Cap 1 Flashcards

(76 cards)

1
Q

Que estudia la biología molecular?

A

estudia la composición, estructura e interacciones de las moléculas celulares

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2
Q

GREGORE MENDEL

A

> Experimentos con guisantes
Determinantes hereditarios eran genes -> no se mezclaban, sino que se transmitían como unidades llamadas genes
Los genes estan en pares

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3
Q

FRIEDRICH MIESCHER Y RICHARD
ALTMANN

A

> Descubrieron la nucleína que formaba parte de los cromosomas
estudio nucleina y vio que era ácida y la llamo Ácido nucleíco

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4
Q

FREDERICK GRIFFITH

A

1928.- PRINCIPIO TRANSFORMANTE
Trabajó con la bacteria Streptococcus pneumoniae.
Usó dos cepas:
S (smooth) → con cápsula, patógena
R (rough) → sin cápsula, no patógena

  1. S viva → el ratón muere
  2. R viva → el ratón vive
  3. S muerta por calor → el ratón vive
  4. R viva + S muerta → el ratón muere

Conclusión (principio transformante)
Algo de la bacteria S muerta pasó a la bacteria R viva.
Ese “algo” transformó a la R en patógena.
A ese “algo” lo llamó principio transformante

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5
Q

AVERY, MC CARTY Y MACLEOD

A

1928.- (Ellos retomaron el experimento de Griffith)
> Buscaron identificar que era el principio transformante

Separaron sus componentes:
Proteínas
ARN
ADN
Los fueron destruyendo uno por uno con enzimas

Si destruían proteínas → la transformación seguía ocurriendo.
Si destruían ARN → la transformación seguía ocurriendo.
Si destruían ADN → ❌

> El principio transformante posiblemente es el DNA.

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6
Q

HERSHEY Y CHASE

A

1952

Marcaron:
ADN con fósforo radiactivo (³²P)
Proteína con azufre radiactivo (³⁵S)

Experimento
El bacteriófago infecta a la bacteria.
Observan qué entra a la bacteria.

EL DNA ES EL MATERIAL GENÉTICO

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7
Q

CHARGAFF

A

1940.-
> La cantidad de adenina, guanina, citosina y timina es diferente en cada especie
> La cantidad de adenina es la misma que de timina
> La cantidad de guanina es la misma que de citosina

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8
Q

1952.- Cristalografía del DNA

A

ROSALIND FRANKLIN

Rosalind Franklin obtuvo imágenes de difracción de rayos X del DNA
La más famosa: “Foto 51”
Esa imagen mostró que el DNA tenía:
Estructura helicoidal
Dos cadenas
Diámetro constante

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9
Q

WATSON Y CRICK

A

propusieron el modelo de la doble hélice del DNA 1954

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10
Q

Dogma central de la biología molecular

A

FLUJO DE INFORMACIÓN GENÉTICA

DNA → RNA → PROTEÍNA
Replicación, Transcripción, Traducción

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11
Q

regulación génica (que es y tipos)

A

es la forma como una célula controla qué genes se expresan.

◦ Control Transcripcional
◦ Control en el Procesamiento del RNA
◦ Control del Transporte y Localización
del RNA
◦ Control Postraduccional
◦ Control en la Degradación del RNAm
◦ Control en la actividad proteíca

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12
Q

Donde hay Regulación de la expresión genética a nivel transcripcional.

A

Regulación en cis

Regulación en trans

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13
Q

Como ocurre la Regulación en trans

A

Utiliza factores de transcripción para regular la velocidad

La mayoría de las secuencias reguladoras no pueden, por sí solas, modificar la velocidad de transcripción. Necesitan de proteínas reguladoras.

El control NO está en el DNA, sino en proteínas que vienen de otro lugar.

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14
Q

Regulación en cis

A

Potenciadores silenciadores

Una secuencia contigua a un gen que tenga un efecto regulador sobre la tasa de transcripción de ese gen

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15
Q

reconocen el DNA con gran afinidad gracias a los dominios de unión al DNA.

