Define mediador
Gran complejo proteico multisubunitario con estructura modular y conservada en la evolución.
Puede actuar como coactivador transcripcional, que media los efectos de muchos FTs específicos a través de sus diferentes subunidades, pero también se ha considerado su función como factor general de Txn, ya que se ha visto que es capaz de estimular la Txn en ausencia de otros FTs.
Se ha visto que se une al DNA promotor de manera dependiente de TBP e interacciona con la RNAPII y que es necesario para la viabilidad celular.
En levaduras, el mediador…
Al eliminar 10 unidades de las 25, se provoca la muerte celular, ya que el mediador se requiere para la expresión de prácticamente todos los genes codificantes
En mamíferos, el mediador…
Los KO de las subunidades del mediador mueren en etapas embrionario
El mediador tiene:
1. Cabeza y parte media que interacciona con…
2. Cola con…
3. Módulo Cdk8 con…
- Maquinaria basal (GTFs, pol II)
- FTs específicos
- Asociación reversible al resto del complejo Mediador
¿qué hace el mediador en el inicio de la Txn?
- Facilita la formación/estabilización de lazos de cromatina, que permiten acercar físicamente el enhancer y el promotor central
- Facilita el ensamblaje del PIC al interaccionar con GTFs y RNAPII
- Facilita el escapamiento de la RNAP del promotor
- Facilita la salida de la PPP (transición a una elongación productiva)
Iniciación de la Txn
- Asociación polimerasa + factores de iniciación ==> reconocimiento DNA promotor ==> formación PIC
- Apertura del DNA => complejo promotor abierto (antes era cerrado)
- Síntesis de RNA dependiente de DNA.
- Crecimiento del RNA hasta longitud crítica
- Escapamiento de la polimerasa del promotor
- Formación complejo de elongación + unión FE
- Disociación de la polimerasa del DNA y RNA
Define GTFs de inicio
Factores proteicos universales, diferentes e independientes de las RNAPs que son necesarios para iniciar la Txn de todos los genes sustrato eucarióticos (y procariotaS??), formando parte del complejo de pre-inicio.
Funciones de los GTFs
- Hacen posible la unión de la RNAP al DNA promotor (por sí sola se descubrió que la RNAP se une al azar)
- Hacen posible la desnaturalización inicial del DNA
- Facilitan el inicio de la Txn (formación del enl fosfodiéster) y el escape de la RNAP del promotor
- Contribución al control de la expresión génica por su diversidad y especialización
- Cada GTF aporta act. especificas
Ejemplos de GTFs
Los que se necesitan para iniciar la Txn en un promotor específico son: TFIIB, D, E, F Y H.
Qué GTF es el primero en unirse?
El FTIID.
Define FTIID + función
Factor general de Txn/Complejo multiproteico formado por 1 copia de la proteína TBP + TAFs que es el primero en unirse.
- Papel imp en el reconocimiento de promotores en la RNAPII con sus subud.
- Sus otros componentes interaccionan con otros elementos promotores
Qué TAFs interaccionan con el elemento de iniciación?
TAF1 y TAF2
Qué TAFs se unen al DPE del promotor
TAF6 y TAF9
Define TBP
Proteína pequeña que interacciona con la secuencia TATA a través del surco menor (normalmente las prot interaccionan en el surco mayor).
Su unión al DNA provoca una curvación de 90º.
Funciona como un centro de nucleación del PIC sobre promotores con TATA
Define TAFs
Proteínas asociadas a la TBP, conservadas en la evolución.
Algunas son componentes de TFIID y otros de los complejos remodeladores de la cromatina.
Colaboran con TBP en el reconocimiento de promotores y facilitan el reconocimiento de promotores específicos
Los TAFs sólo facilitan la unión a promotores que contienen la caja TATA
Falso. También a promotores que no contienen TATA:
- Reconocen modificaciones particulares de las histonas en promotores centrales activos. Algunos catalizan modificaciones que facilitan el inicio de la Txn de la cromatina en la región del promotor
- Median la estimulación del promotor de la Txn por FTs activadores
Define TFIIH
Complejo proteico de 10 subunidades que actúa como factor general de Txn.
2 tienen actividad DNA helicasa y actúan como centro activo que acopla la hidrólisis del ATP al desenrollamiento del DNA para exponer la hebra a la polimerasa.
La otra subd (CDK7) tiene actividad quinasa sobre la RNAPII para facilitar su escape del promotor.
Les activitats que proporciona TFII H són crítiques per a l’inici de la transcripció i per a la
transició cap a la fase d’allargament
La CDK7 es… y fosforila…
La subunidad del TFIIH con actividad quinasa que fosforila el dominio C-terminal de la sub catalítica de la RNAPII. Lo hace in situ en el complejo PIC
Generalmente fosforila Ser.-5
CDK7 contiene un heptapéptido que presenta múltiples aa fosforilables (-OH)
Falsoooo. No es la CDK7. Es el dominio C-terminal (CDK fosforila C-terminal, CTD, generalmente Ser-5).
El dominio CTD es único de la RNAPII, las otras no lo tienen
V. Tiene poca estructura 3a => es más accesible para interaccionar con prot
Explica los pasos de la iniciación y escape del promotor
- Entrada de TFIIH => actividad helicasa => apertura del DNA promotor con gasto de ATP
- Fosforilación de CTD de la pol (gasto de ATP) => reajuste de interacciones => facilita escape promotor
- Crecimiento de la RNA naciente hasta longitud crítica => facilita escape
- Después del escape, algunos GTFs pueden mantenerse en el promotor mínimo para facilitar el reinicio de la Txn en la sig ronda.
Define módulo Cdk8 y sus funciones
Quinasa dependiente de ciclina 8 que actúa sobre el mediador regulando la Txn. Al unirse al mediador, éste no puede interaccionar con la RNAPII, de forma que se tiene que disociar. Más tarde, cuando la RNAPII se escapa del promotor y se libera del mediador, el módulo Cdk8 vuelve a unirse al mediador.
Además, la unión de Cdk8-Mediador propicia el reclutamiento del complejo SEC => promueve la liberación de Pol II + elongación
Función de Cdk17
fosforila RNAPII (creo) en su dominio CTD (ser 6 y 7)
TRF1
TBP-related factor presente en ciertos insectos como Drosophila (no están en levaduras ni hombres)
En Drosophila, sustituye a TBP en la Txn de genes de tRNAs por la RNAPIII
