ch9 Flashcards

Mutations et variabilité génomique (66 cards)

1
Q

Quelle est la définition générale d’une mutation en génétique?

A

Une mutation englobe tous les changements de séquence de l’ADN.

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2
Q

Quels sont les deux principaux aspects de la fonction d’un gène qu’une mutation peut affecter?

A

Une mutation peut affecter la structure de la protéine et/ou la régulation de la transcription.

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3
Q

Les mutations sont à la base de quels concepts biologiques fondamentaux?

A

Elles sont à la base du polymorphisme, des allèles, de l’évolution et de certaines maladies.

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4
Q

Quels sont les deux types de mutations ponctuelles?

A

La substitution de nucléotides et les indels (insertion ou délétion d’une paire de nucléotides).

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5
Q

Nommez deux exemples de modifications profondes de l’ADN qui ne sont pas des mutations ponctuelles.

A

Les réarrangements chromosomiques et l’amplification génétique.

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6
Q

Définissez une substitution de type transition.

A

C’est le remplacement d’une pyrimidine par une autre (C à T) ou d’une purine par une autre (A à G).

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7
Q

Définissez une substitution de type transversion.

A

C’est le remplacement d’une pyrimidine par une purine (ex: T pour A) ou l’inverse.

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8
Q

Quel est le principal effet des indels (insertions ou délétions) qui ne sont pas un multiple de 3 dans une région codante?

A

Ils induisent un changement du cadre de lecture (frameshift).

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9
Q

Comment une mutation, comme une base erronée ou un indel, devient-elle permanente dans le génome?

A

Si elle n’est pas réparée, la mutation sera intégrée de manière permanente dès le cycle de réplication suivant.

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10
Q

Quand une mutation devient-elle une « mutation fixe » transmissible aux générations futures?

A

Lorsque la modification a lieu au niveau des cellules germinales ou des cellules germinales primordiales (CGP).

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11
Q

Quel est le résultat probable d’une mutation qui touche le site actif d’une protéine?

A

Elle aboutira probablement à la perte de fonction de cette protéine (mutant complet ou nul).

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12
Q

Qu’est-ce qu’un mutant partiel (leaky)?

A

C’est le résultat d’une mutation touchant une zone moins essentielle d’une protéine, ayant un effet moins néfaste sur sa fonction.

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13
Q

Quel type de mutation est qualifié de « silencieuse »?

A

Une substitution de nucléotide qui n’a aucun effet sur la séquence en acides aminés de la protéine finale.

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14
Q

Quelle propriété du code génétique permet l’existence de mutations silencieuses?

A

La redondance (ou dégénérescence) du code génétique, où plusieurs codons peuvent coder pour le même acide aminé.

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15
Q

Qu’est-ce qu’une mutation faux-sens (ou non synonyme)?

A

Une substitution qui change un codon spécifiant un acide aminé en un autre codon spécifiant un acide aminé différent.

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16
Q

Quelle est la différence entre une mutation faux-sens conservative et non conservative?

A

Une conservative remplace un acide aminé par un autre de fonction similaire (ex: hydrophile pour hydrophile), tandis qu’une non conservative le remplace par un de fonction différente (ex: basique pour non-polaire).

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17
Q

L’ostéogenèse imparfaite est souvent causée par une mutation dans le gène codant quelle protéine?

A

Elle est souvent causée par une mutation dans le gène COL1A1, qui code pour la protéine du collagène.

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18
Q

Quel est le résultat d’une mutation non-sens?

A

Elle modifie un codon codant un acide aminé en un codon-STOP, arrêtant prématurément la synthèse de la protéine.

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19
Q

Quels sont les trois codons-stops dans l’ADN?

A

Les codons-stops sont TAG, TAA et TGA.

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20
Q

Pour quelle maladie génétique les mutations non-sens représentent-elles près de 60% des cas dans certaines études?

A

La dystrophie musculaire de Duchenne (DMD).

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21
Q

Que se passe-t-il lors d’un décalage du cadre de lecture provoquant un long faux-sens?

A

Tous les nucléotides en aval de l’indel sont regroupés différemment, codant de nouveaux acides aminés jusqu’à un codon-stop.

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22
Q

Qu’arrive-t-il lors d’un décalage du cadre de lecture restreint?