A

Proteínas

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16
Q

Como las proteínas reconocen el DNA

A

Gracias a los dominios de unión al DNA.

Reconocen la superficie del acido nucleico para identificar la secuencia de nucleótidos.

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17
Q

Donde mejor se puede reconocer la secuencia?

A

en el surco mayor del DNA.

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18
Q

MOTIVOS ESTRUCTURALES DE LOS FACTORES DE TRANSCRIPCION

A

forma típica que adopta una proteína para unirse al DNA.

Motivo Hélice-giro – Hélice
◦ Proteínas de dos α hélice conectadas por un cadena corta de a.a
◦ Desarrollo embriónico

Motivos Dedos de Zn
◦ α hélice unida β hélice por Zn
◦ Receptores de hormonas esteroideas

Hélice asa hélice (HLH)
◦ α hélice conectada por una asa a otra α hélice
Regulación del crecimiento y diferenciación celular

Motivo zipper de Leucina
◦ 2 α hélices y leucomas alineadas cerradas como zipper
-> mantienen unidas a las proteínas

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19
Q

Región controladora de genes:

A

Peomotor

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20
Q

Sitio en donde los factores de transcripción y la RNA polimerasa se ensambla

A

Región controladora de genes: PROMOTOR

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21
Q

SECUENCIAS REGULATORIAS

A

Pedazos de ADN Donde las proteínas reguladoras (factores de transcripción (trans) ) se unen para controlar el proceso de ensamblaje en el promotor.

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22
Q

POTENCIADORES

A

Secuencias de ADN que Atraen, posicionan y modifican los factores de transcripción, Mediador y la RNA Pol II hacia el promotor para aumentar transcripción.

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23
Q

Activadores

A

Proteínas reguladoras son factores de transcripción o actúan directamente con los factores de transcripción y pueden regular la actividad de la RNA POL II para que trabaje mejor.

La unión de factores de transcripción específicos a los potenciadores son responsables del control de la expresión génica ya que se forma un complejo que controla cuándo y cuánto se expresa un gen:
◦ desarrollo
◦ diferenciación
◦ respuesta de las células a las hormonas y los factores de crecimiento.

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24
Q

REPRESORES

A

Se unen a secuencias específicas dentro del DNA (silenciadores) para inhibir la transcripción.
◦ Pueden inhibir la unión de otros factores de transcripción al DNA.
◦ inhibir la expresión de genes específicos de un tejido en tipos celulares inadecuados.

