellen van de reincultuur moeten gezonde organismen ziek maken
Uit de zieke dieren moeten de verdachte ziekteverwekker weer geïsoleerd kunnen worden
maar de postulaten werken niet altijd
asymptomatische dragers, opportunistische pathogenen
niet ieder organisme kan gekweekt worden, obligate pathogenen
niet ethisch → goed modelsysteem nodig, opportunistische pathogenen
103
fission yeast
asexuele deling, wel mitose
104
F factor
fertility factor, zelf overdraagbaar plasmide heeft tra genen, oriT, IS elementen.
105
het loci
geprogrammeerde celdood, soms helpen mat loci daarbij
106
bacterien
geen kern of membraan omgeven organellen, circulair chromosomen + plasmiden, flagel, meestal peptidoglycaan in celwand
107
vic locus
vegetatieve incompalitibily => herkennen of hyfe van jezelf is of niet
108
hoe bindt rna polymerase bij bacterien aan dna
sigmafactor bindt op de 2 plekken (Pribnow-box -10 en TTGACA op -35), dan bindt core enzym eraan op stranscriptie te starten, dan laat sigma factor los en gaat core enzym elongeren (transcriptie uitvoeren)
109
animale virussen
sommige hebben geen last van deze virussen, andere worden heel ziek
110
subunit vaccin
delen van pathogeen zoals kapsel of gezuiverde eiwitten
111
Afhankelijkheid symbiont en gastheer:
→ Vanuit gastheer:
Primair ⇒ gastheer afhankelijk van symbiont (vaak specifiek orgaan)
Secundair ⇒ gastheer kan zonder symbiont
→ Vanuit symbiont
Obligaat ⇒ gastheer nodig voor levenscyclus
Facultatief ⇒ kan zonder gastheer
112
bacteriolytisch
doodt en lyseert de cellen
113
metabarcoding
microbiota detectie met 16s en ITS
114
wat zijn passieve manieren waarop pathogeen kan infecteren
wond, insectenbeet
115
positieve genregulatie
regulator is een activator -> maakt transcriptie mogelijk door aan activator binding site te binden. een effector reguleert de activator
116
Wat zijn de functies van de reverse transcriptase en de integrase?
En worden deze enzymen gecodeerd in virale genen of gastheer
genen
Ook reverse transcriptase om RNA om te zetten in DNA. En integrase, wat het cDNA in het genoom van de gastheercel integreert -> provirus. beide gecodeerd in virale genen want gastheer heeft zlef niet nodig
117
barrier immunity plant pathogeen
fysieke en chemische barrieres tegen schimmels waar plant niet gevoelig voor s
118
CRISPR
Clustered Regularly Interspaced Short Palindromic Repeats
Spacers (ong 36 nucleotiden) ⇒ tussen de repeats → steeds andere sequentie. seq lijken op mobiele elementen (bacteriofagen) en plasmiden → betrokken bij afweer dus.
Repeats (ong 31 nucleotiden)
Leader ⇒ AT-rijke sequentie, hier ligt promotor
Cas-genen ⇒ coderen voor het Cas-eiwit → kan nucleotide verbindingen knippen
119
hemi-biotrofen
→ eerst biotroof maar doden dan gastheercellen. gespecialiseerd in 1 tot enkele gastheren. obligaat -> rustsporen als groeiseizoen voorbij is. plant gastheer alle leeftijgen. gespecialiseerde structuren zoals appressoria en haustoria. kan niet overleven als saprotroof, overleeft als rustsporen. moeilijk in culture te groeien zonder gastheer
120
gram positief
dikke peptidoglycaanlaag in celwand, houdt kristalviolet vast → rood gemaskerd
121
regulatie quorum sensing welke 2 genen
luxI en luxR
122
capsid
eiwitmantel van capsomers bij virussen
123
Door veranderen draairichting flagella kunnen ze draaien.
→ CCW (counterclockwise) → Run → rechtuit
→ CW (clockwise) → Tumble → draaiing om as
124
3 vormen horizontale gene transfer
transformatie, conjugatie, transductie
125
bacteriofaag
virussen die bacterien infecteren
126
primair pathogeen
een organisme dat door directe interactie ziekte kan veroorzaken in een gezonde gastheer
127
hershey chase experiment
dna is erfelijk materiaal, niet eiwitten
128
oriT
origin of transfer
129
Restrictie-modificatie systeem ⇒
Het modificatie-enzym kan DNA op spec seq methyleren, waardoor het niet meer geknipt kan worden door de restrictie-enzymen ← DNA beschermd tegen vreemd DNA, terwijl de restrictie-enzymen nog wel het vreemde DNA zullen knippen om het uit te schakelen (soms met sticky ends). 96% bacteriën en 99% archaea hebben dit systeem, met heel veel variatie.