A

Un ou plusieurs triplets de bases sont ajoutés ou enlevés, ce qui résulte en l’ajout ou la perte d’acides aminés sans modifier le reste de la protéine.

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23
Q

La mutation la plus répandue causant la mucoviscidose (fibrose kystique) est la _____.

A

délétion $ΔF508$

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24
Q

Quel est l’effet moléculaire de la mutation $ΔF508$ dans la protéine CFTR?

A

C’est la perte de trois nucléotides menant à la perte de l’acide aminé phénylalanine en position 508, ce qui perturbe la conformation de la protéine.

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25
Quel est l'impact d'une mutation dans une séquence régulatrice d'un gène?
La reconnaissance par les activateurs ou répresseurs est moins efficace, perturbant la quantité de protéine produite (augmentation ou diminution).
26
Quel est l'impact d'une mutation dans le promoteur basal d'un gène?
L'accrochage de l'ARN polymérase est détérioré, ce qui perturbe la quantité de protéine transcrite.
27
Quel est l'impact d'une mutation dans la région 5'UTR d'un ARNm?
Elle peut rendre difficile la reconnaissance du site d'initiation de la traduction par le ribosome.
28
Quel est le rôle des séquences aux jonctions intron-exon et quel est l'effet d'une mutation à cet endroit?
Elles sont nécessaires à la reconnaissance par la machinerie d'épissage; une mutation perturbe donc l'épissage de l'ARNm.
29
Quel est l'effet d'une mutation dans la séquence de polyadénylation (site de coupure du transcrit)?
Le transcrit peut ne pas être terminé adéquatement, être instable ou ne pas avoir de queue poly-A.
30
Qu'est-ce que la tautomérie en contexte de mutations de l'ADN?
C'est l'existence de bases d'ADN sous plusieurs formes alternatives (isomères) qui diffèrent par la position de leurs atomes, pouvant causer des mésappariements.
31
La forme tautomérique rare imino (NH) de la cytosine peut s'apparier avec quelle base?
La forme imino de la cytosine s'apparie avec l'adénine.
32
La forme tautomérique rare énol (C-OH) de la thymine peut s'apparier avec quelle base?
La forme énol de la thymine s'apparie avec la guanine.
33
Quel mécanisme est responsable des insertions et délétions dans les régions de séquences répétées lors de la réplication?
Le glissement réplicatif (replication slippage).
34
Qu'est-ce qu'un microsatellite?
Une séquence d'ADN composée par la répétition de quelques (2 à 10) nucléotides, particulièrement susceptible au glissement.
35
Qu'est-ce que la désamination et quel est son effet sur la cytosine?
C'est la perte d'un groupement amino ($NH_2$); elle transforme la cytosine en uracile.
36
Quelle est la conséquence de la désamination d'une 5-méthylcytosine (5-mC)?
Elle la transforme en thymine (T).
37
Qu'est-ce que la dépurination?
C'est la coupure du lien glycosidique entre une base purique (A ou G) et le sucre, créant un site apurique (AP).
38
Quelle transition est la modification la plus fréquente observée dans les cellules cancéreuses humaines?
La transition C→T.
39
Qu'est-ce qu'un agent mutagène?
Une substance ou radiation qui augmente le taux de mutations au-dessus du niveau spontané.
40
Décrivez le mécanisme de l'alkylation comme agent mutagène.
L'alkylation est l'ajout de groupements chimiques (ex: $-CH_3$) sur les bases, ce qui peut empêcher l'appariement correct.
41
Quel est le résultat de l'oxydation de la guanine?
Elle forme de l'oxo-guanine (Oxo-G), qui peut s'apparier incorrectement avec l'adénine (A).
42
Qu'est-ce qu'un analogue de base et donnez un exemple.
C'est une molécule qui ressemble à une base standard et peut s'incorporer dans l'ADN, causant des mésappariements. Exemple: le 5-Bromouracile (5-BrU).
43
Comment agissent les agents intercalants?
Ils s'insèrent entre les paires de bases de l'ADN, ce qui peut provoquer des insertions ou délétions lors de la réplication.
44
Quel type de dommage à l'ADN est causé par les rayons UV?
Les rayons UV causent la fusion de deux pyrimidines adjacentes sur le même brin, formant des dimères de pyrimidines (ex: dimère de thymine).
45
Quel est le principal type de dommage à l'ADN causé par les radiations ionisantes (rayons X et gamma)?
Elles provoquent des cassures double brin de l'ADN (DSB).
