Promotor genico
Conjunt d’elements genòmics necessaris per fer possible la transcripció del gen amb l’eficiència i control apropiat/normal/fisiològic
“Regió del DNA aigües amunt d’un gen a la qual s’uneixen les proteïnes rellevants per iniciar la
transcripció d’aquest gen (per exemple, RNA polimerasa, factors de transcripció generals…)”
Promotor central o mínimo
Inclou el joc mínim d’elements de seqüència necessaris i suficients per a la iniciació “precisa” de la transcripció, incloent la formación del complex PIC
només nivells basals de txn
promotores focalizados
Tienen un único TSS predominante de la txn. En vertebrats, típic de gens regulats (aprox. 1/3 del total de gens codificants)
Promotores dispersos
tenen múltiples TSSs repartits en un tram curt de DNA (50-100pb). S’obtenen múltiples transcrits que difereixen en l’extrem 5’ (inici) però que finalment poden codificar la mateixa proteïna. Com la polimerasa llegeix de 3’ a 5’, la cadena nova de DNA és sintetitzada en sentit 5’==> 3’, de manera que, segons en quin TSS s’hagi iniciat la Txn, el mRNA tindrà diferents inicis 5’.
Por qué los promotores dispersos son típicos de genes de expresión constitutiva?
Para los genes de expresión constitutiva es favorable el hecho de que haya más de un TSS, ya que, aunque los transcritos difieran en cuanto al extremo 5’-P, se traducen en la misma proteína, y esto garantiza una expresión no interrumpida. Els transcrits derivats de l’inici en diferents TSS forçosament donaran lloc a la mateixa proteïna perquè si o si començarà la txn en aquest punt (ja que és un codó d’inici). El darrer ATG sempre serà el codó d’inici que precedeix al gen, sense importància en quin TSS comenci.
En lugar de eso, la RNA polimerasa II puede comenzar la transcripción en múltiples posiciones cercanas, generando un “rango” de inicios posibles.
Promotores mixtos
tenen un lloc d’inici predominant però més TSS en el tram
¿Qué presentan los promotores focalizados?
típicament, combinacions d’elements de seqüència específics, en posicions definides respecte del TSS (elements del promotor central)
* Ex: seqüència TATA box
* Els seus elements es diferencien per la distància respecte del lloc d’inici
¿qué presentan los promotores dispersos?
No presentan elementos promotores canónicos
* Sovint (encara que no sempre) estan embeguts en trams de DNA particulars, com illes CpG o deserts ATG
* Es freqüent que contenguin certs elements de seqüència, que no estan tan ben posicionats respecte TSS i que uneixen receptors com Sp1 o NF-Y
Ambos promotores tienen importantes zonas …
libres de cromosomas.
Islas CpG son…
regiones ricas en los dinucleótidos Citosina y Guanina unidos por un enlace fosfodiéster
Las islas CpGs en genes expresados están metiladas o no?
Desmetiladas. Esto desfavorece la formación de nucleosomas.
Los desiertos ATG se encuentran lejos de las islas CpG
Falso. Pueden coincidir
Promotores alternativos
Els promotors alternatius tenen 2+ TSS focalitzats molt separats per 100 o 1000 pb (poden incloure o no certs exons)
Moltes vegades hi ha una regulació diferencial de manera que diferents situacions estimularan un promotor concret
Per exemple, depenent dels diferents teixits o moments del desenvolupament
Qué implicaciones tiene que los promotores alternativos puedan incluir exones?
- la mateixa proteïna
- isoformes proteiques que difereixen en l’extrem amino i comparteixen l’extrem
carboxil O. La Txn pot iniciar a P1 o a P2. * proteïnes totalment diferents
o Però forma mRNA amb diferent estabilitat o eficiència traduccional
Promotores bidireccionales
Regions intergèniques curtes (<1000 pb, sovint <300 pb) que separen 2 gens adjacents, codificats en bris oposats.
Permeten la co-regulació dels 2 gens implicats: expressió correlacionada (directa o inversament)
Características de los promotores bidireccionales
o Manqueja la TATA box
o Presència d’illes CpG
o Enriquiment en llocs de connexió per a certs factors de transcripció (ubiqüitaris i molt conservats)
¿por qué los promotores bidireccionales son más frecuentes en genes implicados en la reparación del DNA y el mantenimiento y estabilidad de la cromatina y el control del ciclo celular?
Tener un promotor común garantiza que ambos se expresen simultáneamente cuando la célula necesita activar esa vía.
Así, se ahorra energía y se sincroniza la respuesta celular, lo cual es esencial durante:
El daño al ADN,
La replicación,
O la transición entre fases del ciclo celular.
Diferencia entre los promotores bidireccionales y la txn divergente
La txn divergente da lugar a la transcripción de un gen y la transcripción antisentido de otro produciendo un transcrito no codificante.
Los promotores bidireccionales inician la txn de dos genes codificantes en sentidos opuestos
Una marca distintiva de la txn divergente
histona 3 lisina 4 dimetilada
Características que favorecen el ensamblaje del PIC en el promotor central
- Motivos de secuencia de DNA, posicionados respecto del TSS
- Tenemos región libre de nucleosomas*
- Modificaciones post-traduccionales específicas de histonas en nucleosomas -1 y +1*
ESTAS 2 REGULADAS POR FACTORES ACTIVADORES DE LA TXN Y MÁQ REMODELADORAS DE LA CROMATINA
BRE hace referencia a…
TFIIB recognition factor
En qué hebra se encuentra la caja TATA
Hebra codificadora (así también en general los elementos)
Los motivos de secuencia para iniciar la txn son universales
No, NINGUNO.
Generalmente, los promotores que contienen DPE (downstream core promoter element) …
no contienen TATA