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25
Son mecanismos que controlan la expresión de los genes eucariotas.
La regulación de la transcripción por parte de represores y activadores
26
Como regulan la transcripción en las eucariotas los activadores y los represores ?
> interactuando con los factores de transcripción generales y otros componentes de la maquinaria transcripcional > induciendo cambios en la estructura de la cromatina.
27
Regulación Expresión Génica: Metilación DNA
Adición de un grupo metilo al carbono 5 de la citosina (5mC) Siempre en citosinas que van después de una guanina 5mC 1% del DNA Confieren un cambio conformacional en la doble cadena DNA Variación espacial y temporal en la cromatina
28
Más metilación es igual a?
menos expresión génica
29
interfieren en el inicio de transcripción.
La metilación de un promotor o de secuencias reguladoras
30
Actua en secuencias CG que estan pareada con una secuencia CG metilada
Metiltransferasas
31
Eucromatina
◦ Regiones relativamente dispersas poco condensadas que ocupan la mayor parte del núcleo. ◦ Niveles alto de acetilación ◦ Cromatina activa transcripcional
32
Heterocromatina
◦ Regiones de la cromatina densamente empaquetadas ◦ Inactivas,noseexpresan ◦Abundante en los telómeros y centrómeros ◦ Niveles altos de metilación
33
Se expresan durante el desarrollo y/o diferenciación y posteriormente se silencian.
Heterocromatina FACULTATIVA
34
Heterocromatina Constitutiva
Siempre permanecen condensados y se encuentran silenciados ◦ Telomeros y centromeros.
35
Dominios de las histonas
Las histonas tienen dos dominios: 1. unirse a otras histonas y unirse al DNA 2. amino terminal que se encuentra fuera del DNA y sufre modificaciones postraduccionales: acetilación metilación fosforilación
36
Las modificaciones de histonas regulan la expresión génica porque sirven como
señales que interaccionan con proteínas o complejos proteicos que activan o reprimen la transcripción.
37
Modificaciones de histonas
ACETILACIONES FOSFORILACION METILACIONES
38
ACETILACION DE HISTONAS
Añade cargas negativas a las histonas para que se abran brazos ◦ Descompactación de la cromatina ◦ Facilita el acoplamiento de los factores de transcripción Lisinas (H3K56) Acetiltransferasas de histonas (HAT) ◦ Promueve la transcripción ◦ Deacetilasas de histonas (HDAC) Represores transcripcionales
39
FOSFORILACIÓN DE HISTONAS
Serinas, treoninas y tirosinas Incrementa la carga negativa a la histona para que se abran brazos Favorece la transcripicón ◦ CINASAS ponen ◦ FOSFATASAS quitan
40
METILACIÓN DE HISTONAS
Metiltransferasas de Lisina (HKMT) Se deben ver el resto de modificaciones ◦ Lisina (H3K9) ◦ Puede activar o reprimir la transcripción de un gen Metiltransferasas de Arginina Pone carga negativa abriendo brazo ◦ Argininas ◦ Activación transcripcional DEMETILASAS DE HISTONAS > Quitar metilos represores → activa la transcripción. > Quitar metilos activadores → reprime la transcripción.
41
42
abarca todos los procesos y mecanismos moleculares que afectan a la regulación y expresión de los genes y que son heredables de unos organismos a otros.
EPIGENETICA
43
EPIGENETICA
abarca todos los procesos y mecanismos moleculares que afectan a la regulación y expresión de los genes y que son heredables de unos organismos a otros. Cambios en la expresión de los genes SIN modificar la secuencia del DNA
44
mecanismos de regulación epigenética más comunes en humanos
- metilación del ADN - modificaciones post-traduccionales de las histonas (fosforilación, la metilación y la acetilación).
45
P53 FACTOR DE TRANSCRIPCIÓN