130
chromosoom
klein genoom, circulair DNA in nucleoid region
131
envelop
animale virussen nemen stukje membraan gastheercel mee als ze deze verlaten waar virale eiwitten op zitten
132
Gespecialiseerde transductie
→ lysogeen, chromosomaal DNA naast de profaag wordt per ongeluk meegenomen bij het loskomen uit het chromosoom
→ Temperate fagen → lytische of lysogene cyclus
133
AMF
Arbuscular Mycorrhizal Fungi ⇒ schimmels groeien in wortels van planten, vertakking in cellen
→ Ontstaan AMFs voor ontstaan vasculaire planten → hielpen planten land te veroveren
→ AMFs associëren met alle plantengroepen → 70%+ van alle planten
→ AMF kolonisatie → 20% fotosynthese toename! → grote bijdrage koolstofcyclus
134
chemotaxis
waarnemen chemische signaalstoffen omgeving
135
unifactorial diaphoromixis
1 mat locus, meerdere mating tupes --> matA1 tm mat Ax
136
innate immunity plant pathogen
→ MAMPs / PAMPs ⇒ Microbe/Pathogen Associated Molecular Patterns binen aan PRRs ⇒ Plant Recognition Receptors en activeren PTI ⇒ Pattern Triggered Immunity
→ Effectoren kunnen PTI remmen om detectie te vermijden en plantencel manipuleren. NLRs herkennen effectoren:
→ ETI ⇒ Effector Triggered Immunity
→ HR ⇒ Hypersensitive Response
→ Celdood om pathogeen in te beperken
137
luxR
bindt autoinducer AHL en zet in gebonden vorm de lux genen aan, maar ook het luxI gen
138
Quorum quenching
microbiële communicatie verstoren door:
→ enzymen die autoincuders afbreken
→ inhibitors die autoinducer detectie of productie remmen door te binden aan de receptoren
→ mimicking molecules die lijken op de autoinducers
139
waaraan kunnen AMF herkennen dat er wortels zijn
wortels scheiden sitrigolactones uit
140
EMF
EctoMycorrhizal Fungi ⇒ groeien op buitenkant/oppervlakkig aan worte → vormen mantel.
→ minder bekend, fruitlichamen, schimmels kunnen verder weg vd plant groeien. symbioses met aantal soorten (bomen) → coniferen, beuken, eiken kastanje → 3% vd planten maar belangrijke koolstof sinks
mantel is een barrière tussen jonge wortel en bodem, meerdere cellen dik en onderdrukt wortelhaarvorming.
EMF kan ook de wortel in (niet de cellen in, ze blijven tussen de cellen) → De groei in de wortel is extracellulair ⇒ hartig net ⇒ netwerk v hyfen tussen de cellen in de wortel → uitwisseling nutriënten
In angiosperms ⇒ epidermis, bij gymnosperms ⇒ epidermis en buitenste cortexcellen. NOOIT ENDODERMIS
141
metagenomics
isoleer alle DNA -> fragmenteren -> sequencen
142
aangeboren (2e) immunity
herkenning ziekteverwekker via receptoren die PAMPs herkennen.
143
144
Transductie
⇒ overdracht bacterieel DNA via DNA fagen
→ Virulente fagen → alleen lytische cyclus → algemene transductie (lytisch, random stuk chromosomaal DNA wordt ingepakt in capsid):
145
wat zit in celmembraan van hyfen
ergosterol -> permabel en fluide + elektrochemisch gradiënt mogelijk → transport met transmembraaneiwitten efficienter.
146
quorum sensing
aanzetten van genen bij bepaalde dichtheid cells gemeten adhv conc signaalmolec. ze voelen dichtheid door hoeveelheid autoinducers in omgeving --> weinig bacterien -> weinig autoinducer -> bacterien funcitoneren als individuele cellen. bij veel bacterien -> veel autoinducer -> collectief gedrag zoals biofilmvorming
147
dormant sporen / rustsporen
kunnen overleven in slechtere omstandhigheden, wachten op goede condities
148
saprofieten
schimmels reducenten die organisch materiaal afbreken --> belangrijke rol in kringlopen
149
vectorvaccin
ongevaarlijk gemaakt micro-organisme / virus maakt een antigen
150
provirus
profaag maar dan virus. maar het verlaat het genoom niet meer.
151
Plaattelmethode
1 mL oplossing steeds verdunnen → losse kolonies tellen → conc bepalen monster.
152
transductie
dna overdracht via fagen
153
co repressor
repressor bindt alleen aan operator als effector aanwezig is
154
Adaptief immuunsysteem prokaryoten
Door in contact te komen met faag ontwikkelen ze een
nieuwe spacer, die ze hier bescherming tegen biedt. Werking:
Faag infectie triggered transcriptie vd CRISPR region in bacterieel DNA
RNA transcipt wordt geprocessed in korte RNA strands
Elke korte RNA strand bindt aan een Caseiwit → vormt zo het effector complex
Complementair RNA herkent en bindt aan faag DNA, het cas-eiwit knipt het faag DNA
Faag DNA kan niet langer repliceren
155
Functies symbionten
afbraak moeilijk afbreekbaar voedsel, aanvullen tekorten, bescherming etc.
156
genregulatie prokaryoot
polycistronisch --> reeks van genen wordt afgeschreven van een enkele promoter => een operon. transcriptie en translatie zijn gekoppeld
157
genoomplasticiteit
snel aan kunnen passen aan een veranderende omgeving -> bacteriepopulaties die genen uitwisselen of verliezen door horizontale en verticale genoverdracht
xxxxxxxxxx
flashcards
Decks in class (7)
# Cards
