Quel est le principe de la génomique ? (résumé)
On veut séquencer un polymère (détecter quel monomère se trouve à chaque position)
Quelle est l’ancienne méthode de séquençage ? (Expliquez un peu son principe)
Séquençage Sanger.
On analyse des bandes sur un gel et on reconstruit la séquence
(on peut pas faire ça avec des grandes séquences et c’est lent)
Quelle est une version plus moderne du Sanger ?
L’utilisation de nucléotides fluorescents. Facile et pas cher, mais juste une séquence à la fois.
Comment a été séquencé le génome humain ?
On prend l’ADN qu’on découpe, on le clone dans des levures et on le reclone ensuite dans E.coli (en gros) et on séquence chaque fragment séparément (trèsss long et coûteux)
Nommez une méthode plus moderne de séquençage.
Le séquençage parallèle. On extrait l’ADNN génomique et on le fragmente. On met des adaptateurs et on séquence dans une machine
Quelles sont les étapes de la protéomique ?
- Préparation des échantillons (extraction et digestion des protéines en peptides)
- LC/MS : Peptides séparés par spectrométrie de masse
- Analyse (on refragmente et on assemble pour savoir quelles protéines on a)
Qu’est-ce que la métabolomique ?
Étude des petites molécules dans un fluide biologique (on recherche les liens entre un phénotype et le métabolisme)
Vrai ou faux. Le métabolome est une photo du génome entier.
Faux. C’est la photo d’un moment précis (car très dynamique)
Quels sont les types d’approche de la métabolomique ?
Ciblée, non cibliée et 3D
Vrai ou faux. Il y a plus de gènes bactériens dans l’intestin que de gènes humains.
Vrai
Vrai ou faux. Dans le mirobiome, toutes les bactéries sont également abondantes.
Faux. Quelques sont très abondantes et d’autres sont peu abondantes.
Quelle approche peut-on utiliser pour savoir quelles bactéries sont dans le microbiome ? Expliquez.
Approche 16S. On extrait l’ADN, on fait la PCR pour amplifier le gène et on fait du séquençage à haut débit (parallèle).
Pourquoi utilise-t-on le 16S pour identifier les espèces ?
L’ARNr doit conserver ses fonctions dans le ribosome bactérien, mais certaines régions sont variables et spécifiques à chaque espèces (dans des régions moins importantes à la fonction du ribosome)
Quel est le but de faire un métagénomique complète ?
On peut savoir quelles bactéries sont là, ce qu’elles font (connaître leur génotype et fonction potentielles) et voir comment elles fonctionnent (quelle bactérie contient quel gène?)
Quelles méthodes peut-on utiliser pour comparer les microbiome ?
On peut comparer des familles, se fier aux rangs taxonomiques et comparer les espèces
Vrai ou faux. Le microbiome d’un enfant est le même que celui d’un adulte.
Faux. Il varie tout au long de la vie
Vrai ou faux. Le mode de naissance affecte le microbiome.
Vrai.
Vrai ou faux. Les oligosaccharides du lait humain sont absorbés par l’intestin.
Faux. Pas directement et ont un effet prébiotique sur le microbiome
De quoi dépend le microbiome du nouveau-né ?
De la voie de naissance, de l’âge gestationnel, de l’hospitalisation, des antibios et de la nutrition
En quoi l’allaitement et les formules du commerce affecte le microbiome du nouveau-né ?
Ils ne sont pas riches en les mêmes types de bactéries.
Allaitement : Riche en bifidobactéries
Formule : Plus d’entérobactéries.
Selon quoi varie le microbiome des personnes âgées ?
Modification du mode de vie, comportement nutritionnel, maladies, médication, environnement de vie
Vrai ou faux. Il existe une définition clinique de la dysbiose.
Faux
Qu’est-ce qu’un prébiotique ?
Nutriment qui module la flore microbienne
Qu’est-ce qu’un probiotique ?
Souche de bactérie considérée comme bénéfique utilisée pour la prévention ou comme médicament