Si hay daño en el ADN, p53 puede detener el ciclo celular, activar reparación del ADN y, si el daño es irreparable, inducir apoptosis. Su activación Incrementa la expresión de proteínas de reparación de DNA: Cuando el DNA está dañado pero aún se puede salvar (ósea que no es grave, p53 activa genes que ayudan a repararlo como GADD45 ( Growth Arrest and DNA Damage 45 Que detiene que pase G2 y M. Incrementa la expresión de p21 para detener el ciclo celular en fase G1/2 y G2/M. En apoptosis: 1-BAX(forma poros), PUMA, NOXA -- (Disminuye BCL-2 y BCL-XL) 2-Liberación de citocromo c 3-Activación de caspasas → muerte celular
46
Incrementan la carga positiva y Suprimen la transcripcion de p53
Deacetilasas de histonas (HDAC)
47
Deacetilasas de histonas (HDAC)
◦ Incrementan la carga positiva ◦ Suprimen la transcripcion de p53 ◦ Clase I HDAC 1 HDAC 2 HDAC 3 HDAC 8 ◦ Clase II HDAC 4-7 y 9-10 ◦ Clase III HDAC SIRT 1-7 Expresion aberrante HDAC1.- Cancer de prostata HDAC 2.- Carcinoma gastrico Carcinoma colorectal Displasia cervical Sarcomas endometriales HDAC 8.- neuroblastoma y glioma
48
HDAC1.
Cancer de prostata
49
HDAC 2.
- Carcinoma gastrico Carcinoma colorectal Displasia cervical Sarcomas endometriales
50
HDAC 8.
neuroblastoma y glioma
51
HDAC clase I
HDAC 1 HDAC 2 HDAC 3 HDAC 8
52
HDAC clase II
HDAC 4-7 y 9-10
53
HDAC Clase III
HDAC 1-7
54
Inhibidores HDAC
Vorinostat Romidepsin Belinostat Panobinstat
55
Tendencia a presentar mutacionesenelDNA
INESTABILIDAD DEL D N A
56
MECANISMOS DE DAÑO AL DNA Si el daño persiste:
Apoptosis o muerte celular programada
57
Vías de tolerancia
Es una Lesión en el ADN, no lo repara, pero permite que continúe la replicacion Pol δ y ε se detienen porque no pueden copiar ADN dañado. Entran polimerasas de síntesis a través de lesión (TLS). Son Polimerasa especiales para esos casos. Copian el ADN a pesar del daño. Luego, una vez que la célula ya terminó de replicar, el ADN puede repararse.
58
TIPOS DE DAÑO DEL DNA: ENDÓGENOS
ERROR REPLICATIVO DESAMINACIÓN ESPONTÁNEA DE BASE PÉRDIDA DE BASES DAÑO OXIDATIVO METILACIÓN DEL ADN
59
ERROR REPLICATIVO
DNA polimerasas incorporan el nucleótido erróneo. • Mutaciones espontaneas Topoisomerasa: (usualmente Corta el DNA Relaja la tensión Lo vuelve a unir) en este error hace mal alineamiento de las hebras. Reparan -> Tirosil DNA fosfodiesterasa y endonucleasas
60
DESAMINACIÓN ESPONTÁNEA DE BASE
Pérdida de amino exocíclico ¿Qué provoca? Errores de apareamiento Mutaciones puntuales si no se repara
61
PÉRDIDA De BASES
• Hidrolización o DNA glicosilasa - Rompe el enlace N-glucosídico Esto genera que la base se desprenda sola quedando el azúcar sin base
62
DAÑO OXIDATIVO
Especies reactivas de oxígeno como: •O2 (superoxido) • H202 (peróxido de hidrógeno) •OH (radical hidroxilo) -> + Dañino Generan dobles enlaces •Fragmentan a las purinas y pirimidinas -> Rotura de una sola hebra de DNA • Forman 8-oxoguanina porque la guanina es la más susceptible a oxidación, esto hace que se aparee con adenina en lugar de citosina
63
METILACIÓN DEL DNA
• Grupos metilo (-CHz) en una base nitrogenada. • La metilación de Citosina (5mC) en el DNA es un fenómeno habitual • Metilguanina, metiltimina, metiladenina
64
TIPOSDEDAÑODELDNA: EXÓGENOS
Radiación ionizante RADIACIÓN ULTRAVIOLETA AGENTES ALQUILANTES AGENTES AROMATICOS
65
Radiación ionizante
• Alfa, beta, gamma, neutrones y rayos X Rotura de una o dos cadenas de DNA Hay dos formas de producir el daño: 1. Ruta directa: radiación golpea ADN 2. Ruta indirecta: radiación + agua = radicales libres Se repara con: Una hebra = • Endonucleasa Puede ayudar: • Tirosil DNA Fosfodiesterasa 1 • Reparacion homologa
66
RADIACIÓN ULTRAVIOLETA
• UV-C 190-290 nm • U V-B 290-320h m • UV-A320-400n m • El DNA absorbe una longitud de onda de 26onm • Enlaces covalentes entre pirimidinas y fotoproductos de pirimidinas