46
Nommez deux mécanismes de réparation de l'ADN qui utilisent le brin complémentaire comme matrice.
La réparation par excision d'une base (BER) et la réparation par excision de nucléotide (NER).
47
Quel mécanisme de réparation est utilisé pour les cassures double brin et profite de l'information des chromatides sœurs?
La réparation par recombinaison homologue.
48
Quelle est la différence fondamentale entre une mutation somatique et une mutation germinale?
Une mutation somatique affecte l'individu mais n'est pas héréditaire, tandis qu'une mutation germinale affecte les gamètes et peut être transmise à la descendance.
49
Nommez les trois conséquences possibles d'une mutation sur la valeur adaptative d'un organisme.
Elles peuvent être nuisibles, neutres, ou bénéfiques (augmentant la valeur adaptative).
50
Les mutations sont la source aléatoire de la _____ des allèles, qui est le fondement de la _____.
diversité; biodiversité
51
Qu'est-ce qu'une mutation dans la région codante?
Une mutation dans la région codante est un changement dans la séquence d'ADN qui code pour une protéine, entraînant une modification de la séquence d'acides aminés.
52
Quel est l'effet d'une mutation sur le codon-stop ou le site de coupure du transcrit primaire?
Cela peut modifier la fin de la traduction ou de la transcription, et si la séquence de polyadénylation est touchée, le transcrit peut devenir instable.
53
Quel mécanisme de réparation est utilisé pour corriger les mésappariements survenus lors de la réplication?
La réparation des mésappariements dirigée par la méthylation (Methyl-directed mismatch repair).
54
Comment les mutations contribuent-elles à la sélection naturelle, comme dans le cas du phalène du bouleau?
Elles créent une variabilité génétique (ex: couleur claire vs foncée) au sein d'une population, permettant à la sélection naturelle de favoriser les allèles les mieux adaptés à un environnement changeant.
55
La _____ est un processus où les humains choisissent des individus avec des traits désirables pour la reproduction, en se basant sur le polymorphisme existant.
sélection artificielle
56
Qu'est-ce qu'une mutation par amplification génétique?
Ce sont des répétitions anormales de régions de l'ADN suite à une erreur de réplication, ce qui augmente la taille du génome.
57
Pourquoi le code génétique est-il qualifié de dégénéré?
Parce que 64 codons différents codent pour seulement 20 acides aminés standards, ce qui signifie que plusieurs codons peuvent spécifier le même acide aminé.
58
Dans le cas de la dystrophie musculaire de Duchenne, une modification de l'_____ peut causer un changement du cadre de lecture et produire un codon-stop.
épissage alternatif
59
Quelles sont les deux causes principales des mutations spontanées liées aux mécanismes de réplication de l'ADN?
Une erreur introduite pendant la réplication qui n'est pas réparée, ou une modification chimique d'un nucléotide qui induit une erreur de lecture par la polymérase.
60
En quoi les agents intercalants comme le bromure d'éthidium sont-ils mutagènes?
Ils s'insèrent entre les bases de l'ADN, ce qui perturbe la réplication et la transcription et peut causer des indels.
61
L'incapacité des dimères de pyrimidines causés par les UV à être appariés correctement provoque _____ de la polymérase.
l'arrêt
62
Qu'est-ce qu'une mutation par réarrangement chromosomique?
C'est une modification de l'organisation d'une large région d'un chromosome, changeant l'ordre des gènes.
63
Quel est l'impact fonctionnel d'une mutation non-sens qui survient très tôt dans la séquence codante?
La protéine produite est très courte et sera très probablement non fonctionnelle.
64
Dans quel contexte la réparation par recombinaison homologue est-elle la plus efficace?
Elle est plus efficace après la réplication de l'ADN, lorsqu'une chromatide sœur est présente pour servir de matrice de réparation sans erreur.
65
Définissez les indels.
Les indels sont des mutations qui comprennent les insertions et les délétions d'une ou de plusieurs paires de nucléotides.
66
Une mutation peut-elle être bénéfique?
Oui, une mutation peut accroître la valeur adaptative en améliorant une fonction ou en permettant à l'organisme de s'adapter à de nouvelles conditions environnementales.