Qué modelos sirven para explicar la comunicación enhancer-promotor
-Tracking. RNApol se enganxa al enhancer i continua transcribint, difícil de reconciliar perque hi ha enhancers intragènics, corrent avall.
- Linking, enhancer permet reclutar polimerasa
- Relocalització. Formació de un condensat transcripcional o relocalització cap a
una factoria de txn
- Looping. Formació de llaços, el més considerat per la comunitat científica.
Forma un llarç que permet una comunicació fisica entre prot unides al enhancers i prot que s’han de unir al promotor central.
Los contactos enhancer-promotor son dinámicos
cambios en los contactos E-P durante la diferenciación de células madre embrionarias
re-organización dinámica de contactos E-P en el locus Criptocromo 1 de ratón ligada al ciclo circadiano
Los bucles en la cromatina sirven para favorecer el contacto del enhancer con el promotor
Sí, pero también pueden antagonizar.
Qué es CTCF?
CCCTC-binding factor, proteína arquitectural organizadora de la conformación 3D del genoma que, junto con la cohesiva colocalizan.
Multifuncional (ver figura): puede condicionar la creación de agrupaciones (clusters) de genes, definir las fronteras de TADs, dirigir la comunicación entre promotores y enhancers,…. Moltes funcions es relacionen amb el rol de formació de llaços. Pot ser proteïna insular o dur a terme la extrusió de llaços.
Modelo de formación de lazos por CTCF explica la presencia de lazos cuando tenemos 2 moléculas de CTCF en motivos…
en convergencia.
Modelo de extrusión
Es carrega la cohesina amb activitat ATPasa, es facilita la extrusió de la cromatina a través de la propia cohesina. Quan la cohesina contacta amb les molèc de CTCF s’atura l’extrusió ja que deixa de ser activa com ATPasa.
Mecanismos de acción similares para ambos tipos de eRNAs
- Producción regulada dependiendo del tipo celular y en respuesta a estímulos, generalmente los mismos que activan la Txn de los genes diana controlados por el enhancer
- Para diferentes enhancers, se demuestra que su Txn o los eRNAs derivados son importantes para la actividad de enhancer.
Hi-C permite identificar lazos de cromatina en todo el genoma
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