67
AGENTES ALQUILANTES
• Adhiere grupos alquilos al DNA Metil Etil • Tabaco, • Agentes mostaza nitrogenadas, nitrosureas Cisplatino, ciclofosfamida = • Formación de puentes cruzados • Fragmentación de DNA
68
AGENTES AROMATICOS
• Tabaco, carbon, pesticidas • Necesitan activación metabólica por el citocromo P450 (El citocromo P450 los metaboliza en el hígado = Los convierte en epóxidos reactivos) • Sustituciones de Bases Altera la geometría del DNA
69
Reparación del DNA
Reparación por escisión de base (BER) Reparación por escisión de nucleótidos(NER) Reparación por mis match(MMR) Recombinación homologa(HR) Unión de extremos no homóloga(NHEJ)
70
Que repara la Reparación por Escisión BASES
• nucleótidos alterados por químicos presentes en la dieta o por el metabolismo. • Desaminaciones • Alquilaciones • Especies reactivas de oxigeno Todos estos alteran una base, no rompen toda la hebra.
71
Qué pasa con la base dañada en la Reparación por EscisiónBASES?
Desaminación Citosina → uracilo (esto NO debe estar en el ADN). El ADN queda con una base incorrecta. DNA glucosilasas 8 tipos diferentes →detecta y Elimina la base dañada, en este caso uracilo, solo la base NO EL NUCLEOTIDO - Hidroliza el enlace glucosidico entre la base nitrogenada y el azúcar ÓSEA QUEDA EL AZÚCAR SIN BASE el sitio sin base es un nucleótido que no sirve, es inestable. Endonucleasa AP •Rompe el enlace fosfodiester Esto genera un agujero en esqueleto de ADN DNA pol B → coloca la base correcta para llenar agujero. Ligasa → sella la cadena cerrando la brecha.
72
ReparaciónporEscisión NUCLEÓTIDOS
Reconocimiento del daño en la secuencia del DNA Endonucleasa • Hidroliza los enlaces fosfodiester a cada lado y varios pares de base de distancia de la lesión • 24 a 32 Nt Helicasa • Rompe los puentes de hidrogeno correspondientes al fragmento escindido y se elimina el fragmento de DNA DNA polimerasa delty E Ligasa
73
Reparación por mismatch (MMR) para 8-oxoG
Una base es muy susceptible de oxidación por especies reactivas de oxígeno. • Guanina —> 8-oxo guanina (GO) • En lugar de que se una a una citosina se une a una a d e n i n a DNA OGG1 • Reconoce a la adenina unida con GO Metil- directed mismatch repair (mutM mutY) • Elimina la adenina y la sustituye por una citosina
74
Reparación noHomologa
Resumen el ADN se rompe en dos NO se usa molde se recortan un poco los extremos y se pegan directamente ———————— DNA- PKcs (proteína Cinasa dependiente de DNA) • Cuando el ADN se rompe este complejo hace un Reconocimiento de los cortes de DNA Mantienen los extremos cerca para su procesamiento. • MRE1 NBS1 RAD50 Actividad de nucleasa recorta un poquito del extremo dañado para que los extremos sean compatibles • XRCC4/ligasa Une los dos extremos ya recortados y alineados. No pega un trozo nuevo; pega los extremos que ya están allí
75
Reparación por recombinación Homologa
FASE S o G2 Activación del gen ATM (ataxia- telangiectasia mutado) -> sensor y activador de la respuesta al daño. •Recluta el complejo MRE11 (meiotic recombination 11) • Exonucleasa 5'-3' Complejo MRN • MRE11, RAD 50 y NBS1 -> Reconoce la ruptura Mantiene juntas las hebras rotas Inicia el procesamiento de los extremos RPA se Une a la cadena sencilla para proteger y evitar degradación. • RAD51,RAD52,RAD54 Y BRCA2 quitan RPA Y movilizan las hebras para su recombinación. buscan e invaden la molécula de ADN hermana (la plantilla) para comenzar la recombinación.
76
Donde ocurren las modificaciones de histonas
histonas son proteínas que tienen su amino terminal libre, a ese le vamos a hacer modificaciones para cambiar su carga.