Nommez les 3 domaines de la vie.
1) Bacteria
2) Archaea
3) Eukarya
Qu’est-ce que la diversité microbienne?
- Représente l’ensemble des espèces de micro-organismes existantes
- Souvent défini par un environnement, lui-même défini par ses caractéristiques physico-chimiques.
Nommez les méthodes classiques d’identification et de quantification des microorganismes.
1) Isolement direct (ou APRÈS enrichissement)
2) Examen au microscope : champ clair, noir ou contraste de phase
3) Dosage des substances spécifiques
4) Analyses physiologiques
Nommez les limitations d’un examen au microscope.
- Les divers types n’ont pas toujours une morphologie distincte
- Seulement les microorganismes très abondants sont observables
Décrivez la quantification des lipides.
- La quantité de phospholipides des cellules procaryotes est assez stable en culture quelques soient les conditions de croissance, mais la composition peut changer
Comment fonctionne la quantification des lipides?
- Lipides sont extraits
- Phospholipides sont méthylés et purifiés pour produire des méthyles esters d’acides gras
- Séparation et quantification par chromatographie gazeuse
Qu’est-ce que les analyses physiologiques?
- Détermination d’un pouvoir métabolique spécifique à une communauté ou à un isolat
- Détermination du profil métabolique d’une communauté
Nommez les avantages des méthodes classiques.
- Peu dispendieuses
- Largement disponibles
- Permet la quantification des micro-organismes
- Permet une bonne indication de la diversité et de la complexité d’une communauté
- Études physiologiques/phénotypiques sont possibles
Nommez les inconvénients des méthodes classiques.
- Beaucoup de temps et de manipulation
- Échantillons doivent être analysés immédiatement
- Sélection des milieux de cultures est une étape cruciale
- Nécessite la croissance des micro-organismes
Qu’est-ce que la culturomique?
- Science qui a pour but de rendre possible la croissance du plus grand nombre de micro-organismes possible dans une communauté microbienne.
Nommez les différentes méthodes moléculaires.
1) Étude de l’ADN
2) Mesure de la quantité de la quantité d’acides nucléiques
3) Techniques d’électrophorèse sur gel d’agarose
4) DGGE/TGGE
5) RFLP
6) AP-PCR
6) Spectrométrie de masse
Décrivez le DGGE/TGGE.
- Évaluer la dénaturation de l’ADN en fonction de concentrations variables en agents dénaturants
Qu’est-ce que la spectrométrie de masse?
Permet la séparation et l’identification d’ions moléculaires de poids moléculaires élevés.
Nommez les avantages de la spectométrie de masse.
- Rapide
- Peu couteuse
- Peu de gestes techniques
- Facilite l’échange des résultats et des expertises entre laboratoire
Nommez les inconvénients de la spectrométrie de masse.
- Nécessité de culture bactérienne
- Difficulté d’identification en cas de contamination ou de cultures mixtes
- Identification limité aux micro-organismes présents dans les bases de données
Nommez les différentes techniques de séquençage.
- Séquençage du gène de la rRNA 16S/18S
- Phylogénie basée sur les gènes spécifiques
- Métagénomique
Décrivez le séquençage du gène de la rRNA 16S/18S.
- Trouvé dans tous les organismes
- Régions hautement conservées pour observer des relations distantes
- Régions variables pour observer les relations proches
Comment fonctionne la phylogénie basée sur les gènes spécifiques?
Identifications de micro-organismes avec un pouvoir métabolique spécifique.
Nommez les avantages des techniques de séquençage.
- Analyses haut-débit avec des temps relativement courts.
- Aucune croissance bactérienne et aucune expertise spécifique n’est requise.
- Permet une congélation des échantillons pour une analyse plus tardive.
- Facilite le transfert des échantillons entre laboratoires.
- Facilite l’échange des résultats et des expertises entre laboratoires.
- Les seuils de détection sont très faibles.
Nommez les inconvénients des techniques de séquençage.
- Difficulté de standardisation des méthodes d’extraction
- Certaines méthodes sont très dispendieuses
- La sélection des amorces et des sondes est cruciale
